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好的，所以我有一个使用 Django 框架设计的简单界面，它从用户那里获取自然语言输入并将其存储在表中。

此外，我有一个使用 Java 构建的管道，使用 cTAKES 库进行命名实体识别，即它将获取用户提交的文本输入并使用相关的 UMLS 标记对其进行注释。

我想要做的是从用户那里获取输入，然后提交一次，将其引导到我的 java-cTAKES 管道中，然后将带注释的输出反馈回数据库。

我对这方面的 Web 开发方面还很陌生，并且在这个意义上找不到关于集成脚本的任何内容。因此，如果有人可以向我指出有用的资源或只是大体上正确的方向，那将非常有帮助。

========================== 更新：

好的，所以我发现子进程是我想在这种情况下使用的模块，我尝试根据文档实现一些简单的代码，但我得到了一个

Exception Type: OSError
Exception Value: [Errno 2] No such file or directory
Exception Location: /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py in _execute_child, line 1335.

我正在尝试做的简要概述：

这是我在视图中的代码。它的目的是从模型表单中获取文本输入，将其发布到数据库，然后将该输入传递到我的脚本中，该脚本会生成一个 XML 文件，该文件存储在数据库的另一列中。我对 django 很陌生，所以如果这是一个简单的修复，我很抱歉，但我找不到任何将 django 与子进程相关的文档，这是有帮助的。

def queries_create(request):
    if not request.user.is_authenticated():
       return render(request, 'login_error.html')


    form = QueryForm(request.POST or None)
    if form.is_valid():
      instance = form.save(commit=False)
      instance.save()
      p=subprocess.Popen([request.POST['post'], './path/to/run_pipeline.sh'])
      p.save()

    context = {

      "title":"Create",
      "form": form,

    }
    return render(request, "query_form.html", context)

型号代码片段：

class Query(models.Model):
  problem/intervention = models.TextField()

  updated = models.DateTimeField(auto_now=True, auto_now_add=False)
  timestamp = models.DateTimeField(auto_now=False, auto_now_add=True)

更新 2：好的，通过更改子流程代码，代码不再中断，如下所示

def queries_create(request):
    if not request.user.is_authenticated():
       return render(request, 'login_error.html')


    form = QueryForm(request.POST or None)
    if form.is_valid():
      instance = form.save(commit=False)
      instance.save()
      p = subprocess.Popen(['path/to/run_pipeline.sh'], stdin=subprocess.PIPE,     
      stdout=subprocess.PIPE)
      (stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
      instance.processed_data = stdoutdata
      instance.save()

    context = {

      "title":"Create",
      "form": form,

    }
    return render(request, "query_form.html", context)

但是，我现在得到一个我不明白的“无法找到或加载主类 pipeline.CtakesPipeline”，因为脚本在这个工作目录中的 shell 中运行良好。这是我试图用子进程调用的脚本。

#!/bin/bash

INPUT=$1
OUTPUT=$2
CTAKES_HOME="full/path/to/CtakesClinicalPipeline/apache-ctakes-3.2.2"
UMLS_USER="####"
UMLS_PASS="####"
CLINICAL_PIPELINE_JAR="full/path/to/CtakesClinicalPipeline/target/
CtakesClinicalPipeline-0.0.1-SNAPSHOT.jar"

[[ $CTAKES_HOME == "" ]] && CTAKES_HOME=/usr/local/apache-ctakes-3.2.2

CTAKES_JARS=""
for jar in $(find ${CTAKES_HOME}/lib -iname "*.jar" -type f)
do
  CTAKES_JARS+=$jar
  CTAKES_JARS+=":"
done

current_dir=$PWD
cd $CTAKES_HOME

java -Dctakes.umlsuser=${UMLS_USER} -Dctakes.umlspw=${UMLS_PASS} -cp    
${CTAKES_HOME}/desc/:${CTAKES_HOME}/resources/:${CTAKES_JARS%?}:
${current_dir}/${CLINICAL_PIPELINE_JAR} -    
-Dlog4j.configuration=file:${CTAKES_HOME}/config/log4j.xml -Xms512M -Xmx3g   
pipeline.CtakesPipeline $INPUT $OUTPUT

cd $current_dir

我不确定如何解决此错误，因此不胜感激。

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如果我理解正确，您希望将 request.POST['post'] 的值通过管道传输到程序 run_pipeline.sh 并将输出存储在实例的字段中。

  1. 您调用 subprocess.Popen 不正确。它应该是：

    p = subprocess.Popen(['/path/to/run_pipeline.sh'], stdin=subprocess.PIPE, stdout=subprocess.PIPE)

  2. 然后传入输入并读取输出

    (stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()

  3. 然后保存数据，例如在您的实例的字段中

    instance.processed_data = stdoutdata instance.save()

我建议您首先确保调用在 Python shell 中工作的子进程，然后将其集成到您的 Django 应用程序中。

请注意，在请求中创建（可能长时间运行的）子进程是非常糟糕的做法，可能会导致很多问题。最佳实践是在作业队列中委派长时间运行的任务。对于 Django，Celery可能是最常用的。不过，这涉及到一些设置。

于 2016-03-26T12:30:18.523 回答