问题标签 [drc]

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r - coeftest() 给出了 drc 类对象的错误

我正在尝试重现一个补充示例 2 Continuous response: a dose-response curve from the drc package

尝试运行时 coeftest(ryegrass.LL.4, vcov = sandwich),出现以下错误:

我试图用谷歌搜索错误但没有成功并使用vcov.代替vcov(因为 vcov. 在 R 中自动建议,但文章使用 vcov)但仍然得到相同的错误。

任何想法如何解决这个问题?

会话信息:

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r - (在 R 中)如何将来自 dr4pl 模型的剂量反应 IC50 值合并到 ggplot2 曲线中?

我在这个网站上得到了帮助,将dr4pl('''''''的替代品drc)4参数逻辑剂量反应模型与ggplot结合起来。它工作得非常好,但我希望将每条曲线的 IC50 合并到图中,并输出一个包含这些值的表格。示例数据:

上面将生成一个包含三条曲线的图,每条曲线都有一个拟合的 4pl 模型。我需要 IC50 出现在情节中,或者在其他地方的桌子上,这样我就可以自己把它放到情节中。

提前感谢任何帮助。

2021 年 6 月编辑:

新数据集以帮助调试提供的脚本:

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r - 如何对drm模型的参数进行统计检验?

我想研究一个因素对剂量反应曲线不同参数的影响。为了说明我的问题,我以一个简单的二次方程为例,为一个因子的三种模态建模 Y 和 X 之间的关系。这是可重现示例的一些代码。

我使用包 drc 的功能拟合了一个 drm 模型,它工作正常并且很好地拟合了数据。

在此处输入图像描述

从这个模型中,我想通过进行某种方差分析来测试因子对方程每个参数的影响(理想情况下,随后进行事后测试以区分因子的三种模态)。有谁知道这是否可能?

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drm - 在 drc() 包中,drm fct = L.4 发现错误的截距参数,即使图形是正确的

我对以下代码有疑问。它正确计算了drc曲线,但错误地计算了ec50,尽管它们密切相关......

这是我得到的图表: 在此处输入图像描述

但是如果我打印函数 L.4 的参数,我会得到以下结果:

max_value:(Intercept) 显然是错误的(它必须是 100),因此 ec50 也是错误的。

我还要补充一点,对于其他数据集, min_value:(Intercept) 也是错误的(值 < 0 ...)

我找不到错误,因为从同一函数 L.4 派生的图形显示了正确的值。

非常感谢您的帮助!

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r - 使用drc包,我如何获得40种curveid药物中大于参考药物值的EC50?

我的数据包含关于 40 种药物的剂量反应曲线。通过使用drc包,我可以确认每种药物的EC50值,并且需要提取EC50值大于参考药物的药物。在示例中,只有 4 种药物,因此我可以轻松区分哪些药物具有最佳值。然而,40多种药品,没有分拣是不可能的。

如何提取 summary() 的系数并对其进行处理以轻松区分?我这样做分别适合所有药物的 40 drm() 函数。但我认为有一个更合理的过程。

这是我的示例代码

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r - 下载包“drc”时出错。关于如何解决这个问题的任何建议,或类似包的推荐?

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r - 为什么我的数据在“dr4pl”剂量反应曲线中生成“参数长度为零”?

我正在绘制 4 个参数逻辑曲线。这是一个包含大量曲线的巨大数据集,我的一个输出失败了,因为模型拟合不适用于某些数据。一些数据未能产生曲线并给出

Warning message: Computation failed in 'stat_smooth()': argument is of length zero

这是曲线模型的代码

数据集 1 工作正常(即使曲线很糟糕):

然而数据集 2 产生错误并且没有拟合曲线:

绘图代码:

非常感激任何的帮助!!!

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r - 使用 drc 包在 ggplot 中绘制剂量反应曲线时出错

尝试使用 drc 包中的 ggplot 绘制剂量反应曲线时,我得到了一个半绘图图。我正在尝试遵循最近一篇关于剂量反应曲线的论文的补充信息中给出的程序。这是我的原始数据

原始数据

请帮助我找到解决方案,谢谢!

在此处输入图像描述

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r - 使用 drc 包绘制剂量反应曲线时出错

我正在尝试使用 drc 包拟合四参数逻辑模型来绘制剂量反应曲线。代码如下所示。尝试拟合以下模型时出现错误,请指导我解决问题,谢谢!

optim 中的错误(startVec,opfct,hessian = TRUE,method = optMethod,control = list(maxit = maxIt,:由 optim 提供的非有限值 drmOpt 中的错误(opfct,opdfct1,startVecSc,optMethod,约束,warnVal,:收敛失败的

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r - ggplot 使用 drc 包的剂量反应曲线

我正在尝试使用以下代码使用 drc 包在 ggplot 中绘制剂量反应曲线,并有两个问题如下。 首先:我需要在 x 轴上包含 0、10、100 等并省略 4000 标签,怎么做?第二:是否可以将图形向 y 轴挤压,因为第一个数据点为 100,在此之前占用了很多空间。我需要并排排列几个图,所以如果图可以从 100 开始,以及我们如何避免标签重叠(例如下图中的 2000 和 3000)。请指导我,谢谢!在此处输入图像描述 在此处输入图像描述