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我正在尝试将 fastq 转换为 fasta 而不先进行质量过滤。当我尝试使用 fastx 工具包运行此转换时,它会在遇到低质量基础并终止转换时给我一条错误消息,以便我的转换输出很早就结束。(错误表示质量分数低于-30)。

然后我尝试使用这个论坛之前发布的关于如何使用 sed 转换为 fasta 的 sed 解决方案。这条线是这样的:

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p'

我输入到终端的行是:

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' Sample_As_L001_R1.cat.fastq 

它吐出我想要的东西,但直接打印到终端中。

如何让这些信息不在终端上打印,而是打印到输出文件?

如何指定我希望输出进入的文件/文件名。谢谢。

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将其重定向到文件

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' Sample_As_L001_R1.cat.fastq > Sample_As_L001_R1.cat.fasta
于 2014-09-22T17:48:19.547 回答