问题标签 [fipy]

我目前正在尝试在我们的本地集群（Scientific Linux 6.9 和 Python 2.7.8）上使用 fipy 来执行一些漂移扩散计算，但我在并行求解时遇到了困难。当我尝试运行调用 --trilinos 选项的脚本时，出现以下错误：

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进程执行了涉及调用“fork()”系统调用以创建子进程的操作。Open MPI 当前在可能导致内存损坏或其他系统错误的条件下运行；您的工作可能会挂起、崩溃或产生静默数据损坏。强烈建议不要使用 fork()（或 system() 或其他创建子进程的调用）。

调用 fork 的过程是：

本地主机：[[20666,15131],0]（PID 21499）

如果您绝对确定您的应用程序将成功且正确地在对 fork() 的调用中幸存下来，则可以通过将 mpi_warn_on_fork MCA 参数设置为 0 来禁用此警告。

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我在简单的脚本中隔离了这个错误：

我认为因此 mpi4py 和 fipy 之间存在一些冲突，但我不知道如何诊断冲突。我在安装中缺少一些简单的东西吗？我已经通过 pip 安装了 fipy 和 mpi4py，并且 PyTrilinos 是从源代码安装的。

我是fipy的新手，所以如果这是一个愚蠢的问题，我深表歉意（这似乎对我没有帮助）。但是，除了上述问题中的建议之外，有没有办法以人类可读（或 python 可读）的形式存储 fipy 对象？这仅适用于单元格变量。如果我想做一些比默认 fipy 查看器中的更花哨/自定义的绘图，我该怎么做？

以一个简单的一维扩散为例：

但是，例如，我可以将网格存储为数组吗？或者我可以在每个步骤中存储DiffusionTerm而不是的值吗？CellVariable

就我而言，我想绘制每个时间步长的热梯度（因此从扩散项中提取）与距离。我可以做吗？如何？

在此处输入图像描述

该图像包括控制方程、初始条件和边界条件。它描述了板与流体之间的传热问题。我不知道如何使用 fipy 对包含 var 的二维问题和边界条件进行编码。这是我的尝试。

我发现它失败了。我不知道哪里出了问题。我欢迎任何帮助；非常感谢！顺便说一句，我希望得到的最终图像就像在这里输入图像描述 ......很多谢谢！

设置内部 Dirichlet 条件的说明很清楚，但是内部 neuman 或 robin 条件呢？

如果我有内部热对流，我将如何处理？

我是 fipy 的新手，我想知道是否可以使用带有以下方程组的 Fisher 模型来计算晶界扩散：

在晶界和体之间的边界条件：

其中c是体中的浓度，cb是晶界中的浓度，D是体中的扩散率，Db是晶界中的。d 对应于晶界宽度。

谢谢。

此致，

阿德里安

我正在尝试使用 fipy 来解决非线性 pde 问题，并且我有几个关于使用的问题。

1-我可以将 grid1D 对象设置为从特定数字而不是 0 开始吗​​？

2-是否可以使用带有 x 作为扩散系数的系数变量（如果 phi 是 t 和 x 的函数）？怎么做？

在带有凹凸的 3D 网格上使用 Fipy 和固定通量边界条件时，我注意到一个奇怪的行为。在所附图片的左侧，我展示了具有理论热通量边界条件的几何图形的二维切割，没有（A：顶部）和（B：底部）凸块。在右侧，我显示了T.faceGradAverage[0]在边界处计算的热通量的俯视图。在 A 和 B 两种情况下，网格都是使用 GMSH 创建的。

由于我正在解决顶部固定热通量分布和底部传热系数的传热问题，因此我的 fipy 问题定义(FrontFaces * frontValue).divergence为应用热通量：

FrontFaces 定义为FrontFaces = mesh.facesLeft & test_xy

正如您在图像上看到的，两种情况都会产生完全不同的结果。蓝色表示0热通量，红色表示高热通量。情况 B 在物理上是不可能的：热通量很高，应该为 0。似乎边界条件在情况 B 中没有正确应用，因为有凸起。

有没有人遇到过同样的问题？ 热通量图

我在 FiPy 的帮助下通过各种结构对电流进行建模。为此，我求解了电势的拉普拉斯方程。然后，我使用欧姆定律导出场，并在电导率的帮助下获得电流密度。

FiPy 将电位存储为以细胞为中心的变量，并将其梯度存储为以面为中心的变量，这对我来说很有意义。我有两个关于以人脸为中心的变量的问题：

1. 如果我有二维或三维问题，FiPy 会计算所有方向的梯度（ddx、ddy、ddz）。渐变是一个 FaceVariable，它总是定义在两个单元中心之间的面上。对于结构化（四边形）网格，只有一个导数应该大于零，因为对于任何面，所涉及的两个单元中心的位置应该只在一个坐标上不同。然而，在我的模拟中，经常出现不止一个导数（ddx、ddy、ddz）大于零，即使对于结构化网格也是如此。
   该手册对 FaceGrad 方法给出了以下解释： 使用法线方向的差分（二阶梯度）将梯度（phi）作为 rank-1 FaceVariable 返回。
   我看不出，这与我上面指出的理解有何不同。
   是什么使它更成问题：每当包含“太多”衍生物时，即使在我建模的最简单结构中，电流似乎也不守恒......

2. 有没有一种聪明的方法来访问存储在以人脸为中心的变量中的数据？假设我想计算通过我的建模结构的电流。
   截至目前，我将存储在 FaceVariable 中的数据保存为 tsv 文件。这会产生一个包含 (x,y,z) 位置和 (ddx, ddy, ddz) 值的表。我读取文件并将数据保存到数组中以在 Python 中使用它。这似乎违反直觉，真的很不方便。能够沿某些平面或某些点访问 FaceVariable 会好得多。

我正在尝试在 Python 3.6 上安装 FiPy。并遇到了麻烦。我按照 NIST 网站上的安装说明进行操作：https ://www.ctcms.nist.gov/fipy/INSTALLATION.html

但在最后一步pip install fipy我得到一个我不明白的错误：

(MYFIPYENV) >pip install fipy 正在收集 fipy 缓存条目反序列化失败，条目被忽略 缓存条目反序列化失败，条目被忽略
正在下载 FiPy-3.1.3.tar.gz

命令“python setup.py egg_info”在 C:\Users\AppData\Local\Temp\pip-build-9xzf0bmv\fipy\ 中失败，错误代码为 1 缓存条目反序列化失败，条目被忽略

有人可以告诉我这个错误是什么以及如何解决它吗？

为了不重复我尝试了以下提示的问题：

在 Windows 10 上工作。提前致谢！

我对使用 fipy 求解微分方程很感兴趣。

当我使用 Grid2D 时，以下代码可以正常工作。

当我使用 Grid3D 而不是 Grid2D（注释行）时，出现以下错误：

我使用https://www.ctcms.nist.gov/fipy/INSTALLATION.html中的«推荐方法»安装了 fipy 。我尝试使用 Miniconda 为 Pthon 3.6 和 Python 2.7 安装并得到相同的错误。

如何使用 Grid3D 求解方程？