问题标签 [adehabitathr]

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r - 如何在我的数据框中将我的经纬度转换为 UTM

我现在有点卡住了,我已经能够创建一个空间点数据框,并由此创建了一个 Ltraj 类的对象。这我需要做进一步的分析。但是我的 x 和 y 坐标不在 UTM 中,如果我进一步分析可能会出现问题。

格式:

结构:

-->我能够从我的经纬度以 UTM 格式创建一个正式的类空间点集,但现在这是一个单独的对象:

结构:

我基本上希望 ltraj 中 x 和 y 的值位于 UTM 中,我想我可能必须在创建对象 ltraj 甚至空间点数据框之前执行此操作。

我想知道是否有人对在原始数据框中将我的经纬度更改为 UTM 有任何建议;还是将其制成空间数据框,然后将它们与包含“主题”和“日期”的数据框再次绑定?

亲切的问候,

山姆瑞肯

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r - 如何让 rgdal/proj 4 为 mac 工作

我在尝试在 R 中使用 adehabitatHR 包时遇到问题。当我加载 rgdal 包时,我收到以下错误消息。

我还没有找到适合计算机编程技能不高的人的答案(例如如何为 rgdal 升级 proj4)。关于这个主题的现有答案不是以外行可以理解的形式编写的——例如,我不知道如何从其他线程中链接的 GitHub 代码中“编译”、“克隆”等。这些答案预设了(在我看来是)大量不适用于我的研究领域的编程知识。如果有人能以直截了当的方式向具有基本计算机知识的人解释它,我将不胜感激。

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r - 网格对于 kernelUD /getverticeshr/adehabitatHR 家庭范围估计来说太小了

adehabitat HR 的文档建议使用以下代码在创建 UD 对象后计算家庭范围的 95% 内核:

对于我的一些数据,出现以下错误:

在 Nabble 论坛上,人们建议更改“网格”和“范围”输入,但在使用这两个参数的大量组合后,我无法获得更好的结果。有什么建议么?

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boundary - 创建边界到家庭范围估计(KUD)

我正在使用 adehabitatHR 来估计企鹅的家园范围。自然,它们不能在陆地上游泳,我一直在尝试在海岸线周围添加边界,以防止 KUD 增加超出可行范围的区域。

我试图为其创建边界的区域是澳大利亚菲利普港湾的北端。我目前的(非常粗略的)边界点依次是:

-37.9967038 145.0346375

-37.8607599 144.9783325

-37.8341917 144.9131012

-37.8580493 144.8375702

-37.9988682 144.6487427

虽然它被接受为障碍,并且可以绘制在地图上,但当我尝试将其作为 KUD 中的边界实现时,我不断收到错误消息:

'3*h 中的错误:二进制运算符的非数字参数'

有谁知道这意味着什么以及我该如何解决?

谢谢!

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r - 如何解决 count.points(locs, maps) 中的 R/Adehabitat 错误:“单元大小在 x 和 y 方向上应该相同

我是R新手,这是我第一次尝试将其AdehabitatHS用于探索性利基分析。

我正在尝试SpatialPixelDataset使用函数根据物种位置“Locs”计算“地图”中像素的利用率权重

我被卡住了,由于

“count.points(locs, maps) 中的错误:x 和 y 方向的像元大小应该相同”。

SpatialPixelDataframe和都SpatialPointDataframe投影在 UTM Zone 38 N。所有栅格的元数据包含相同的范围信息,如下所示:

此外,不确定这是否与此问题相关,但图层集是使用 和 构建的并且ArcGIS工作正常。 MaxentBiomapper

如果有人能给我提示如何解决这个问题,我将不胜感激。

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adehabitathr - adehabitatHR, LoCoH 孤孔问题

我正在使用 adehabitatHR 来计算 HR 的使用LoCoH方法。我正在尝试找到最佳设置,但是遇到了麻烦,因为在许多设置中我得到以下信息:

我通常理解这意味着什么,但是对于孤儿洞和 rgeos 的所有建议都是在这个人自己编写工会而不是使用另一个包的情况下提供的。

我可以在许多不同的设置下获得 HR,所以我知道我的数据是足够的,但我想确保我正在优化我的设置。关于我的数据的哪些因素导致这种情况的任何建议都会有所帮助。

我需要对我的位置数据进行进一步的 QAQC 吗?我可能缺少设置吗?

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r - 如何使用 Excel 文件创建包含两个数据框的单个数据集

我需要从如下图1所示的 excel 文件创建单个数据集。当我导出文件以在 excel 中模仿它时,格式无法正常工作。这是文件导出为 excel 2时的样子。但是,当我用自己的数据模拟导出的文件并将其上传到 r 时,它不会正确导入并像应有的那样镜像图像 1。这就是当我镜像格式并导入我的数据并将其导入到 r 时的样子(它应该看起来像图像 1)3

与给定数据集一起使用的代码:

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subset - R 中 MCP 的最小位置数量的子集,删除单个名称

我有一个与此处发布的问题非常相似的问题:Subsetting for a minimum number of locations for MCP in R

这里是基于每组行数的子集数据框

我试图对一个数据集进行子集化,删除所有观察次数少于 5 的个人。

df <- data.frame(name = c(“a”, “a”, “a”, “a”, “a”, “a”, “b”, “b”, “b”), x = 1:9)

在这种情况下,仅保留单个“a”的记录

我设法使用上面链接中发布的任何解决方案很好地对我的数据集进行了子集化,但它仍然保留了所有个人的姓名和 0 条记录

例如在我的数据集中,table(df$name)

显示
ab
6 0

相反,我需要从数据集中完全摆脱这些人。(否则我仍然会收到错误行“至少需要 5 次重定位才能适应主范围”,因为小于 5 的名称仍保留在那里)

之前运行此行的技巧:
df$name<-as.numeric(df$name)
a
6

但是通过这种方式,我失去了个人的标签,这是我其余分析所需要的。

有什么建议么?谢谢

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adehabitathr - AdehabitatLT 和 ltraj 对象:如何提取重定位之间的平均距离?

我有一个 ltraj 对象,我想提取一天的平均距离和一天的平均时间。日期存储为"("%d/%m/%Y %H.%M.%S"),无论如何我只需要在同一天发生的搬迁。我试过函数聚合:

a=aggregate(traj[[1]]$dist, by=list(traj[[1]]$date,"%d/%m/%Y"), FUN=mean)

我收到以下错误消息:

aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) 中的错误:参数必须具有相同的长度

我不知道如何忽略小时、分钟和秒,只考虑年、月和日。

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selection - 查看设计 II 个人选择比率

我一直在使用 R 包 adehabitat 来计算我正在从事的一个项目的选择比率,该项目涉及动物觅食栖息地的偏好。

使用该功能时,widesII我可以看到我放入该功能的每只动物的全局(平均)选择比率,但看不到每个个体的选择比率。但是,如果我绘制选择比率函数,它将显示这些单独选择比率的折线图。

如何查看这些个人选择比率的表格?我知道它们在那里(因为它们被绘制成图表),但我不知道如何查看它们。