我想在另一个 git-versioned R 项目中使用在一个 git-versioned R 项目中生成的 R 对象（例如，清理的数据）。

具体来说，我有多个 git 版本的 R 项目（包含drake计划），它们为我的论文实验做各种事情（例如，生成材料、导入和清理数据、生成报告/文章）。

理想情况下，特定于实验的项目应该是：

1. 可连接 - 这样我就可以将我在这些项目中生成的对象（主要是数据和材料）放入另一个生成我的论文报告的 git 版本化 R 项目中。
2. 自包含 - 以便我可以在其他非论文项目（例如演示文稿、报告和期刊手稿）中使用它们。在共享此类项目时，我最好不要共享单一的论文项目。
3. 版本化 - 以便它们在不同项目中的使用可以独立（例如，如果我在提交论文后对手稿的数据清理进行了更改，我仍然希望论文能够像最初编译的那样重现）。

目前我可以看到三种方法：

1. 重新创建数据清洗流程
   • 但是：这涉及到复制/粘贴，我想避免这种情况，尤其是在上游发生变化的情况下。
2. 通过更改工作目录访问相关脚本/功能
   • 但是：即使我使用here它，这似乎也会导致重现性差。
3. 将源项目制作成包，并将我想要“导出”的对象制作成导出的数据（根据Hadley 的 R 包指南的数据部分）
   • 但是：如果可以的话，我想避免不必要的元数据、人工制品和噪音（例如，请参阅Miles McBain 的“作为 R 包的项目：一个好的想法”）。

有没有其他方法可以做到这一点？

编辑：我尝试了@landau 提出的使用单一drake计划的建议，这在一段时间内效果很好，直到（类似于@vrognas 的案例）我最终得到了太多依赖于相同的对象。因此，我在上面对这个问题的意图进行了一些澄清。

我正在尝试列出drake计划环境中与特定条件匹配的所有对象/变量/数据框。但是，当我尝试使用ls()它时，我返回了一个错误。

我怎么能这样做呢？

该drake手册给出了使用动态子目标的以下示例：

https://books.ropensci.org/drake/dynamic.html#dynamic-transformations

^{由reprex 包（v0.3.0）于 2020 年 9 月 2 日创建}

现在让我们说由于某种原因，一个或多个这些子目标失败，例如row_9939cae3。我想调查其原因，为此我需要知道输入目标函数的确切参数。我如何获得该数据的副本？

我在这里先向您的帮助表示感谢。

标记

我有一个德雷克计划，它使用带有file_in. 然后读取文件夹中的每个文件并进行一些转换。最后，它加入结果。

如果我添加一个新文件，我希望计划中的新计算只应用于这个文件，然后加入到以前的结果中。然而，该计划所做的是：它检测到目标的变化，然后根据该目标重新计算所有目标。

注意：文件数量很大（几千个），计算量很大。

解决方案（查看landau的解决方案以获得更好的解决方案）

此解决方案完成了我标记为解决方案的答案：

您使用 file_in() 或 target(format = "file") 声明的任何文件或目录都被视为不可约的数据单元，并且在 drake 中的这种行为在未来的开发中不会改变。但是您可以在多个目标之间拆分文件，以便在文件更改时某些目标保持最新。

这将创建动态目标，因此新文件将创建新的动态目标，但不会重新计算旧目标。

drake作为 R 用户，了解该软件包是最近最好的发现之一。然而，我在可重复性方面看到的包的一个缺点是工作区的混乱，其中的函数只是辅助函数。

没有人知道这些sourced 函数是否冲突，或者library调用的顺序是否重要。我知道有conflicted包，但它只处理包。preprocessing.R我知道 R 中的代码单元应该是一个包，但是对少数文件进行分析（如）training.R并将它们变成一个包似乎很奇怪。无论如何，潜在的名称冲突很早就开始了，而且我从未见过有人为 R 提出一种干净的方法。

然而，有一个import包允许从其他文件中挑选导入包函数和函数/变量。假设你有函数ain a.R，然后使用import该函数导入它是可访问的，但它的所有依赖项都可用于该函数a但不导入，提供有用的隔离。

我使用带有 的import包进行了测试drake，但drake没有检测到导入函数的依赖关系是否发生变化，从而破坏了它的实际用例。有谁知道告诉德雷克“深入研究”这些功能的方法，或者任何其他让它工作的方法？提前致谢！

我在我的德雷克计划中创建了一组文件。我想将这些文件的一个子集复制到另一个位置。

下面的代码几乎实现了这一点。但是，在获取我要复制的文件目标的子集后，drake 对文件更改的依赖跟踪丢失了。

如何在不丢失德雷克依赖跟踪的情况下组合/子集动态文件目标？

^{由reprex 包（v0.3.0）于 2020 年 9 月 24 日创建}

考虑一下我有一些“可选”依赖项的情况——有时我想将它们包含在我的处理链中，有时我不想。例如

根据我如何配置我的处理链，有时我们想要包括所有 A、B 和 C，有时它们中的一个或多个不是必需的，因此不应该包括在内。我怎样才能最好地构建这样一个计划来实现这一目标？

最好的祝愿，

标记

我有一个通用形式的计划，如下所示。我的实际计划更复杂，我无法在玩具示例中重现此错误。有没有人见过这样的问题，你对可能导致它的原因有什么想法吗？该计划采用一组模型结果，生成一些图表的摘要并为每个图表生成报告。

目标 dep1_a-c 和 dep2_a-c 已生成，但 dep2 存在问题 dep2_a-c 出现在图中，但 report_a-c 未显示为取决于它们，因为它们分别位于 dep1_a-c 上。也就是说，生成了 dep1_a 并且 report_a 依赖于它，而生成了 dep2_a，尽管 dep2 在map报告目标中的调用中，但 report_a 并不“相信”它依赖于 dep2_a。

我在运行时遇到make的错误是以下形式的错误： $error$message: object 'dep2' not found $error$calls:base::eval(quote(...并且引用显示 dep2 没有在调用中评估 dep2_a 等，它只是裸 dep2 当然作为目标存在，只有 dep2_a-c '我很困惑为什么这会发生在一个目标而不是其他目标上:(

我的真实示例有几个依赖项，并且我的示例中的 dep2 等效项在输出中几乎相同，它们返回映射到同一列表上的相同类型的对象，但由于某种原因，它们的目标在制作报告目标时未正确评估

我试过clean(destroy = TRUE)从头开始运行和重新运行，但没有运气

我有一个德雷克计划并打算根据输入数据（即 input-dir1 -> results-dir1）切换缓存目录。这样做的好处是，如果数据源切换，我不需要重新运行整个管道。

make类似或loadd似乎总是使用的函数find_cache，默认为.drake当前 R 工作区中的目录。

有没有办法在当前全局环境中定义一个不在 .drake 目录中的默认缓存？我想避免在每次调用时手动定义缓存make，clean或者loadd通过参数cache。

谢谢

我正在研究这样定义的 Drake 工作流程：

目标输出如下所示：

这与我想要的非常接近，但我坚持的是projectName：我希望将三个项目名称之一用于最终目标，具体取决于前面步骤中产生的输入是否被规范化和/或对数转换.

目前，我生成了 18 个目标，因此我希望每个项目名称都映射到 6 个目标。

有什么办法可以做到这一点吗？