问题标签 [european-data-format]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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python - Pyedflib 错误读取信号

我有一组包含 EEG 信号数据的 EDF 文件。我pyedflib用来访问文件,但是我经常难以从某些文件中读取信号。基本上,当我尝试读取信号值时,有许多文件会得到全为 0 的数组。鉴于:

这将返回一个长度为 'file_dur' * 'fs' 的数组,但结果是一个全为 0 的数组,并显示以下警告:

有谁知道什么可能导致这样的问题?不幸的是,我无法分享任何数据,因为它是 PHI,但如果有任何其他信息可能会有所帮助,请询问。

一些额外的注意事项:

  1. 我还尝试sig=f.readSignal(4,start=0,n=100)确保文件的开头或任何类似的东西都没有问题,它返回一个长度为 100 的全 0 数组。
  2. 当我在 Matlab 中检查它们时,这些值是正确的(即非零)。
  3. 问题似乎是文件特定的(有些被正确处理,而另一些则没有),但是除了实际信号值之外,我找不到文件之间的任何差异
  4. 在我的完整应用程序中使用的索引 4f.readSignal(4)没有硬编码,这只是为了演示目的(在我的示例文件中,4 对应于 EEG 通道 F4)。

谢谢!

PS我也将此添加到pyedflib wiki。

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python - 直接从python中的在线存档导入.edf文件

使用 pyedflib 导入 edf 文件,是否可以直接从其源导入数据集?还是总是需要下载数据并在本地导入?

例如,我想这样做:

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python - mne-python:读写edf文件导致运行时错误

我想编写一个 EDF 文件,但还没有找到mne可以让我这样做的函数。所以我pyedflib改用了。但是,当我尝试使用 读取我新创建的 EDF 文件mne.io.read_raw_edf()时,出现运行时错误:

RuntimeError: EDF+ Annotations (TAL) channel needs to be parsed completely on loading. You must set preload parameter to True.

我用于创建 EDF 文件的代码是来自以下位置的演示pyedflib

https://github.com/holgern/pyedflib/blob/master/demo/writeEDFFile.py

我需要在写出或读入中进行哪些更改才能mne在我的 EDF 文件上使用函数?

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python - 如何使用 python 读取 edf.event 文件?

我有一个 .edf 文件,可以使用“pyedflib”读取,代码如下。该代码基本上是采用 .edf 文件并将其转换为 numpy 数组。阵列形状为 65*20000。

而且我还有一个 .edf.event 文件,它与 .edf 文件的信息相对应。下面给出了基于文件文本的内容。

"""Xü## 时间分辨率:160 ìÿÿÿÿ XüT0 持续时间:4.2 ZüT2 持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT1 ​​持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT1 ​​持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT2 持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT2 持续时间: 4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT1 ​​持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT1 ​​持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT2 持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT1 ​​持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT2 持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT2 持续时间:4.1ZüT0持续时间:4.2 ZüT1 ​​持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT1 ​​持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT2 持续时间:4.1ZüT0 持续时间:4.2 ZüT1 ​​持续时间:4.1 """

T0、T1 和 T2 是实验类型,此文件给出了实验的持续时间。

我的目的是提取这些信息以用于上述数据。我可以通过实现一些正则表达式技术来做到这一点。但是由于我未来的实现有很多数据,所以找到模式真的很耗时。

因此,我的问题是:有没有可以读取 .edf.event 文件的库或工具?

此外,如果您想查看 .edf.event 文件,可以查看下面的链接。

https://www.physionet.org/pn4/eegmmidb/S001/

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python - 使用 pyedflib 将 csv 写入 EDF+

想知道是否可以直接从 csv 文件中读取数据并使用 PYEDFLIB 将所有内容打印到 EDF 文件中?最大的挑战是他们网站上的 PYEDFLIB 代码不支持大数据

有关 pyedflib 的参考链接 http://pyedflib.readthedocs.io/en/latest/

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python - 是否可以将 EEG 库用于 CSV 到 EDF

我找到了这个链接(https://github.com/lsilva6851/EDF/blob/master/edf2csv.py),它将 EDF 转换为 CSV。如何将 CSV 转换为 EDF?

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c# - 如何计算 EDF 文件的持续时间(时间)?

我有一个包含 73 条记录的 EDF 文件,每条记录为 1 秒。

我的 edf 查看器图片

我以 73 秒计算了该 EDF 文件的持续时间,
但是当我使用标准 EDF 查看器时,我看到该 EDF 文件的持续时间约为 63 秒。

商业edf viewer程序图像

我的方法不对。
计算 EDF 文件持续时间(时间)的正确方法是什么?

信息记录:

标识码:0
本地主体标识:111111-1111 X 30-DEC-1899 Sanna_Testi
本地录制标识:开始日期 21-NOV-2017 dcfgyfgj XX
录制开始日期:21.11.17
录制开始时间:13.45.29
头记录中的字节数: 6,912
数据格式版本:EDF+C
数据记录数:73 数据记录
持续时间:1 秒
数据记录通道数:25

EDF 的规范可以在这里找到: https ://www.edfplus.info/specs/edf.html

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python - 如何在 Python 3 中读取 edf 数据

如何使用 Python 读取 edf 数据?我想分析 edf 文件的数据,但我无法使用pyEDFlib读取它。它抛出了错误OSError: The file is discontinous and cannot be read,我不知道为什么。

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r - 如何在 R 中导入 .rec 文件

我有一个要导入 R 的 .rec 文件。我已将 .rec 文件保存到我的工作目录中。这是我尝试过的。

我收到此错误:

另外:警告信息:

1:

2:

我在网上和 R 中的 read.epiinfo 帮助包中查看过。帮助包说

Epi Info 的一些更新版本使用 Microsoft Access 文件格式来存储数据。这可以通过 RODBC 包读取。

我有两个问题。
1. 我得到的错误是因为我拥有的 .rec 文件来自高于 6 的 Epi Info 版本吗?
2. 如何使用 RODBC 库打开 .rec 文件?

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python - 将 .edf 转换为 .npy

我正在尝试将 .edf 文件转换为 .npy 文件。我是编码新手,但我的基本理解是这两个文件都是数组,我应该能够在 python 中创建一个脚本来转换数据。