问题标签 [fastq]

上面的错误在我下面的代码中不断发生，但是它仅在较大程序的一部分时发生，当它自己运行时不会发生错误并且输出被写入 output_file。这个错误是什么意思，为什么它只发生在其他代码中？以下是我作为大型程序一部分的代码：

在这里它是独立的：

独立时输出为：

我有我希望解析的 fastq 文件。下面显示了每个文件中 1 个“读取”数千个的示例：

我的目标是让它们出现在字典中，如下所示，每一行都被缩短了：

我在这里看到，您可以将一行声明为键，然后使用 next(filename) 命令将下一行用作值，因此尝试使用它，但有 3 个 next(filename) 条目，如下面的代码所示：

目前我收到以下错误：

有谁知道如何使此代码工作，如果不是替代方案？

整个脚本如下：

命令行使用：

我假设有 50 个文件夹，每个文件夹都有不同数量的文件对，这些文件是命令行工具的输入。

我需要做的是将文件分成它们各自的对（每个文件名一个 r 和一个 f），看起来像这样（一对）：

我将使用它作为需要采用这种格式的输入

然后遍历所有对。

我试图这样做：

但我遇到了一个错误${ADDR[ ]}: bad substitution。您能否解释一下我真正想学习的方法。

编辑：

澄清一点：

这有点像我正在寻找的输出：

但没有重复：

我正在尝试编写一个代码，该代码将打开一个 fasta 文件并从不同的 fastq 文件中提取读取名称（标题）、序列（seq）和质量分数（qual），只有在 fasta 文件中找到它时，并写入将 fastq 信息放入一个新的 fastq 文件中。但是，我在如何编写最后一部分时遇到了麻烦（我在代码中遇到问题的地方加粗了）。可能有人知道如何编写这部分，或者我可以在哪里找到有关如何在 python 中输入的信息？

到目前为止，我有：

我有一个非常基本的问题，但我无法得到解决方案。我在同一个目录中有多个文件，我想连接每对文件。名称是：

Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq Sample2_R1_L001.fastq Sample2_R2_L001.fastq Sample3_R1_L001.fastq Sample3_R2_L001.fastq

（ETC...）

我想要的结果是按样本连接，比如 cat Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq > Sample1_concat.fastq

我试过这个循环，找到 . -name " _R?_ "|读取文件时；做 "$file" R1 *.fastq "$file"_R2_L001.fastq > "$file"_merged.fastq

但它没有用。有什么想法吗？

我将许多文件（每个约 1 gig）合并到一个文件中，但合并的文件不完整。当将 b 连接到 a 时，b 会在中间的某个地方连接而不是结束。我正在运行的命令是：

也，或者

在我检查文件后，合并文件的大小比原始文件小，并且还在中间的某个地方连接。

谢谢

我有一些来自 Illumina NextSeq 运行的 .fastq 文件。许多序列具有使映射它们复杂化的poly-A束。我想删除所有十个连续 A 的序列，并且一直在尝试使用 fastx_clipper 这样做，如下所示：

这导致了以下错误消息：

我不完全确定这意味着什么。我使用 head 查看了 fastq 文件：

据我所知，这看起来像是一个完全正常的 fastq 格式文件。谁能解释导致此错误的原因？谢谢！

我正在尝试将 fastq 转换为 fasta 而不先进行质量过滤。当我尝试使用 fastx 工具包运行此转换时，它会在遇到低质量基础并终止转换时给我一条错误消息，以便我的转换输出很早就结束。（错误表示质量分数低于-30）。

然后我尝试使用这个论坛之前发布的关于如何使用 sed 转换为 fasta 的 sed 解决方案。这条线是这样的：

我输入到终端的行是：

它吐出我想要的东西，但直接打印到终端中。

如何让这些信息不在终端上打印，而是打印到输出文件？

如何指定我希望输出进入的文件/文件名。谢谢。

我有一个要在文件夹的所有文件上运行的命令，该命令的语法如下所示：

我想做的是一个脚本，它遍历任意文件夹中的所有文件，并使用输入文件名来创建相似但不同的输出文件名。文件名如下所示：

让输入起作用似乎很简单：

我尝试使用output=${f,.fastq,.bam}并使用它作为输出参数，但这不起作用。我得到的只是一个错误：line 3: ${f,.fastq,.bam}: bad substitution. 这是做我想做的事情的方式，还是我应该做其他事情？如果这是正确的方法，我做错了什么？

[编辑]：

感谢所有的答案！不过，一个额外的问题......如果我有这样命名的文件怎么办，而不是：

...我可以有任意数量的样本（sampleX），但它们都有两个与之关联的文件（_1和_2）。该命令现在看起来像这样：

所以，仍然只有一个输出，我可以为它做类似的事情"${f/_[1-2].fastq/.bam}"，但我不确定如何获得一个循环，每次只迭代一次，sampleX同时获取两个相关文件......想法？

[编辑#2]：

所以，这是最后一个成功的脚本！

我正在学习如何将 perl 用于基因组学应用程序。我正在尝试清理成对的末端读取（1 个正向，1 个反向）。这些存储在 2 个文件中，但行匹配。我遇到的麻烦是让相关子例程从第二个文件中读取（我得到的警告是针对未初始化的值）。

这些文件设置在 4 行块（fastq）中，其中第一行是运行 ID，第二行是序列，第三行是“+”，第四行保存第 2 行中序列的质量值。

当它仅应用于一个文件时，我对这段代码没有真正的问题，但我认为我误解了如何处理多个文件。

非常感谢任何指导！

我在这种情况下的警告是这样的：在 ./pairedendtrim.pl 第 137 行第 4 行的减法 (-) 中使用未初始化的值 $thisline。