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我正在尝试使用 drc 绘制剂量反应曲线。我有两个细胞系（gr，ctrl），我试图在同一个图中找出它们的 ED50。细胞用相同的药物处理，汇合到测量的反应。

使用 ED 计算后，输出给了我一些奇怪的数字。

> #data
> dput(incu)
structure(list(cell_line = c("gr", "gr", "gr", "gr", "gr", "gr", 
"gr", "gr", "gr", "ctrl", "ctrl", "ctrl", "ctrl", "ctrl", "ctrl", 
"ctrl", "ctrl", "ctrl"), concentration = c(0, 0.001, 0.003, 0.006, 
0.01, 0.03, 0.1, 0.3, 1, 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.01, 0.03, 
0.1, 0.3, 1), confluency = c(100, 83.920208263529, 76.3771201517205, 
70.3196127286416, 87.6047426653901, 73.0547963016434, 86.3958825883478, 
75.3635915616798, 85.5326850667842, 100, 84.6549611260149, 58.9885983810855, 
-8.76517036651747, 21.6983416532331, -10.9003403181362, -12.3609052077884, 
-13.2655463052258, -7.59527744074285), SD = c(NA, 16.4686274085642, 
14.9385036068391, 9.55320006142224, 10.183898021169, 20.001799498955, 
7.22345139045768, 22.0994381721301, 8.43478081150139, NA, 9.63266009058469, 
10.3368371037371, 16.992025977207, 24.2143931244896, 8.20169041108195, 
7.8325260302496, 5.26949485770548, 3.84706305611308)), row.names = c(NA, 
-18L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
> 
> # fitting
> all.L4 <- drm(confluency ~ concentration, cell_line, data = incu, fct  = L.4())
> 
> # plot
> plot(all.L4, xlab = "Drug Concentration", ylab = "% of Control",  col = TRUE)
> 
> #calculate ED50
> ED(all.L4, 50)

Estimated effective doses

            Estimate Std. Error
e:ctrl:50 -0.0226138  0.0010383
e:gr:50   -0.4515882  0.9800067

在此处输入图像描述

我的问题：

1：我是否错过了计算 ED50 的任何内容。有没有办法在图中将 EC50 值显示为线条？

作为一个新手，我非常感谢任何建议。

干杯!

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1 回答 1

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问题是试图用一个永远不会给出负值的函数来拟合一条 Y 值为负的曲线。试试LL.4吧。

此外，gr单元格线看起来像一条水平线，因此您不会从逻辑或任何常见函数（水平线除外）中获得任何合理的信息，并且您不能期望ED在这样的曲线上使用。

于 2019-09-22T20:49:46.970 回答