问题标签 [dna-sequence]

我正在编写一个程序，它读取许多 DNA 字符（总是能被 3 整除）并检查它们是否对应于相同的氨基酸。例如 AAT 和 AAC 都对应于 N，所以我的程序应该打印“It's the same”。它做得很好，但我只是不知道如何比较 6/9/12/3 的任何倍数，看看定义是否相同。例如：

应该还给我因为他们都是KNK。

这是我的代码：

我的 codon_amino.txt 的结构如下：

我如何比较 3 种模式中的 DNA 结构？我让它适用于 3 个字母长的字符串，但它会返回一个错误。

编辑：

如果我知道如何将 a 和 b 拆分为一个以三个为间隔的列表，这可能会有所帮助：

然后我可以轻松地使用 for 循环来遍历它们，但是我如何首先拆分它们呢？

编辑：解决方案：

是否有一种算法可以通过给定的最大允许位置数量（最大不匹配，最大汉明距离）生成字符串（DNA序列）的所有可能字符串组合？

字母表是 {A,C,T,G}。

字符串AGCC和最大数量的 Mismatches示例2：

一种可能的方法是生成一个具有给定字符串的所有排列的集合，迭代它们并删除所有具有更大汉明距离的字符串。

这种方法非常消耗资源，给定的 20 个字符的字符串和 5 的最大汉明距离。

是否有另一种更有效的方法/实现？

所以我有一个核苷酸序列，我需要计算 gaga 这个词在序列中出现的次数。这是我到目前为止所拥有的：

这是一个示例输出：

最后，我将编写一个循环来让它运行 100 次，并绘制一个单词“gaga”计数的直方图。所以，我的主要问题是：如何编写函数或代码来搜索字符串 x2 并计算单词“gaga”的出现次数。

任何帮助，将不胜感激！谢谢！

我是一名生物学研究生，在过去的几个月里，我自学了非常有限的 python 来处理我拥有的一些数据。我不是在寻求家庭作业帮助，这是一个研究项目。

使用此代码，我打算获取一个称为序列的字符串的一部分，介于：找到“蛋白质翻译”的起始位点或ATG的第一次出现（生物术语是起始密码子），然后是TAA的第一次出现（终止密码子）。

然后，该函数translate_dna()应该为字符串中的每三个字母交换字典值。变量 CDS 正确存在，但是对于，或者如果我的函数中的循环不起作用:(。有什么建议吗？输入文件的格式如下：

代码：

我有这个用于在 python 中反向互补 DNA 的方程：

但是这些行：

彼此不相等。只有第一行给出了答案。底部只打印“NONE”

有什么帮助吗？

我有大量包含序列（'ATCGTGTGCATCAGTTTCGA...'）的记录，最多 500 个字符。我还有一个较小序列的列表，通常是 10-20 个字符。我想使用 Levenshtein 距离来在记录中找到这些较小的序列，从而允许小的变化或插入缺失（L_distance <=2）。

问题是我也想得到这样更小的序列的起始位置，显然它只比较相同长度的序列。

在这个例子中，我想获得位置（7）和距离（在这种情况下为 0）。

有没有一种简单的方法可以解决这个问题，还是我必须将较大的序列分解成较小的序列，然后为所有这些序列运行 Levenshtein 距离？这可能需要太多时间。

谢谢。

UPDATE #Naive 实现在查找完全匹配后生成所有子字符串。

到目前为止，这是我所拥有的：提示用户输入两个序列似乎有错误。

首先，我必须指出我不是程序员，所以这可能是一个愚蠢的问题，但我想了解这里发生了什么。

程序应该通过一个字符串（基因组），并滑动一个任意长度的窗口（在本例中为“l”）。它搜索给定长度 (k) 的重复字符序列并记录序列的出现次数。我确实设法在整个字符串中找到重复的序列，但所说的窗口让我很困扰。我尝试使用嵌套循环：

我收到一个错误：“NameError: name 'c' is not defined” 这个问题的原因是什么，是否有一种易于理解的解决方法？效率并不是很重要，所以我想保持一个类似的结构（我发现很多主题描述了避免使用嵌套 for 循环的方法，但我现在觉得它很混乱）。

先感谢您。

Biostar的Rnaer提出了一个有趣的问题：

我想找到与 C.elegans 基因组的任何区域都不匹配的给定长度（例如 30nt）的独特 dna/蛋白质序列。有什么工具可以做到这一点吗？

我们必须将 DNA 序列对齐更苗条地可视化，才能像下面这样爆炸可视化器 >我们的项目是一个基于 Web 的项目，它具有 Java 后端和 JSP、Struct

当前需要的可视化方法 http://eagle.fish.washington.edu/Arabidopsis/20110721%20PGS2%20BLAST%20Alignment.png

HTML 表格不能用来可视化动态内容。对齐信息已经生成，我们需要知道一种方法，即使使用 jQuery 或 flash 插件，也可以在图像中以更苗条的方式可视化。