我有一些来自 Illumina NextSeq 运行的 .fastq 文件。许多序列具有使映射它们复杂化的poly-A束。我想删除所有十个连续 A 的序列，并且一直在尝试使用 fastx_clipper 这样做，如下所示：
ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a AAAAAAAAAA –i FR0826_S1_L004_R1_001.fastq –o FR0826_L004_trimmed.fastq
这导致了以下错误消息：
fastx_clipper: input file (-) has unknown file format (not FASTA or FASTQ), first character = (10)
我不完全确定这意味着什么。我使用 head 查看了 fastq 文件：
ha5c6n8$ head FR0826_S1_L004_R1_001.fastq
@NS500289:18:H1237BGXX:4:11401:2791:1023 1:N:0:1
NCTACATTGGTTCCTCAGCCAAGCACATACACCAAATGTCTGAACCTGCGGTACCTCTCGTACTGAGCAGGATT
+
#<<AAFAFFFAFFFFF7FF)FF.F<FAFFFFF<FF.AFFF7F.F.FFAFFFF)7AF7F<FFF<<F7FFFFFF7F
@NS500289:18:H1237BGXX:4:11401:19266:1023 1:N:0:1
NAATGGGTCTGCGAGAGCGCCAGCTATCCTGAGGGAAACTTCGGAGGGGGCCGGCTACTAGATGGTTCGCTTAGT
+
#<7AAFAFFFFFFFF7FFAA.AFF<F...<AFFFF7F..FA.A<AA<F7)FA7.FF.<FA..F.A7AF..FFF.A
@NS500289:18:H1237BGXX:4:11401:6297:1023 1:N:0:1
NATAAGAGGGGTGTGGCTAGGCTAAGCGTTTTGAGCTGCATTGCTGCGTGCTTGATGCTTGTCCCTTTTGATCGT
据我所知，这看起来像是一个完全正常的 fastq 格式文件。谁能解释导致此错误的原因？谢谢！