loops - 在 UNIX 中循环连接多对具有几乎相同名称的文件

Question

我有一个非常基本的问题，但我无法得到解决方案。我在同一个目录中有多个文件，我想连接每对文件。名称是：

Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq Sample2_R1_L001.fastq Sample2_R2_L001.fastq Sample3_R1_L001.fastq Sample3_R2_L001.fastq

（ETC...）

我想要的结果是按样本连接，比如 cat Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq > Sample1_concat.fastq

我试过这个循环，找到 . -name " _R?_ "|读取文件时；做 "$file" R1 *.fastq "$file"_R2_L001.fastq > "$file"_merged.fastq

但它没有用。有什么想法吗？

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这是我的做法：

for i in {1..4}; do echo cat Sample"$i"* > combined_"$i".txt; done

循环数字然后构建命令...获取实际文件名肯定是可能的，但是使用 shell，我只做可能工作的最简单的事情，即使这意味着部分强制循环。

将 1..4 替换为任何限制，shell 将为您将其扩展为所有不同的数字。

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for i in {1..3}; 
do for j in 1 2; 
do cat 6692_S${i}_S${i}_*_R${j}_001.fastq.gz >  6692_S${i}_R${j}_concatenate.fastq.gz; 
done; 
done

#我的样品名称例如 6692_S1_S1_L001_R1_001.fastq.gz; 6692_S1_S1_L002_R1_001.fastq.gz

我认为您可以根据自己的需要进行调整。

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