问题标签 [ctakes]

我曾尝试执行 Ctakes NLP 类CTAKESClinicalPipelineFactory，但出现以下错误：

java.lang.ClassCastException：类 org.cleartk.classifier.liblinear.LIBLINEARStringOutcomeClassifierBuilder

我一直在尝试在 github 上运行 ctakes-temporal-demo。目前我已经正确配置了eclipse中的所有内容。我已经为 UMLS 帐户设置了正确的密码和 ID。当我尝试运行它时，我收到以下错误：

熟悉ctakes的人可以帮我找出错误。我试过邮件列表，但没有回复。

我输入了国际 Snomed 浏览器工具“头部表面损伤”，得到以下信息 -

http://browser.ihtsdotools.org/?perspective=full&conceptId1=283025007&edition=en-edition&release=v20170131&server=http://browser.ihtsdotools.org/api/snomed&langRefset=900000000000509007

或者更确切地说是重要的细节：

预协调：

*后期协调：

我很难相信 SNOMED 的创建者没有工具来获取预协调表达式并输出后协调表达式。

任何 SNOMED 熟悉的人都碰巧知道实现这一目标的自动化方法，这是一种尚不存在的工具吗？

谢谢

我是 cTAKES 的新用户。我遵循了用户安装指南并添加了 UMLS 访问权限。在我编辑了 runctakesCPE.bat 和 runctakesCVD.bat 之后，我得到了以下信息：

F:\apache-ctakes-4.0.0>设置 CTAKES_HOME=F:\apache-ctakes-4.0.0

F:\apache-ctakes-4.0.0>如果存在 "F:\apache-ctakes-4.0.0\bin\runctakesCVD.bat" 转到 okHome

F:\apache-ctakes-4.0.0>如果存在 "C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\bin\java.exe" 设置 PATH=C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\bin ;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\bin;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\jre\bin;C:\ProgramData\Oracle\Java\javapath;C:\Program Files ( x86)\Intel\iCLS 客户端\;C:\Program Files\Intel\iCLS 客户端\;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\WINDOWS\System32\ WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Intel\Intel(R) Management Engine Components\DAL;C:\Program File (x86)\Intel\Intel(R) Management Engine Components\DAL;C: \Program Files\Intel\Intel(R) Management Engine Components\IPT;C:\Program Files (x86)\Intel\Intel(R) Management Engine Components\IPT;c:\Program Files (x86)\Hewlett-Packard \HP Performance Advisor;C:\Program Files\Microsoft\Web Platform Inst aller\;C:\Program Files (x86)\Microsoft ASP.NET\ASP.NET Web Pages\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Windo ws Kits\8.0\Windows Performance Toolkit\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn\;C:\Program Files\IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Program Files (x86)\MiKTeX 2.9\miktex\bi n\;C:\Program Files\MATLAB\R2015b\runtime\win64;C:\Program Files\MATLAB\R2015b\bin;C:\Program Files\IBM\SPSS\Statistics\24\JRE\bin;C:\cygwin64\bin;C:\ Program Files (x86)\Skype\Phone\;C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\bin;C:\Program Files\Java\jdk1 .8.0 _65\jre\bin;C:\ProgramData\Oracle\Java\javapath;C:\Program Files (x86)\Intel\iCLS Client\;C:\Program Files\Intel\iCLS Client\;C:\windows \system32;C:\windows;C:\windows\System32\Wbem;C:\windows\System3 2\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Intel\Intel(R) Management Engine Components\DAL;C:\Program Files (x86)\Intel\Intel(R) Management Engine Components\DAL;C:\Program Files\Intel\Intel(R)管理引擎组件\IPT;C:\Program Files (x86)\Intel\Intel(R) 管理引擎组件\IPT;c:\Program Files (x86)\Hewlett-Packard\HP Performance Advisor;C:\Program Files \Microsoft\Web Platform Installer\;C:\Program Files (x86)\Microsoft ASP.NET\ASP.NET Web Pages\v1.0\;C:\Program Files (x86)\W indows Kits\8.0\Windows Performance Toolkit\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn\;C:\Program Files\IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs \Git\cmd;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs\EmEditor\Program Files (x86)\Intel\Intel(R) Management Engine Components\DAL;C:\Program Files\Intel\Intel(R) Management Engine Components\IPT;C:\Program Files (x86)\Intel\ Intel(R) Management Engine Components\IPT;c:\Program Files (x86)\Hewlett-Packard\HP Performance Advisor;C:\Program Files\Microsoft\Web Platform Installer\;C:\Program Files (x86)\Microsoft ASP.NET\ASP.NET Web Pages\v1.0\;C:\Program Files (x86)\W indows Kits\8.0\Windows Performance Toolkit\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn \;C :\Program Files\IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs \Git\cmd;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs \EmEditor\Program Files (x86)\Intel\Intel(R) Management Engine Components\DAL;C:\Program Files\Intel\Intel(R) Management Engine Components\IPT;C:\Program Files (x86)\Intel\ Intel(R) Management Engine Components\IPT;c:\Program Files (x86)\Hewlett-Packard\HP Performance Advisor;C:\Program Files\Microsoft\Web Platform Installer\;C:\Program Files (x86)\Microsoft ASP.NET\ASP.NET Web Pages\v1.0\;C:\Program Files (x86)\W indows Kits\8.0\Windows Performance Toolkit\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn \;C :\Program Files\IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs \Git\cmd;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs \EmEditor\Program Files (x86)\Intel\Intel(R) Management Engine Components\IPT;c:\Program Files (x86)\Hewlett-Packard\HP Performance Advisor;C:\Program Files\Microsoft\Web Platform Installer\;C :\Program Files (x86)\Microsoft ASP.NET\ASP.NET Web Pages\v1.0\;C:\Program Files (x86)\W indows Kits\8.0\Windows Performance Toolkit\;C:\Program Files\ Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn\;C:\Program Files\IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs\Git\cmd;C:\Users \yi chen\AppData\Local\Programs\EmEditor\Program Files (x86)\Intel\Intel(R) Management Engine Components\IPT;c:\Program Files (x86)\Hewlett-Packard\HP Performance Advisor;C:\Program Files\Microsoft\Web Platform Installer\;C :\Program Files (x86)\Microsoft ASP.NET\ASP.NET Web Pages\v1.0\;C:\Program Files (x86)\W indows Kits\8.0\Windows Performance Toolkit\;C:\Program Files\ Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn\;C:\Program Files\IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs\Git\cmd;C:\Users \yi chen\AppData\Local\Programs\EmEditor\Program Files\Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn\;C:\Program Files\IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs\Git\cmd; C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs\EmEditor\Program Files\Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn\;C:\Program Files\IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs\Git\cmd; C:\Users\yi chen\AppData\Local\Programs\EmEditor

F:\apache-ctakes-4.0.0>cd F:\apache-ctakes-4.0.0

F:\apache-ctakes-4.0.0>IF "" == "" GOTO NoParam

F:\apache-ctakes-4.0.0>echo 使用GUI选择要加载的AE 使用GUI选择要加载的AE

F:\apache-ctakes-4.0.0>java -Dctakes.umlsuser= "F:\apache-ctakes-4.0.0\desc\;F:\apache-ctakes-4.0.0\ 资源\;F:\apache -ctakes-4.0.0\lib*" -Dlog4j.configuration=file:\F:\apache-ctakes-4.0.0\config\l og4j.xml -Xms512M -Xmx3g org.apache.uima.tools.cvd.CVD 0-cp 系统找不到指定的文件。

F:\apache-ctakes-4.0.0>GOTO 更改返回

任何人都可以帮助弄清楚吗？我真的需要你的帮助。谢谢！

NoClassDefFoundError尽管 7Zip 表明包含该类的 jar 存在于提交以运行程序的 uberjar 中，但我仍收到一条消息。我正在提交以下行：

抛出的错误是：

下面CtakesSparkMain的类调用CtakesFunction该类：

Ctakes功能：

我试图修改存储库@ https://github.com/selinachu/SparkStreamingCTK以利用常规 Spark 而不是 SparkStreaming（和 Spark 2.0），但无法解决此问题。

在 UmlsDictionaryLookupAnnotator 中有一个函数 isValidUMLSUser 有四个参数。其中两个是我输入正确的用户名和密码，但另外两个是许可证代码和网址。如果他们已经用完验证用户，任何人都可以帮我找到正确的 URL。

我正在尝试将 Apache cTAKES NLP 逻辑嵌入到我的应用程序中。

首先，我找不到任何好的文档来了解如何完成它。

从我在互联网上找到的不同代码段中，我创建了以下测试代码：

但它在启动过程中失败并出现以下错误：

我做错了什么以及如何解决？另外，如何正确配置 cTAKES 以使用AggregatePlaintextFastUMLSProcessor.xml我要创建的自定义字典？

我能够使用以下文档安装 cTAKES 4 https://cwiki.apache.org/confluence/display/CTAKES/cTAKES+4.0+-+Fast+Dictionary+Lookup

在我的 Windows 10 机器上，我通过以下命令运行 C​​AS Visual Debugger (CVD) 应用程序：

基于以下示例https://www.youtube.com/watch?v=4aOnafv-NQs我创建了自定义 ICD10 字典并将其添加到我的 cTAKES 4 实例（使用 Dictionary Creator GUI）。

现在我不明白如何使用这个新字典运行 CAS Visual Debugger (CVD) 以便能够检测文本中的 ICD10 代码。

你能指导我怎么做吗？

我使用 ICD10 代码从 UMLS 数据库创建了一个 cTAKES 自定义词典。

现在我可以通过例如疾病名称来分析文本，Asthma注释索引将包含此匹配的 ICD10 代码code = "J45.90"。

是否可以配置 cTAKES 以反转此过程，以便在文本中查找 ICD10 代码外观？

再会！

在使用 CollectionReader(s) 和 CollectionReaderDescription(s) 方面， SimplePipeline.runPipeline api让我有些困惑。Api 说明 说：Run the CollectionReader and AnalysisEngines as a pipeline. After processing all CASes provided by the reader, the method calls collectionProcessComplete() on the engines and destroy() on all engines.

这一切都很好，除了一件事，一旦处理，一旦分析完成，我如何访问已处理 CAS(es) 中的结果？我似乎没有找到任何 apis/iterators 来做到这一点。

或更一般的问题：如果有人有使用 CollectionReader(s) 执行此类分析或概述一般方法的示例并可以共享它，则非常感谢，因为 uimafit 文档中似乎缺少此类示例。

谢谢！