问题标签 [drc]
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r - 重新排列数据以拟合事件时间模型时出错
我有平均发芽数据(每个 n=50 种子的 3 个重复),我正在重新安排这些数据以适应 R 包 DRC 中的事件时间模型(Ritz et al. 2013)。我的一些计数变为负数,我认为这就是为什么当我尝试使用 drm 功能时出现错误的原因。为什么计数是负数,这是我的 drm 错误背后的问题吗?
使用繁缕数据集似乎可以正常工作。
我预计所有计数都是正数,但有几个是负数。非常感谢任何帮助!
angular - 在 Angular 7 中实施 Draco 3D 数据压缩以压缩 .STL 文件?
有没有办法在 Angular 7 中实现 Draco 3D 压缩?或者给我一些例子。
谢谢。
r - “选择了未定义的列”错误消息,但 head(data) 显示名称?
我正在尝试从已发表的论文和上传的数据集中处理一些示例代码。数据和代码来自包 drcSeedGerm
我正在尝试运行此示例代码:
运行没有问题。下一个例子是这样的:
我收到错误消息:
[.data.frame`(temp, , 3) 中的错误:选择了未定义的列
在论文中,他们说: 我们可以看到数据需要按评估间隔分组:'timeBef'和'timeAf'分别是评分间隔的开始和结束(以天为单位),'nSeeds'是发芽的种子。'propCum' 列包含发芽种子的累积比例,对于时间事件模型来说不是必需的。使用函数 HTE1() 拟合 HTE 模型。不需要起始值,因为模型定义中内置了自启动例程。
我错过了运行drm代码所需的东西吗?我很困惑为什么 head(rape) 或 colnames(rape) 会显示数据中列的名称,但代码无法识别它们?
colnames(rape) [1] "Psi" "Dish" "timeBef" "timeAf" "nSeeds" "nCum" "propCum"
谢谢!
r - 在 drc::drm() 中使用限制约束计算 IC50 的最佳方法
我有这样的数据
一旦我尝试设置参数而不知道我真正在做什么
一旦我让包为我选择它而不知道它在做什么
有人可以帮我理解这一点吗?
然后我看到结果完全不一样,我个人不知道参数选择哪种方式
r - 将列表中的字符串值应用于默认的 drc 函数
我正在运行几个模型和模型的功能。我需要将列表中的值应用到默认的 R 函数,例如 modelFit() 我的想法是对多个模型运行相同的函数,然后编译结果。
我正在尝试在 R 中使用循环和“应用”函数系列,但没有成功。
我的想法是使用字符串为默认的“drc”函数 modelFit() 添加信息。结果将是一个列表,其中包含循环中所有结果中的所有 p 值,但我收到错误消息:
错误:$ 运算符对原子向量无效
有了结果,我将继续创建一个包含所有模型和相应 p 值的 data.frame。
r - 使用 DRM 的剂量反应模型错误的 ED50
将 drm 模型拟合到我的剂量反应数据时,获得的数据ED50
已关闭
log(ED50)
, log2(ED50)
,log10(ED50)
我估计ED50
. 1649
当我在专有程序中拟合相同的数据时,我得到了一个类似的图,但是
我尝试了 log10 和计算的(正确的) EC50
,但无论如何它都关闭了45.5
log2
ED50
解决方案
所以我想通了,模型是正确的,但显然在使用时ED()
可以选择type="absolute"
,type="relative"
其中“相对”是默认值;在我的情况下,鉴于这些响应值是绝对的,改变这个参数给了我权利ED50s
r - 使用 drc 包计算绝对 EC50 值时出现“NaNs 产生”警告
我试图弄清楚如何使用包 drc 中的 LL.3 和 LL.4(3 和 4 参数)剂量反应模型计算绝对 EC50 值,但我不断收到“警告消息:在日志中( exp(-tempVal/parmVec[5]) - 1) : NaNs 产生”,EC50 值为“NA”。
这是我尝试运行的代码示例
这不是由于浓度为 0 值
这也不是因为响应是绝对的还是相对的
我是新手,所以任何帮助表示赞赏。
python - 在 python 中拟合剂量反应模型(R drc 库等效)
我在 R 中使用 DRC 库已经有一段时间了。现在我需要一个类似的库来适应 python 中的剂量反应模型,我一直在用谷歌搜索任何令人不安的东西。
有谁知道一些python包可以做到这一点?
非常感谢!
西维