问题标签 [drake-r-package]
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drake-r-package - 在德雷克工作流程中手动添加依赖项?
假设我有一个德雷克计划,我在外部数据库中创建一个 SQL 表,然后在该工作之后,我从一些取决于初始工作的表下载。我的计划可能看起来像这样
有没有办法手动强制 down_job 位于 up_job 的下游?没有任何内在的东西create_sql_file
或download_from_sql
德雷克能够解析以推断关系,但我仍然想手动应用它。
谢谢!
r - drake readd 函数不适用于绘图
我正在尝试解决为什么Drake
情节没有出现readd()
- 管道的其余部分似乎已经奏效。
不确定这是由其他原因引起的minfi::densityPlot
还是其他原因;我的想法是后者,因为它也不适用于barplot
基于 R 的功能。
在 RMarkdown 报告中,我在块中有readd(dplot1)
等,但输出是NULL
这是我R/setup.R
文件中的代码:
这是我的R/plan.R
文件:
使用后make(plan)
看起来一切都很顺利:
我可以用来loadd()
加载这些绘图之一所需的对象,然后制作绘图,如下所示:
但是readd()
命令不起作用?
.html
for dplot3中的输出看起来很奇怪......
r - 锁定环境但不锁定 .Random.seed
是否可以锁定全局环境并仍然允许.Random.seed
设置或删除?的默认行为lockEnvironment()
对于我的用例来说过于激进。
背景
drake
7.0.0 版将有一个新的保障措施来保护再现性。
错误来自对 的调用data(mtcars)
。构建的行为x
本身就会改变x
's 的依赖关系。没有护栏,工作流程就会自行失效。
但是有了护栏,我们会遇到像https://github.com/ropensci/drake/issues/749和https://github.com/ropensci/drake/issues/675#issuecomment-458222414这样的边缘案例。
r - 如何迭代德雷克中先前目标的值
在德雷克中,我想获取一个目标的值并在 a 中使用它们map
来创建更多目标。在下面的示例中,有没有办法让y2
实际成为三个目标,就像它一样y3
?我知道拥有实际值与稍后将评估的目标有很大不同,所以也许这是不可能的。
我的问题与这个密切相关,但我想使用新map
界面:
如何在德雷克中引用以前的目标?
r - 控制对 source() 的嵌套调用的环境
在这组新功能中,我试图避开drake
用户的全局环境。这是具有挑战性的,因为用户可以定义任意嵌套的代码文件。假设用户定义了 files packages.R
、functions.R
和master.R
,如下所示。
作为开发人员,我正在寻找一种运行方式,以master.R
使新数据对象都不会出现在全局环境中。我最初的尝试没有成功。
当前行为
期望的结果
约束
- 我不允许修改
packages.R
,functions.R
或master.R
. 作为开发人员,我只能控制# Run master.R
上面的行。 - 在全局环境中获取文件,然后手动复制到不同的环境中充满了闭包和词法范围的陷阱,所以我强烈希望远离这种情况。
r - 从德雷克图形可视化中排除从包中导入的函数?
我想stringr::str_sub
从我的 Drake 计划的图形可视化中排除代表从外部包(例如)导入的函数的节点,但保留来自我已在环境中获取的脚本的函数的节点。我该怎么做?
我只想更改图表的视觉显示方式,因为这将帮助我向其他用户解释工作流程。我不想影响计划的执行方式。
r - drake R - 是否可以通过触发器在功能上生成目标
我目前正在评估drake
一个项目,我想知道是否有办法以编程方式生成包含触发器的目标或计划的一部分。
我的理想用例/示例代码如下,但我在尝试使其工作时遇到问题,因为德雷克将我的函数用作命令,并且不读取触发器。
下面的代码包括触发器。
r - 如何获得德雷克目标在磁盘上的大小?
当需要了解我的德雷克计划时,vis_drake_graph()
它会派上用场,它会显示每个目标运行所需的时间。这对于确定是否应该分解目标以减少小更改的重新运行时间非常有帮助。
我的需求是相关的:因为我的许多长期运行的目标都涉及对大型数据集的操作,所以了解每个缓存目标在磁盘上的大小对我来说很重要。这将帮助我了解是否应该组合目标以防止存储大量中间结果(即使在更改组合目标的情况下会增加重新运行时间)。
检查 config 对象和返回的中间对象drake_graph_info()
,我无法找到此信息。vis_drake_graph()
我在想通过指定参数或什至仅通过手动检查配置对象来显示此信息以及可能显示的其他信息(例如上次运行目标的时间)可能非常有用。
那么问题来了,有没有办法获取这些信息?
r - 如何在 R drake 中动态生成目标转换的参数?
我想生成一个大计划,其参数取决于先前计算的目标。这有可能吗?
具体来说,我需要一些类似的东西:
问题是尝试这个(或类似的变体)失败,因为lots_of_sds
尚未定义,因此转换无法扩展计划。
过去有没有人遇到过类似的情况?有什么想法/解决方法吗?
谢谢!我正在使用德雷克 7.0.0 和 R 版本 3.5.3