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我的问题很简单：当我得到我想要解决的方程（代码的最后一部分）时，计算是无止境的。也许是网格或步骤的问题？

所以我的问题是解决3个PDE，有两个相似。我已经更改了一些参数，但这总是无止境的。

这是我的代码：

实际上，方程部分的计算是无穷无尽的，尤其是前两个（cc 和 ca）。我期望的是显示 cc、ca 和 phi 演变的图表。

要了解 FiPy 的工作原理，我想求解具有固定端点的Euler–Bernoulli 梁方程：

为简单起见，让q(x,t) = sin(x).

如何在 FiPy 中定义和解决它？如何sin(x)针对方程中唯一的自变量指定源项？

我想设置 fipy 来求解具有正弦边界的一维扩散对流方程。

我最终得到以下代码：

代码运行良好，我得到了合理的结果。然而，它也很慢，大约 3.5 秒的周期。有没有更好的方法来实现这一点？或者我怎样才能加快系统速度？

我正在尝试在 FiPy 中导入使用 Gmsh 生成的 3D 网格。使用 2D 网格进行的测试效果很好。如果随后使用 Gmsh3D 挤压和导入模型，我会收到一条错误消息。

GmshException: Gmsh 没有产生任何细胞！检查您的 Gmsh 代码。

我正在使用 Python 3.7.3、Fipy 3.1.3 和 Gmsh 3.0.6（如推荐）在 Win10 上工作。

test2D.geo 测试文件：

和：

错误信息是：GmshException: Gmsh 没有产生任何细胞！检查您的 Gmsh 代码。

我没有看到我的错误，希望有人可以在这里帮助我。提前致谢

为 Gmsh 输出编辑：

我按照站点在虚拟环境中安装 conda 的首选方法安装了 FiPy。但是，我似乎无法调用/运行任何示例，例如，使用python setup.py test --examples. 当我尝试运行单个示例时也没有成功，例如在主站点上列为examples/diffusion/mesh1D.py. 搜索文件名mesh1D.py表明examples在任何 fipy 目录下根本没有可用的目录。

这仅仅是所有 conda 安装的问题，它省略了示例吗？

我用 Gmsh 创建了一个网格（一个有孔的表面，然后挤压它）。现在，我想在使用 MatplotlibViewer （Mayavi 在我的两台计算机上都不起作用）进行模拟之后将模型绘制在单独的切片中。我曾希望可以使用mesh.physicalFaces 定义一个新网络，但如果可以的话，我还没有想通。我的第二次尝试是使用 Gmsh 再次将网格应用到 Extrude 命令。但网格与 3D 版本的网格不对应。有人可以给我一个线索吗？也像另一种表示方法。

我正在开发 Win10、Fipy 3.1.3、Python 3.6

此尝试的错误消息是：AttributeError: 'binOp' object has no attribute 'cellCenters'。如果我只重新定义网格，直到挤出顺序我得到：“ValueError：解包的值太多（预期为 2）”，因为 tSslice 的形状。我很感激任何帮助

我是FiPy的新手，我对这个例子有疑问：

例子.diffusion.circle：https ://www.ctcms.nist.gov/fipy/examples/diffusion/generated/examples.diffusion.circle.html

我得到错误：

我已经尝试了大约两年前发布的一些东西，但这没有帮助，例如 EnvironmentError: Gmsh version must be >= 2.0 and Gmsh mesh parallel execution in fipy

我已经检查了我的版本： Fipy: 3.3 pygmsh: 5.0.2 spyder 3.3.6 Python: 2.7 gmsh: 4.1.1

我正在使用 Windows 10 64 位。

非常感谢您的帮助。

我第一次尝试用 FiPy 写几个扩散反应方程。

我的方程式适用于三种不同的浓度 c_i，仅包含扩散部分和来源（LateX 输入）：

系数D_i、A_i、B_i、P_i和W_1是常数。我已经用 de Diffusion 项和非线性源项编写了代码。但是对于 100 的范围，我对 c2 有一些奇怪的行为。也许是我写错的非线性源项？我使用 ImplicitSourceTerm 命令，我认为这将线性化该术语。我错过了什么吗？我必须通过 myslef 进行线性化吗？（就像泰勒一样？）

如何将平流扩散反应 PDE 与 FiPy和 https://www.ctcms.nist.gov/fipy/examples/diffusion/generated/examples.diffusion.coupled.html耦合

我也在尝试添加潜在的术语，但我不明白这是否可能。类似的东西（与上面相同，但有潜在的部分）

我分析了来自 https://www.ctcms.nist.gov/fipy/examples/phase/generated/examples.phase.binaryCoupled.html的示例， 以尝试添加像 Diffusionterm 这样的潜在术语，但我总是得到错误：

SolutionVariableNumberError：不同数量的解变量和方程。

我所期望的，但也许我错过了一些东西。

继承那部分代码：

也尝试使用命令扫描做一些数值分析，如残差和范数。我在这里看到了关于扫描命令的一个很好的解释： Solver tolerance and residual error when using sweep function in FiPy

那部分代码（仅用于带有源的扩散术语）

尽管如此，我没有得到任何结果或错误，必须手动停止该过程。

总而言之，我的问题是：有可能使用具有扩散项和潜在项的 FiPy 对 pdes 来解决吗？是否也可以对耦合的 pdes 执行命令扫描？

或者我错过了什么？

我非常感谢任何帮助或建议。我希望，我写的很清楚。十分感谢。

我目前正在使用扫描循环在 python 中使用 FiPy来求解关于我的单元变量phi的微分方程（ eq0 ）。因为我的方程是非线性的，所以我使用了一个扫描循环，如下面的代码摘录所示。

但我不断收到以下错误：

C:\Python27\lib\site-packages\fipy\variables\variable.py:1100：RuntimeWarning：power return self._BinaryOperatorVariable(lambda a,b: pow(a,b), other, value1mattersForUnit=True )
C:\Python27\lib\site-packages\fipy\variables\variable.py:1186: RuntimeWarning: 在less_equal 中遇到无效值返回 self._BinaryOperatorVariable(lambda a,b: a<=b, other)
Traceback (最近最后调用）：
.. 文件“SBM_sphere3.py”，第 59 行，在
....res0 = eq0.sweep(var=phi, dt=dt)
.. 文件“C:\Python27\lib\site-packages\ fipy\terms\term.py"，第 207 行，扫描
....solver._solve()
.. 文件 "C:\Python27\lib\site-packages\fipy\solvers\pysparse\pysparseSolver.py"，行68，在_solve
....self。solve (self.matrix, array, self.RHSvector)
.. 文件“C:\Python27\lib\site-packages\fipy\solvers\pysparse\linearLUSolver.py”，第 53 行，在 _solve__
....LU = superlu .factorize(L.matrix.to_csr())
.. 文件“C:\Python27\lib\site-packages\pysparse\misc__init__.py”，第 29 行，在 newFunc
....return func(*args, ** kwargs)
.. 文件“C:\Python27\lib\site-packages\pysparse__init__.py”，第 47 行，因式分解
....return self.factorizeFnc(*args, **kwargs)
RuntimeError: Factor is exactly single

我很确定这个错误是由于eq0中存在的术语 phi^(2/3) 造成的。如果我用 abs(phi)^(2/3) 替换这个术语，错误就会消失。

我假设扫描循环在某些时候为phi中的几个单元格返回负值，导致错误，因为我们不能用非整数指数为负值供电。

所以我的问题是：有没有办法强制扫描以避免负面解决方案？

我试图包含一条在扫描之前将所有负值设置为 0 的行：

错误仍然存​​在（因为扫描试图在求解线性化系统后立即计算新的系数矩阵？）。

编辑：我将 Python 2.7.14 与 FiPy 3.2 一起使用。我在下面分享我认为与查询相关的代码部分。整个代码非常广泛。一些背景：我正在求解悬浮流的平衡方程。eq0对应于粒子相的质量平衡方程，phi是粒子的体积分数。

函数vantHoff和van_der_waals在单独的文件中定义。

我想知道如何表示第三个导数：

在 Fipy python 中。我知道扩散项表示为

和高阶扩散项为

但是想不出一种方法来表示这个第三个导数。谢谢