问题标签 [gatk]
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java - MuTect 安装：受 GATK 保护：maven：Java-compile-error
我正在尝试安装 mutect，并且按照 README.md 中的指示，我已经克隆了 gatk-protected 并尝试执行“mvn -Ddisable.queue install”。但我得到以下问题。我有 java 1.7 和 maven 3.3.3。
我按照这里的自述文件进行操作。 有人可以帮忙解决这个问题吗？
bash - 得到 GATK 参数错误并且不明白？
您好 bash 程序员，我正在使用 GATK 并尝试遍历我的 bam 文件并使用我的 target_intervals 和已知的 indel 进行本地重新对齐。下面是我正在尝试的代码。我希望有人可以帮助解决错误并更正我的代码。
错误：查找时，这似乎是一个编码问题，我没有看到它。
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bash - 从 bash 脚本运行 docker
我正在使用作为 docker 映像分发的工具（gatk），并尝试在 shell 脚本中使用它的命令。我以分离模式运行 docker。
然后我从 shell 脚本运行命令
command2 需要来自 command1 的输入，所以我使用等待，但在命令 1 完成之前仍然执行 command2。我也试过
但是在 command1 完成后脚本不会继续运行。
python - 在snakemake 中，snakemake 用于多输入和单输出的多个参数。ConbineGVCFs gat 问题
我在gatk4 中为CombineGVCFs 编写了一条规则。规则如下
all_gvcf 是将要合并的所有 gvcf 文件的数据集。但问题是我需要在每个输入之前添加 --variant 参数。我现在得到的命令如下
我要实现的命令如下
如何在每次输入之前添加这个额外的“--variant”标签？我已将它添加到 get_all_gvcf_list() 函数中。但是后来 snakmake 给了我 inputfiles not found 的问题。
vcf-variant-call-format - VQSR 中的“NEGATIVE_TRAIN_SITE”是什么意思？
我无法在 VQSR 之后的 VCF 数据中找到“NEGATIVE_TRAIN_SITE”的含义。（我在 GATK 上到处搜索过）我认为这意味着由于 VQSLOD 分数不佳，该变体被认为不在真实站点上，应该被过滤掉。但是，在我的 VCF 数据中，VQSLOD 分数和 'NEGATIVE_TRAIN_SITE' 是 True 还是 False 并不对应。这个词代表什么？谢谢 ：）
gatk - gatk VariantRecalibrator 位置参数错误
我正在尝试使用 gatk VariantRecalibrator 重新校准我的 vcf，但不断收到错误“非法参数值：提供了位置参数”。但我不知道这意味着什么，或者如何纠正它！
这是我的电话：
我看到的错误是：
我已阅读手册并尝试使用谷歌搜索，但看不到如何避免，非常感谢任何帮助！
gatk - 用 1000G 外显子组填充 GVCF 文件，让 gatk VariantRecalibrator 处理小样本
我从几个样本中获得了一个 500 bp 的小扩增子的测序数据。GATK 最佳原则建议在我生成的 GVCF 文件上运行VariantRecalibrator。我试图让这个工作，但我收到一个关于“找到零方差的注释”的错误。阅读 gatk 手册和其他帖子（ eg1 ， eg2 ），我相信这是因为我的 vcf 文件中没有足够的样本。我不知道如何用 1000G 或 exac 的数据“填充”我的 vcf 文件！非常感谢任何帮助。
这是我到达这一点的管道，以及我在底部看到的错误。
这是我看到的错误：
gatk - 将 GVCF 文件目录与 gatk CombineGVCFs 合并
我已经使用 gatk HaplotypeCaller 生成了一组大约 400 个 GVCF 文件，并带有-ERC GVCF选项。我现在想将它们结合起来进行下游基因分型和变异重新校准。我相信我可以与 gatk CombineGVCFs 结合使用。
但我不知道的是，如何将我所有的 400 个 GVCF 文件输入到 CombineGVCF 中。我听说这可以通过--arguments_file选项来完成，但我不知道如何构建这样的文件？
任何帮助都感激不尽！
linux - gatk CombineGVCFs 使用路径中带有空格的参数文件
我正在使用 gatk CombineGVCF，并提供 GVCF 的路径以使用参数文件进行组合，但是当参数文件中的文件路径中有空格时出现错误。
以下是参数文件内容的示例：
我尝试将文件路径放在引号中（例如 --variant "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/Illumina_amplicon_sequencing/2021.10.13 Emma MSH3 KO Illumina 扩增子测序/ 2021.12.14 results/sample/results/variants/FAN1-1B5_g.vcf.gz")，并尝试转义空格（例如 /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/ Illumina_amplicon_sequencing/2021.10.13\Emma\MSH3\KO\Illumina\amplicon\sequence/2021.12.14\results/sample/results/variants/FAN1-1B5_g.vcf.gz），但无法让它工作。
这是 gatk 调用：
这是错误：
linux - Snakemake：为同一个参数创建多个通配符
我正在尝试GenotypeGVCFs在许多 vcf 文件上运行。命令行希望每个vcf文件都被列为：
如何在蛇形制作中做到这一点？这是我的代码，但我不知道如何为 -V 创建通配符。