search - 查找与目标序列不匹配的序列

Question

Biostar的Rnaer提出了一个有趣的问题：

我想找到与 C.elegans 基因组的任何区域都不匹配的给定长度（例如 30nt）的独特 dna/蛋白质序列。有什么工具可以做到这一点吗？

Answer 1

NCBI 提供了一种简单的方法来搜索与目标生物基因组不匹配但与其他数据库和来源匹配的 DNA/氨基酸序列数据库。

只需exclude field在NCBI 的 BLASTn中使用

希望这很有用。