问题标签 [drc]

作为@EDi回答的这个问题的后续行动。我想知道如何将以下glm模型与包中的drc功能相匹配drc。

GLM 代码

drc 代码

我认为代码还包括不需要drm的交互。RepType

在生物学中，我们经常想要绘制剂量反应曲线。R 包“drc”非常有用，基础图形可以轻松处理“drm 模型”。但是，我想将我的 drm 曲线添加到 ggplot2。

我的数据集：

使用基本图形：

产生一个很好的 4 参数剂量反应图。

试图在 ggplot2 中绘制相同的情节，我偶然发现了 2 个问题。

1. 没有办法直接添加drm模型曲线。我需要将 4-PL 重写为一个函数，并以 stat_function 的形式添加，至少可以说很麻烦。

   /li>

2. 如果这还不够，它仅在 scale_x 是连续的情况下才有效。如果我想添加scale_x_log10()，我得到： Warning message: In log(x): NaNs produced。

我意识到这一点，log10(0) = -Inf但有一些方法可以解决这个问题。无论是（与 plot.drc 的情况一样），x=0 值都绘制在 x 轴上，基本上是之前最低 x 值的 1/100。( demo$X[which.min(demo$X)+1]/100) 或在 GraphPad Prism 中，0 完全从剂量反应曲线中省略。

我的问题是：

1. 有没有办法直接在 ggplot2 中绘制 drm 模型？

2. 如何将数据集与其相应的 4-PL 曲线拟合链接起来，以便它们以相同的颜色绘制？

我想对包log-logistic中的以下数据进行回归拟合drc R。但是，我的代码会引发以下错误。

我正在尝试drc使用ggplot2. 这是我的第一次尝试（下面给出了 MWE）。但是，我的 ggplot2 与基本 R 图有点不同。我想知道我是否在这里遗漏了什么？

已编辑

我遵循了这里给出的方法（有一些变化） 。

我想为Temp 和 Variety 组合的包中log-logistic的以下数据拟合回归。drc R但是，我的代码抛出以下错误

代码：

我想drc::plot.drc用ggplot2.

问题

ggplot2输出几乎没有差异。之所以会出现这些差异，是因为该predict函数以与数据中给定级别不同的模式提供输出。

已编辑

实际上drm函数改变了级别的顺序，这从输出和输出图表中TempV可以清楚地看出。summary(dt1fm1)drc::plot.drc

在 ggplot2 中绘制时，我的模型不会继续朝向渐近线，尽管它在 R 基础图形中会如此。在 ggplot2 中，它停在 X 轴上的某些点（如下图所示），我 90% 确定这与seq().

我正在使用predict()从 drm（剂量响应包）logit 模型转换数据。在基础图形中，sigmoidal 曲线看起来很棒，在 ggplot2 中，没有那么多：

将数据拟合到 logit 模型：

基本图形 2 参数 logit 的图像：

使用作者演示中的代码（链接如下）提取模型的数据，我有：

最后是 ggplot2 图形：

图像 1&2 和 3&4 显示了我的情节中的差异，具体取决于 seq：

当以下用于 时seq()，图形被拉出数据！ (seq(log(0.5),**log(10000)**,length=200))) （图 1 和 2）

seq()尽管研究了它，但我不明白。我的阴谋怎么了？

seq 中的第一项似乎定义了下限，但是第三项定义的是什么？您可以在图像 3 和 4 中看到这一点 - 图形很不错；我有点混淆了这个问题，但它仍然没有继续朝着infin方向发展。这是一个小问题，因为我将共同绘制 8 个 logit 模型。

对于使用 ggplot2 绘制 drc/drm 模型时遇到问题的任何人，以下帖子非常有帮助：搜索 plotting-dose-response-curves-with-ggplot2-and-drc
和此标题： plotting -dose-response-curves- with- ggplot2-and-drc

我已经按照 DRC 的作者的说明进行操作，可以在他的文章的支持信息中找到 - 上面使用了部分代码。文章标题：使用 R 进行剂量反应分析，Christopher Ritz。PlosOne。

数据：

我正在尝试使用 绘制 3 个模型group=model，但仅绘制 data.frame 中的最后一个模型。我已经在网上进行了大量搜索，但无法弄清楚问题所在。

data.frame 有 3 列：dose(x 轴)、p1(y 轴)和 model(mod1,mod2,mod3)

#Log Aesthetics, cut for brevity of code, 帮助记录刻度 [ ]

- 这不是在框架外绘制 mod1 和 mod2 的问题。

如果它有任何相关性：我在下面包含的数据（我用它创建了上图）仅包含 3 个模型的下限中的几个点 - 实际数据集包含 8 个模型，每个模型有 100 个点。

我想在我的绘图中添加水平线和垂直线，它有一个对数转换的 x-axis。如果我剪切代码，在“轴”转换之前，一切都会按预期绘制（下面的代码）。＃图片：

已解决 -在这里 。我已经搜索了堆栈，但谷歌搜索刚刚出现了这个相关线程。

此外，我在美学方面遇到困难，例如主题（legend.background.color 和网格线...... - 它们没有出现）

解决了这个次要问题：对于背景颜色，网格线使用 [fill="lightblue"]，尺寸太小 (.01) - 更改为 (.5)

如果我运行完整的代码，我会收到以下警告消息（没有绘制线）

图片：

geom_hline #没有被绘制。

现在正在绘制 geom_vline - 这很奇怪，因为之前它也不是。

数据（2 个变量）

我想在 Y 轴上显示百分比。似乎最常见的方法是在 ggplot2 中通过 scales: scale_y_continuous(labels=percent)。

我无法使用此方法，因为我正在实现labels=every_nth一个自定义函数，用于在 Y 轴上显示次要刻度线

数据 - 与本案无关

自定义函数，在堆栈交换中找到，在 Y 轴上绘制次要刻度线