0

我正在尝试使用 Nextflow 在 GCP 上运行工作流。问题是，每当创建一个实例来运行一个进程时，它都会连接两个磁盘。第一个启动盘（默认 10GB）和一个额外的 'google-pipelines-worker' 磁盘（默认 500GB）。当我并行运行多个进程时，会创建多个 VM，每个 VM 都附加了一个 500GB 的附加磁盘。有没有办法自定义 500GB 默认值？

nextflow.config

process {
    executor = 'google-pipelines'
}

cloud {
    driver = 'google'
}

google {
    project = 'my-project'
    zone = 'europe-west2-b'
}

主文件

#!/usr/bin/env nextflow

barcodes = Channel.from(params.analysis_cfg.barcodes.keySet())

process run_pbb{
    machineType: n1-standard-2
    container: eu.gcr.io/my-project/container-1

    output:
    file 'this.txt' into barcodes_ch

    script:
    """
    sleep 500
    """
}

提供的代码只是一个示例。基本上，这将创建一个附加了 500GB 标准永久性磁盘的 VM 实例。

4

2 回答 2

1

Nextflow 在之前的版本中对此进行了更新，将其保留在此处。

第一次运行export NXF_VER=19.09.0-edge

然后在范围“进程”中，您可以声明一个磁盘指令，如下所示：

process this_process{
    disk "100GB"
}

这会更新附加的永久性磁盘（默认值：500GB）

仍然没有编辑启动盘大小的功能（默认：10GB）

于 2019-10-11T12:03:22.553 回答
1

我一直在检查Nextflow 文档，其中指定：

计算节点本地存储是 Compute Engine 服务为所选机器（实例）类型分配的默认值。目前无法为本地存储指定自定义磁盘大小。

于 2019-09-20T10:52:11.100 回答