我正在尝试GenotypeGVCFs
在许多 vcf 文件上运行。命令行希望每个vcf
文件都被列为:
java-jar GenomeAnalysisTK.jar -T GenotypeGVCFs \
-R my.fasta \
-V bob.vcf \
-V smith.vcf \
-V kelly.vcf \
-o {output.out}
如何在蛇形制作中做到这一点?这是我的代码,但我不知道如何为 -V 创建通配符。
workdir: "/path/to/workdir/"
SAMPLES=["bob","smith","kelly]
print (SAMPLES)
rule all:
input:
"all_genotyped.vcf"
rule genotype_GVCFs:
input:
lambda w: "-V" + expand("{sample}.vcf", sample=SAMPLES)
params:
ref="my.fasta"
output:
out="all_genotyped.vcf"
shell:
"""
java-jar GenomeAnalysisTK.jar -T GenotypeGVCFs -R {params.ref} {input} -o {output.out}
"""