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我想知道如何从命令行使用Apache cTAKES。

例如：

  • 我有一个文件 note.txt，其中包含一些文本，例如“患者血糖升高，但测试证实没有糖尿病。患者的父亲患有成人糖尿病。”
  • 我想使用提供的分析引擎 \apache-ctakes-3.2.2-bin\apache-ctakes-3.2.2\desc\ctakes-clinical-pipeline\desc\analysis_engine\AggregatePlaintextUMLSProcessor.xml

如何使用命令行（即不使用 UIMA CAS Visual Debugger 或 Collection Processing Engine 等图形用户界面）获取分析引擎的输出（即注释）？我宁愿使用提供的 JAR 文件，而不必编译代码。

这个问题相当简单，但我在cTAKES 的 README或Confluence上找不到信息 。

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请尝试以下步骤从命令行使用 cTAKES CPE（关键类是“org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE”）：

  1. 将目录更改为 $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/

  2. 将 test_plaintext.xml 复制到另一个文件（例如，“test_plaintext_test.xml”）。

  3. 编辑“test_plaintext_test.xml”设置输入目录；找到 name = "InputDirectory" 的 "nameValuePair"，并将值字符串设置为输入目录。以下示例将输入目录设置为“$CTAKES_HOME/note_input”：

    <nameValuePair>
    <name>InputDirectory</name>
    <value>
        <string>note_input</string>
    </value>
</nameValuePair>

  4. 同样，编辑“test_plaintext_test.xml”以设置输出目录（以下示例中的“$CTAKES_HOME/result_output”）：

    <nameValuePair>
    <name>OutputDirectory</name>
    <value>
        <string>result_output</string>
    </value>
</nameValuePair>

  5. 保存“test_plaintext_test.xml”并将目录更改为 $CTAKES_HOME/bin。

  6. 将runctakesCPE.sh 复制到另一个文件（例如，“runctakesCPE_CLI.sh”）。

  7. 编辑“runctakesCPE_CLI.sh”；将最后一行（“java ...”）替换为下一行（“USER”和“PW”应替换为您的UMLS用户名和密码，内存设置Xms和Xms可以根据内存大小进行调整在您的机器上）：

    java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*:$CTAKES_HOME/desc/:$CTAKES_HOME/resources/ -Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/test_plaintext_test.xml

  8. 保存“runctakesCPE_CLI.sh”，然后创建输入目录（“$CTAKES_HOME/note_input”）和输出目录（“$CTAKES_HOME/result_output”）。

  9. 将 note.txt 放入输入目录（例如，“$CTAKES_HOME/note_input/note.txt”），然后运行“runctakesCPE_CLI.sh”。

  10. cTAKES CPE 将开始在命令行模式下运行，并在输出目录中生成生成的文件（例如，“$CTAKES_HOME/result_output/note.txt.xml”）。

我实际上使用您的 note.txt 来运行上述步骤，这里是生成的 note.txt.xml 的前几行：

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><CAS version="2">
        <uima.cas.Sofa _indexed="0" _id="3" sofaNum="1" sofaID="_InitialView" mimeType="text" sofaString="Patient had elevated blood sugar but tests confirm no diabetes. Patient's father had adult onset diabetes.&#10;"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.structured.DocumentID _indexed="1" _id="1" documentID="note.txt"/>
        <uima.tcas.DocumentAnnotation _indexed="1" _id="10" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" language="x-unspecified"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Segment _indexed="1" _id="15" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" id="SIMPLE_SEGMENT"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Sentence _indexed="1" _id="21" _ref_sofa="3" begin="0" end="63" sentenceNumber="0"/>

希望这可以帮助 ：-）

于 2015-10-07T03:38:16.627 回答
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java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*;$CTAKES_HOME/desc/;$CTAKES_HOME/resources‌​/ - Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g to_replace $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_p‌​rocessing_engine/tes‌​t_plaintext_test.xml

将“to_replace”替换为

org.apache.ctakes.ytex.tools.RunCPE or org.apache.ctakes.core.cpe.CmdLineCpeRunner

于 2017-06-13T08:32:51.420 回答