问题标签 [ctakes]

我正在尝试使用 jackson ObjectMapper 将 JCas 对象（org.apache.uima.jcas.JCas）转换为 json 字符串，如下所示。

但是我得到了无限递归异常，如下所示

有人可以提出解决方案吗？

我正在尝试设置一个提供 JSON 输出的 ctakes 应用程序。我从https://codeload.github.com/apache/ctakes/zip/ctakes-4.0.0获取了 ctakes 模块

我正在尝试将 jcas 对象转换为 json，如下所示

但似乎在下载的项目设置中，JsonCasSerializer 没有依赖项。我用谷歌搜索，发现我们需要在我的项目中添加 uimaj-json jar。我添加了与外部依赖项相同的内容（uimaj-json-3.1.1）——我也尝试了不同的版本。但是在将同一个 jar 添加到项目中后，我遇到了多个问题。

我的理解是，在添加 uimaj-json jar 时，我的 POM 已经包含以下依赖项，并且新包含的 uimaj-json jar 有很多与我当前的应用程序 uimj-core 版本不兼容的依赖项。

请帮忙。

我们是否有任何包含 jcas 到 json 转换的示例 ctakes 项目？

从 tika-app 调用 cTAKES 解析器时得到以下信息：

例外

异常 java.lang.NoSuchMethodError 的屏幕截图

线程“主”java.lang.NoSuchMethodError 中的异常：opennlp.tools.sentdetect.SentenceModel.getMaxentModel()Lopennlp/model/AbstractModel;

我已按照此链接中提到的步骤进行操作。我无法理解此错误的原因，因此无法解决此问题。

我也收到以下警告： 警告

2020 年 2 月 16 日 12:19:58 PM org.apache.tika.config.InitializableProblemHandler$3 handleInitializableProblem 警告：未加载 J2KImageReader。JPEG2000 文件将不会被处理。有关可选依赖项，请参阅https://pdfbox.apache.org/2.0/dependencies.html#jai-image-io 。

2020 年 2 月 16 日 12:19:59 PM org.apache.tika.config.InitializableProblemHandler$3 handleInitializableProblem 警告：org.xerial 的 sqlite-jdbc 未加载。请在您的类路径中提供 jar 以解析 sqlite 文件。有关正确版本，请参阅 tika-parsers/pom.xml。

我曾尝试使用此链接中的答案来解决它，但这并没有太大帮助。我知道这些只是警告，希望不会导致错误，并且仅通过安装它来使用 tika

系统信息

• 操作系统 ubuntu 16.04
• JDK openJDK8.
• Maven 3.3.9
• 阿帕奇提卡 1.23
• Apache cTAKES 3.2.2

我试图了解通过 cTAKES 解析器生成的结果。我无法理解某些观点-

通过 TIKa-app 调用 cTAKES 解析器，我们得到以下结果-

并且解析的文档包含 -

该患者于 4 月接受了 CT 扫描，但未发现肝脏病变

我有以下问题-

1. 为什么 UMLS id 像 ctakes 一样重复：ProcedureMention: scan:27:31:C0009244,C0009244,C0040405,C0040405,C0009244,C0009244,C0040405,C0009244,C0009244,C0009244,C0040405? （cTAKES 配置属性文件有 annotationProps=BEGIN,END,ONTOLOGY_CONCEPT_ARR）

2. RomanNumeralAnnotation 表示什么？

3. 在C0040405这样的概念唯一标识符中，这7个数字有什么意义吗？这些是如何产生的？

系统信息：

阿帕奇蒂卡 1.10

Apache 采用 3.2.2

我正在创建一个新的数据框： df_new = pd.DataFrame(columns = ['a', 'b', 'c','d','e','f'])

我已经有一个包含所有这些数据列的数据帧 df，这些数据列是使用 cTAKES 解析的，我用它来根据某些条件填充新的数据帧。

我还根据“c”列对 df 进行了排序： df.sort_values(by='c', inplace=True)

当 i>=1 时出现以下错误：IndexError: single positional indexer is out-of-bounds

不知道我在这里缺少什么

为了获得药物的“副作用” - 修改了默认的 piper 文件并将 PSESentenceAnnotator 添加到我的 PiperFile

// 使用 UMLS 查找创建默认纯文本文档处理管道的命令和参数

我得到以下异常：

任何人都可以向我指出有关如何使用 UIMA AS 扩展 CTakes 的最新教程吗？当我为示例管道之一创建部署 XML 描述符时，UIMA AS 找不到 CTakes 注释器。

我注意到runClinicalPipeline.sh在 cTAKES 中运行时，它会将 xmi 文件作为输出而不是 XML。但是在运行时runctakesCPE.sh它会给出 XML 文件..

我想运行runClinicalPipeline和输出 XML。我该怎么做？