问题标签 [adehabitathr]

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r - 如何使用包 adehabitatHR 计算家庭范围分析的 KUD?

我正在尝试为我的企鹅跟踪数据计算 KUD 50% 和 95%,但遇到了错误。我的目标是计算家庭范围密度,然后将数据导出为多边形。

运行这部分脚本后发生错误,tracks.utm[,X] 表示数据排序的列,它是按单独的tripID,因此它应该为每个单独的轨道创建一个范围。

错误:

我怀疑我的脚本中遗漏了一些东西,但是我还不是一个有经验的用户,所以希望得到一些建议。

数据:

干杯

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r - 尝试将空间多边形导出为 R 中的 shapefile 时 writeOGR 出错

我正在尝试导出为家庭范围数据创建的多边形,但是当我导出它们时会收到以下错误消息:

我没有任何运气来寻找这个问题的答案,我的目标是为家庭范围创建多边形,然后将它们导出为要在 QGIS 中使用的 shapefile。

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r - AdehabitatHR::kernelUD 错误,给予不合格数据的地理 CRS

我正在尝试执行一项简单的任务,即估计我的数据集中所有雌性的觅食轨道上的内核密度利用率分布(只是一个可视化练习),并选择了 R 中 adehabitatHR 包中的 kernelUD 函数。

我可以设置一个我一直在使用的 SpatialPoints 对象的简单示例,该对象采用 long-lat 格式。

因此,经度或纬度的任何点都没有超出预期范围,但是当我尝试执行 kernelUD 时:

这个数据点没有出现在我正在使用的对象中,所以我不知道如何解决这个错误。

我在 R v3.6.3 上运行以下包版本

提前感谢您的帮助。

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epsg - adehabitatHR 家庭范围估计太小

我有在西澳大利亚追踪的两只动物的经纬度数据,我想使用 adehabitatHR 找到它们的家园。

纬度 经度 动物_ID 1 -22.62271 117.1247 1 2 -22.62286 117.1246 1 3 -22.62192 117.1223 1 4 -22.62021 117.1224 1 5 -22.61989 117.12424 1 6 -212.620 117.

但是每只动物的家庭范围估计显然太小了。我认为 EPSG 一定是错误的,但经过很长时间的查找,我仍然找不到合适的。

谁能指出我正确的方向?

动物 1 的家庭范围是 1.217428e-08,动物 2 是 6.253689e-08。

同样使用核密度估计;

估计动物 1 为 2.36917592701502e-08,动物 2 为 1.16018636413173e-07。

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r - AdehabitatHR 的 MCP 家庭范围太小

我是使用 R 进行空间分析的新手。我正在尝试主要使用 R 中的 adehabitatHR 包计算每日家庭范围(MCP 100、后来的 95 和 50%)。我使用了我同事提供的脚本,它对她有用每时每刻。现在,当我运行它时,它可以工作,但是我收到的 e-xx 值太小了。我真的不知道哪里出了问题,我认为它与投影有关,但我太缺乏经验,不知道哪个应该更好。

你可以看到下面的代码。也许有人知道如何解决这个问题?

输出数据如下所示:

提前致谢!

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r - 如何结合障碍来从 adehabitatHR 估计 KernelUD 中的家庭范围?

我正在努力使用障碍来计算 Calenage 的adehabitatHR包中的 kernelUD 估计值。

我能够轻松地估计没有障碍物的家庭范围,但是由于鱼不能在陆地上游泳,我收到以下错误消息:

3 * h 中的错误:二元运算符的非数字参数

或者

.boundaryk(SpatialPoints(x, proj4string = CRS(as.character(pfs1))) 中的错误:不方便的边界:转动角度 > pi/2

取决于我是只使用湖的东侧(第一条错误消息),还是使用整个湖边界作为边界(第二条错误消息)。

下面是我正在使用的数据的片段。由于数据的庞大性,我只添加了一个简短的片段,但创建了一个指向所有其他文件的 github 链接。我的代码使用我的数据引导您完成直接在adehabitatHR示例中找到的步骤,您可以直观地看到湖泊屏障及其与估计的一条鱼的栖息地大小的关系。

我对多条鱼的家庭范围估计最终大于湖的实际面积。我想在包中解决这个问题,而不是仅仅将它们导出到 ArcGIS 并将它们剪切到湖边界。这不会那么准确。家庭范围估计的最大值应该是 3.25 平方公里,现在我可以得到几乎 3 倍大的估计值。本质上,鱼正在使用整个湖,但这些值扰乱了我的数据分析。

https://github.com/TRobin82/Home-Range.git

很抱歉没有包含太多示例,但代码和数据的性质不允许在堆栈溢出时进行有效和干净的帖子。

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overlap - R中的利用率分布重叠指数有问题

我有从水中取出的旧捕蟹器的纬度/经度数据,以及它们被处理的 4 个相应地点中的 1 个。我想弄清楚的问题是,如果我有更多或更少的处置场所,是否会上交相同数量的捕蟹器。因此,在这种情况下,处置场所将是“物种”。

这是代码中出现错误的地方,之后其余部分将无法正常运行。该错误表明我至少需要 5 次搬迁。我不知道我做错了什么或我错过了什么。其余代码如下:

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r - 如何加快在R中创建等距离空间网格

我正在使用adehabitatHR计算几只老鹰的主场范围。我想创建一个 1 km x 1 km 的网格来输入 kernelUD 函数。

我尝试使用此处提供的方法: 在 R 中创建等距离空间网格

但是,当我尝试使用这种方法时,R 计算网格需要很长时间(我等了一个多小时,然后不得不强制退出 R)。这是因为我正在查看的区域非常大(移动数据跨越多个国家/地区)。

有没有另一种方法可以做到这一点或加快这个过程,特别是当我需要为几个人重复这个过程时?

下面是我的脚本示例,其中包含来自 adehabitatHR 小插图的示例水牛数据集(我无权共享我自己的数据)。使用较小的数据集,它可以工作,但我的即使在等待一个多小时后也没有给出输出。