我正在使用作为 docker 映像分发的工具（gatk），并尝试在 shell 脚本中使用它的命令。我以分离模式运行 docker。
sudo docker run --name my_container -d -v ~/test:/gatk/data -it broadinstitute/gatk:4.1.9.0
然后我从 shell 脚本运行命令
#!/bin/bash
docker exec my_container gatk command1
wait
docker exec my_container gatk command2
command2 需要来自 command1 的输入，所以我使用等待，但在命令 1 完成之前仍然执行 command2。我也试过
#!/bin/bash
docker exec my_container gatk command1
docker wait my_container
docker exec my_container gatk command2
但是在 command1 完成后脚本不会继续运行。
您可以一次运行这两个命令：
docker run image /bin/bash -c "gatk command1 && gatk command2"
我设法解决了。问题是当我运行 docker exec 时，我没有定义它来接收来自 shell 的输入。将 -i 标志添加到 docker exec 解决了这个问题。这是完整的解决方案。
我以分离模式启动 docker
sudo docker run --name my_container -d -v ~/test:/gatk/data -it broadinstitute/gatk:4.1.9.0
现在我可以关闭终端，docker 容器启动并运行，我可以在新终端中使用它。我使用以下代码生成了一个名为 myscript.sh 的 bash 脚本。
#!/bin/bash
docker exec -i my_container gatk command1
wait
docker exec -i my_container gatk command2
我运行脚本，拒绝它并关闭终端。
./myscript.sh&disown;exit