问题标签 [dunn.test]

我想用包中的函数转换dunn.test输出，但我丢失了成对组名。如何将它们保存在“融化”的数据框中？meltreshape2

使用输出melt，pairwise.wilcox.test代码：

输出下一个结果：

我希望dunn.test输出相同，但之后：

标准输出如下所示：

和这里的“融化”输出，所以没有预期的行（成对）名称：

我的数据：

我改编了一个脚本，以在多个变量上运行包中的多个（事后）比较dunn.test函数dunn.test，这会生成多个数据帧，并与 .xls 文件中的波纹管（简化）代码一起保存为单独的表。我想要的是与每个日期框架一起保存被分析的变量（列）的名称，作为表标题（而不是列标题）。我正在寻找几个小时的解决方案，但没有成功。这个怎么做？它们太多了，我不想手动输入它们。

我正在处理细菌焦磷酸测序数据，并且正在使用 R 进行统计分析。我有 21 个样本和 7 种不同的处理方法。我将数据加载到 R phyloseq 中，获得：

由于我发现治疗（具有阿多尼斯功能）之间存在统计学上的显着差异，因此我想知道哪些 OTU 在不同的治疗中具有不同的丰度。为此，我使用了函数 dunn.test（结合了 Kruskal-Wallis 测试），首先交换 OTU 表中的行和列以应用测试：

这个递归函数的输出很难阅读，尤其是对于所有 7498 OTU。

有没有办法以递归方式应用 Kruskal-Wallis + Dunn 检验，将表格作为输出，最好按重要性顺序，并且不仅包含 OTU 代码，还包含 tax_table(psR) 中包含的分类标识？

非常感谢！

莉迪亚

我需要从包的函数中提取/复制Kruskal-Wallis卡方的显着性（ p-value ）变量，但它没有返回。问题是：如果我有卡方和相关的自由度，可以计算p 值，如何计算？dunn.testdunn.test

我的数据：

我的代码：

我有一个很长的数据集（N=499）。我从中比较了索引在 8 种不同处理中的表现（每种处理中的样本数量不同）。

我已经做过 Kruskal-Wallis，效果显着（p 值 < 2.2e-16）。

现在，对于事后测试，我正在考虑使用 Dunn 测试，但我读到 Wilcoxon 也可能有用，有什么建议吗？

非常感谢大家。

我正在使用dunn.test()from the package dunn.test，我不希望它向 std 输出（控制台）打印任何内容，因为我这样做了很多次，我想看看在此之前是否有任何警告。

所以我取消了kruskal wallis test的打印，以及像这样的表格的打印——

但是每次测试后它仍然打印一个换行符，有什么办法可以防止它打印新行吗？还是一种从打印中捕获换行符的方法？

可重复的示例dunn.test-

R中是否有一个函数可以在这些组周围创建箱线图和打印，使用成对多重比较检验（例如邓恩检验）没有显示出显着差异？

结果应该类似于这张图片：

我目前正在寻找一种在 R 中执行 dunn 测试的方法。在此过程中，我遇到了多个实现了 Dunn 测试的函数。

然而结果却完全不同。有没有人有使用 dunn.test 包的经验？我想在 Kruskal Wallis 测试之后使用 Dunns 测试作为事后测试。

我测试了采样点之间在丰度值方面的差异kruskal.test。但是，我想确定站点之间的多重差异。

该dunn.test函数可以选择使用带有分类向量的向量数据或使用公式表达式 as lm。

我以在具有多列的数据框中使用的方式编写函数，但我还没有找到证实我的程序的示例。

我的结果是：

我在下面有一个示例数据框。

我想先分组treated，然后遍历数据中的所有数字变量以使用作为解释变量执行 dunn 测试（pairw.kw来自asbio包） ，提取数据框对象并将列和子列表中的列绑定到一个新的数据框对象。speciessummaryyesno

我已经在这里和这里使用部分“整洁”的方法获得了部分解决方案，效果很好。我只是在寻找更优雅的 tidyverse 解决方案，以帮助我学习成为更好的 R 用户。

任何帮助表示赞赏。

编辑：这是我从部分“整洁”解决方案中的代码获得的输出。