问题标签 [fenics]

我成功地在 anaconda 中安装了 fenicsproject。但是，我无法在此环境中安装 spyder。

我在 fenicsproject 环境中运行 conda install spyder 并从终端收到这条很长的消息。我不确定如何修复它。

...这是一个很长的错误消息，不适合这里...</p>

我正在学习，而且我是 Fenics 数值计算的新手。我试图了解 Fenics 实施中某些方面的性质。我尝试为极其简单的函数计算梯度 - P2 函数空间中的基函数与计算梯度

我只显示最重要的代码行：

问题1 - 我希望只看到 5 个节点的梯度（集基函数的直接邻域）。为什么结果显示其他内容？

QUESTION2 - 如何将所有梯度向量归一化为完全一个。我以这种方式尝试过：计算

然后

为什么它没有提供预期的结果，虽然在数学上是正确的。

我是stackoverflow和fenics的新手。我最近使用 env 来计算另一个文件的输入代码。

我想计算有限元并保存组装矩阵，比如在矩形域D=(-1,1)*(-2,2)上。x我在和的方向上设置离散点的数量y，设置nx,ny=9，即2*10*10三角形。

当我计算矩阵并组装它们时，它们的大小(nx+1)*(ny+1)*(nx+1)*(ny+1)而不是(nx+1)*(ny+1).

MWE：

我会很感激任何帮助，谢谢！

我是使用 Ubuntu 的初学者，目前正在尝试在使用 FEniCS 模块的 Ubuntu 20.04 中运行 Simon W. Funke 的 OpenTidalFarm python 代码。我正在使用 FEniCS 2019.2.0，而 Python 3.8.5 是我当前的 python 版本。

这是我要运行的代码：

该.optimisation_helpers.py模块中有这些导入：

但是当我执行主代码时，它显示了这样的错误：

所以我检查了__init__.pydolfin 模块代码（这与错误显示的路径不同，路径是 \usr\lib\petscdir\petsc3.12\x86_64-linux-gnu-real\lib\python3\dist-packages \dolfin) 并试图找到“日志”在哪里，我只能找到这个：

我想知道有什么问题。可能是因为 .cpp 模块没有声明“日志”变量，或者可能是因为路径不同，或者完全是别的什么？我不太熟悉从 python 中的 .cpp 导入，我对如何解决这个问题感到困惑。先感谢您。

我是 Fenicsproject 的论文目的。运行程序后，我总是 RuntimeError 。这意味着什么？我怎么解决这个问题。提前致谢。

在 Mac 上，我已经安装了

Python 3.9 版

和

码头工人 20.10.6

并按照 https://fenics.readthedocs.io/projects/containers/en/latest/quickstart.html中的说明进行操作

现在安装 FEniCS Docker 脚本工作正常，但使用命令时

fenics项目运行

在终端，它说

/usr/local/bin/fenicsproject：第 81 行：docker-machine：找不到命令

我做错了什么？

我已经使用它安装了 Fenics

https://fenics.readthedocs.io/projects/containers/en/latest/introduction.html#running-fenics-in-docker

到目前为止一切正常。

现在想用 Pycharm 尝试用 fenics 写一个程序。它开始于

从 fenics 进口 *

我得到了错误

ModuleNotFoundError：没有名为“fenics”的模块。

我使用 Python 3.9、PyCharm 2021.1.2。

问题可能来自一些扭曲的目录吗？

我正在遵循https://fenics.readthedocs.io/projects/containers/en/latest/introduction.html的指示。

我得到：

但我无法打开 http://0.0.0.0:8000（我尝试过 chrome、safari 和 firefox）。我也尝试过替换 0.0.0.0。使用我的 IP 地址或本地主机，但问题仍然存在。

编辑：我不确定这是否起作用，但如果我尝试http://0.0.0.0:8000或 localhost:8000，我会立即收到错误，但是当我用我的 IP 地址替换 0.0.0.0 时，我知道“brosing 花了太长时间”。

所以我一直在修补 GMSH 4.8.4 以创建 2D 海洋网格。我正在将其转换为 DOLFIN XML 以在 python 脚本中使用。但是，我来自 gmsh 的 .msh 文件不知何故不包含任何方面信息。而且我在网上找不到任何关于如何制作这些方面的信息。您如何在 GMSH 中制作刻面？任何帮助表示赞赏！

我想编写一个使用基于FEniCS的 FEM 求解器作为其步骤之一的Snakemake工作流程。

问题是预处理（加载网格等）很昂贵。因为我不知道如何在工作流程中只做一次，所以我想办法让它更便宜。

目前我的代码如下所示：

有没有办法以快速阅读的格式缓存mesh, V, dsand dx（或boundariesand ）？subdomains