我正在尝试将 fastq 转换为 fasta 而不先进行质量过滤。当我尝试使用 fastx 工具包运行此转换时,它会在遇到低质量基础并终止转换时给我一条错误消息,以便我的转换输出很早就结束。(错误表示质量分数低于-30)。
然后我尝试使用这个论坛之前发布的关于如何使用 sed 转换为 fasta 的 sed 解决方案。这条线是这样的:
sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p'
我输入到终端的行是:
sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' Sample_As_L001_R1.cat.fastq
它吐出我想要的东西,但直接打印到终端中。
如何让这些信息不在终端上打印,而是打印到输出文件?
如何指定我希望输出进入的文件/文件名。谢谢。