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我目前UnitCubeMesh(2,2,2)在 Fenics 中有一个简单的，我希望为网格表面上的每个元素提取法向量的坐标（不为网格本身的主体内的任何元素提取法向量）。然后我输出网格上每个元素的坐标 (x,y,z)，以及该元素的法线向量的相应坐标 (nx,ny,nz)。FacetNormal()显然，由于在 Fenics 中如何定义局部和全局法线，因此简单地使用 存在问题？

下面是我为提取边界上每个元素的空间坐标而编写的代码，如何将其扩展为法向量分量？

我正在修改代码来求解 Poisson-Nernst-Planck 方程，并尝试在 Python 中使用 Dolfin 创建一维区间网格。网格对应于不同的扩散层长度。在原始代码中，将扩散层长度转换为网格尺寸似乎对应于 v = 100x + 990，其中 x 是所需的扩散层长度（微米），v 是间隔数。下面是我的代码：

但是，当我根据代码附带的网格测试生成的网格时，网格是非常不同的。其中一个代码输入如下所示：

我不确定网格间隔是否可变，或者此输入可能与我生成网格的方式相关。我对 Dolfin/Fenics 真的很陌生，提前感谢任何帮助/提示！

以下是我用来在两个不同网格之间进行插值的 python FEniCS（我使用 dolphin 2019.1.0）脚本的简短 MWE。这个想法是加速插值，特别是如果函数空间的大小很大，大约为 10^6。但我无法成功运行它。

以下 python 代码转换是使用 void 函数 (extract_dof_component_map_1) 的参数在 c++ 中对 <std::unordered map> 的 dict。我要求它使用标准的 Pybind 11 模块“通过引用传递参数 (dict)”。

它显示此语句的语法错误，因为 PYBIND11 模块中的定义不正确。成功运行代码应打印“hi”。

测试.py

.cpp 文件

错误：

注意：我已经验证了 FunctionSpace 在 PYBIND11 中的定义是正确的。只有通过引用转换 dict 的语法是不正确的。

感谢您为解决此语法错误提供的任何帮助。提前致谢。

为了澄清我的模拟输出的性质，我将不胜感激。该模拟考虑了在 3D 中包含在圆柱形通道内的立方体周围的流动。数学模型是 Navier-Stokes 方程和连续性方程 (div U = 0)。我已经开发了二维数值模拟的代码并且输出是正确的，这让我认为 2d 和 3d 问题相同的变分问题（如果我错了，请纠正我）在 FEniCS 中很好地提出. 当我尝试在 3D 几何体上运行模拟时，我在压力和速度场（u，p）方面都得到了以下（输出）。

我想通过几个步骤来解释我是如何管理几何的：

1. 在 FreeCAD 中构建它

2. 在 GMSH 中导入

3. 通过命令 add-->surfaces 定义边界并用从 1 到 4 的数字标记它们
   3.1) 对应于标签“1”的壁表示与圆柱体相关联的表面
   3.2) 对应于标签“2”的障碍物表示内部立方体表面
   3.3) 对应于标签“3”（“4”）的入口（出口）表示与气缸相关的入口和出口表面

4. 用 add-->volumes 定义卷并用 5 标记它

5. 将 .msh 文件转换为 .xml 文件，生成两个附加文件：physical_region.xml 和 facet_region.xml。这两个文件必须自动包含有关边界的信息。然后实现以下行，以便在计算模拟之前在 python3 中详细说明几何：

   % 读取网格
   mesh = Mesh('file.xml')
   cd=MeshFunction('size_t', mesh, 'prova_physical_region.xml')
   fd=MeshFunction('size_t', mesh, 'prova_facet_region.xml')
   bcu_inflow = DirichletBC(V , 常数((2, 2, 0)), '3')
   bcu_wall = DirichletBC(V, 常数((0, 0, 0)), '1')
   bcu_cube = DirichletBC(V, Constant((0, 0, 0)), '2')
   bcp_outflow = DirichletBC(Q, Constant(0), '4')

模拟没有给出任何错误并计算（输出）中显示的结果，这在我们的物理环境（流体动力学）中没有意义，那么我想知道问题出在哪里。我会强调网格在 FEniCS 中充电良好。

我从以下命令开始对 openmpi 的配置和安装阶段有疑问： spack install hdf5 for the installation of spack.

继续得到以下输出：

（我正在使用带有 m1 处理器的 mac）

从 spack 编译器我得到这个输出：

我的目标实际上是安装 FEniCS (DOLFINx)，从我在网上找到的内容中，我看到要做到这一点，你首先需要安装 spack，所以我尝试了。在我安装的各种软件包中，我发现了 openmpi 中指出的问题。如果我需要下载其他内容或通过其他程序解决问题，我不知道如何继续。