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我试图弄清楚如何从 Java 运行临床文档管道。我有一组纯文本的临床文件。我想解析这些文档并提取文档 doc_ID 中的列表，有频率为 freq 的 CUI。我花了几天时间安装 cTAKES 并寻找解决方案。我将其缩小到 ClinicalPipelineWithUmls.java，在其中进行测试并使用 AnaylisisEngineDescription 运行 SimplePipeline。这是代码的一部分：

问题是它找不到“InputStreamCollectionReader”。我搜索了它，但到目前为止没有成功！请您给我一个提示或指示一些方向吗？谢谢你的帮助！

如何将新数据库添加到 cTAKES 管道以执行查找？如何指定要查找的列以及如何使用返回的命中来注释文本？我浏览了 DictionaryLookupAnnotatorDB.xml 和 LookupDesc_Db.xml 文件。但是，我无法理解“lookupField”、“metaField”、“maxPermutationLevel”和“exclusionTags”等术语的含义。如果我添加一个新数据库，我需要正确配置这个 xml 文件。请指导我解决这些问题。

我想知道如何从命令行使用Apache cTAKES。

例如：

• 我有一个文件 note.txt，其中包含一些文本，例如“患者血糖升高，但测试证实没有糖尿病。患者的父亲患有成人糖尿病。”
• 我想使用提供的分析引擎 \apache-ctakes-3.2.2-bin\apache-ctakes-3.2.2\desc\ctakes-clinical-pipeline\desc\analysis_engine\AggregatePlaintextUMLSProcessor.xml

如何使用命令行（即不使用 UIMA CAS Visual Debugger 或 Collection Processing Engine 等图形用户界面）获取分析引擎的输出（即注释）？我宁愿使用提供的 JAR 文件，而不必编译代码。

这个问题相当简单，但我在cTAKES 的 README或Confluence上找不到信息 。

我正在通过 CPE 配置器使用Apache cTAKES处理一批文档。我的管道包括UmlsDictionaryLookUpAnnotator. 对于每个文档，UmlsDictionaryLookUpAnnotator从硬盘驱动器重新读取 UMLS。

这导致UmlsDictionaryLookUpAnnotator占用大部分运行时间：

并进行许多 I/O：

如何强制 cTAKES 将 UMLS 存储在 RAM 中？

我尝试将分配给 cTAKES 的内存从默认的 3 GB 增加到 ~8 GB，但没有帮助：

好的，所以我有一个使用 Django 框架设计的简单界面，它从用户那里获取自然语言输入并将其存储在表中。

此外，我有一个使用 Java 构建的管道，使用 cTAKES 库进行命名实体识别，即它将获取用户提交的文本输入并使用相关的 UMLS 标记对其进行注释。

我想要做的是从用户那里获取输入，然后提交一次，将其引导到我的 java-cTAKES 管道中，然后将带注释的输出反馈回数据库。

我对这方面的 Web 开发方面还很陌生，并且在这个意义上找不到关于集成脚本的任何内容。因此，如果有人可以向我指出有用的资源或只是大体上正确的方向，那将非常有帮助。

========================== 更新：

好的，所以我发现子进程是我想在这种情况下使用的模块，我尝试根据文档实现一些简单的代码，但我得到了一个

我正在尝试做的简要概述：

这是我在视图中的代码。它的目的是从模型表单中获取文本输入，将其发布到数据库，然后将该输入传递到我的脚本中，该脚本会生成一个 XML 文件，该文件存储在数据库的另一列中。我对 django 很陌生，所以如果这是一个简单的修复，我很抱歉，但我找不到任何将 django 与子进程相关的文档，这是有帮助的。

型号代码片段：

更新 2：好的，通过更改子流程代码，代码不再中断，如下所示

但是，我现在得到一个我不明白的“无法找到或加载主类 pipeline.CtakesPipeline”，因为脚本在这个工作目录中的 shell 中运行良好。这是我试图用子进程调用的脚本。

我不确定如何解决此错误，因此不胜感激。

好的，基本上，我有一个 cTAKES 管道，它使用 UMLSlookupannotator 来执行 NER（命名实体识别）。此外，我有一个使用 protege 制作的 .owl 本体。本质上，我想做的是扩展 UMLS 本体以包含我自己的本体。但是，我似乎无法在网上找到任何文档。

如果这里的任何人都有尝试使用 UIMA 或 cTAKES 进行此类操作的经验，并且可以为我指出任何真正值得赞赏的资源的方向。谢谢！

我想cTAKES在 Eclipse 中安装，但没有找到任何合适的文档。我正在关注 Apache 软件基金会的文档，但我无法安装cTAKES. 请建议任何适当的安装方法。

我是 Java 和 UIMA 的新手，我找不到一个全面的示例来使用代码中的 AggregatePlaintextUMLSProcessor 并以正确的格式打印结果。

我设法从命令行运行 cTakes，我看到它正在使用 FileWriterCasConsumer.xml 来编写输出，但我想知道我可以获得哪些其他格式。

我有 apache-ctakes-3.2.2 的代码，它是在 Windows 10 机器上构建的。

在使用 AnalysisEngine 和 JCAS 时，我在线程安全方面遇到了 cTAKES（一个 apache 项目）问题。

我尝试在 Apache 项目的 Question/Answer 上获得相同的解决方案，但没有获得足够的信息。如果有人可以指导解决相同的问题，我将不胜感激。

谢谢。

我正在使用Apache cTAKES，其中需要 JSON 格式的输出。我在这里尝试谷歌的gson，

这将返回以下错误，

任何指导都会有很大帮助。谢谢