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我有一个 .edf 文件，可以使用“pyedflib”读取，代码如下。该代码基本上是采用 .edf 文件并将其转换为 numpy 数组。阵列形状为 65*20000。

file = pyedflib.EdfReader(file_name)
n = file.signals_in_file
signal_labels = file.getSignalLabels()
sigbufs = np.zeros((n,file.getNSamples()[0]))
for i in np.arange(n):
    sigbufs[i,:]=file.readSignal(i)

return sigbufs

而且我还有一个 .edf.event 文件，它与 .edf 文件的信息相对应。下面给出了基于文件文本的内容。

"""Xü## 时间分辨率：160 ìÿÿÿÿ XüT0 持续时间：4.2 ZüT2 持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT1 ​​持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT1 ​​持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT2 持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT2 持续时间： 4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT1 ​​持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT1 ​​持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT2 持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT1 ​​持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT2 持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT2 持续时间：4.1ZüT0持续时间：4.2 ZüT1 ​​持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT1 ​​持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT2 持续时间：4.1ZüT0 持续时间：4.2 ZüT1 ​​持续时间：4.1 """

T0、T1 和 T2 是实验类型，此文件给出了实验的持续时间。

我的目的是提取这些信息以用于上述数据。我可以通过实现一些正则表达式技术来做到这一点。但是由于我未来的实现有很多数据，所以找到模式真的很耗时。

因此，我的问题是：有没有可以读取 .edf.event 文件的库或工具？

此外，如果您想查看 .edf.event 文件，可以查看下面的链接。

https://www.physionet.org/pn4/eegmmidb/S001/

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2 回答 2

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我也遇到了这个问题。事实证明 edf.event 文件似乎是一种仅与特定 physionet 软件兼容的文件类型。幸运的是，事件文件中的所有注释信息都可以在它们提供的 edf 文件中找到。为了检索注释，使用这段代码将 edf 文件的所有注释打印为 numpy 数组：

file = pyedflib.EdfReader(file_name)  
annotations = file.readAnnotations()  
print(annotations)

编辑：要将带注释的代码分配给特定数据集的每个文件中的数据（加上删除 0 值的最后半秒），请使用以下脚本：

import urllib.request
import numpy as np
import pyedflib

timeArray = np.array([round(x,5) for x in np.arange(0,124.5,.00625)])
timeArray = timeArray.reshape(19920,1)
reader = pyedflib.EdfReader('your/path/here/S001R05.edf')
annotations = reader.readAnnotations()
intervals = np.append(annotations[0],[124.5])
codes = annotations[2]
codeArray = []     
counter = 1
for timeVal in timeArray:
    if timeVal == 124.5:
        break
    elif timeVal / intervals[counter] == 1.0:
        counter += 1

    codeArray.append(codes[counter - 1])

invertCodeArray = np.array(codeArray).reshape(19920,1)
numSignals = reader.signals_in_file
signal_labels = reader.getSignalLabels()
dataset = np.zeros((numSignals, reader.getNSamples()[0]))
for signal in np.arange(numSignals):
    dataset[signal, :] = reader.readSignal(signal)

dataset = dataset[:,:-80].transpose()
masterSet = np.concatenate((timeArray,invertCodeArray,dataset),axis=1)
于 2018-04-10T19:20:39.703 回答
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import wfdb

path='staffiii/data/'
#location of file on physionet server. This corresponds to STAFF III database

filename='001c'
#patient file name

sig, fields = wfdb.rdsamp(filename, pn_dir=path)

ann_ref = wfdb.rdann(filename,'event',pn_dir=path)

使用它，在 rdann 传递参数作为 'event' 用于读取 *.event 文件和 'atr' 用于读取 *.atr 文件。

于 2021-10-05T08:41:13.363 回答