bash - Bash：替换文件名的一部分

Question

我有一个要在文件夹的所有文件上运行的命令，该命令的语法如下所示：

tophat -o <output_file> <input_file>

我想做的是一个脚本，它遍历任意文件夹中的所有文件，并使用输入文件名来创建相似但不同的输出文件名。文件名如下所示：

input name                desired output name
path/to/sample1.fastq     path/to/sample1.bam
path/to/sample2.fastq     path/to/sample2.bam

让输入起作用似乎很简单：

for f in *.fastq
do
     tophat -o <output_file> $f
done

我尝试使用output=${f,.fastq,.bam}并使用它作为输出参数，但这不起作用。我得到的只是一个错误：line 3: ${f,.fastq,.bam}: bad substitution. 这是做我想做的事情的方式，还是我应该做其他事情？如果这是正确的方法，我做错了什么？

[编辑]：

感谢所有的答案！不过，一个额外的问题......如果我有这样命名的文件怎么办，而不是：

path/to/sample1_1.fastq
path/to/sample1_2.fastq
path/to/sample2_1.fastq
path/to/sample2_2.fastq
...

...我可以有任意数量的样本（sampleX），但它们都有两个与之关联的文件（_1和_2）。该命令现在看起来像这样：

tophat -o <output_file> <input_1> <input_2>

所以，仍然只有一个输出，我可以为它做类似的事情"${f/_[1-2].fastq/.bam}"，但我不确定如何获得一个循环，每次只迭代一次，sampleX同时获取两个相关文件......想法？

[编辑#2]：

所以，这是最后一个成功的脚本！

for f in *_1.fastq
do
        tophat -o "${f/_1.fastq/.bam}"  $f "${f/_1.fastq/_2.fasq}"
done

score 4 · Accepted Answer

您可以使用：

tophat -o "${f/.fastq/.bam}" "$f"

测试：

f='path/to/sample1.fastq'
echo "${f/.fastq/.bam}"
path/to/sample1.bam

score 3 · Accepted Answer

不是答案而是建议：作为生物信息学家，您应该使用GNU make及其选项-j (number of parallel jobs)。Makefile 将是：

.PHONY:all
FASTQS=$(shell ls *.fastq)

%.bam: %.fastq
    tophat -o $@ $<

all:  $(FASTQS:.bam=.fastq)

score 1 · Accepted Answer

替代anubhava的简洁解决方案，

d=$(dirname path/to/sample1.fastq)
b=$(basename path/to/sample1.fastq .fastq)
echo $d/$b.fastq
path/to/sample1.fastq

tophat -o "$d/$b.fastq" "$f"

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