问题标签 [torque]

我正在尝试编写 PBS 脚本。

我必须在一个集群中使用 4 个节点并运行 4 次可执行程序。困难在于 4 个执行必须并行运行，一个节点一个

目前，我刚刚分配了节点

问题是我不知道如何确保程序并行运行。我该怎么做 ？

我安装了一个 Torque 服务器，我添加了一个节点，它工作正常。

但我不明白作业配置是如何工作的。

这是我的作业配置：“#PBS -l vmem=128mb”，我的作业使用更多内存，因此 Torque 服务器会终止该进程。如果我增加该值，它会很好地工作。

pvmem = 作业中任何单个进程使用的最大虚拟内存量。（在 Unicos 上被忽略。）

有一个服务器配置可以让进程在超出内存时运行，但我没有找到此信息。

我有一个将数据结构拆分为块的脚本。使用扭矩作业阵列处理块，然后合并回单个结构。

合并操作取决于作业数组的完成。如何让合并操作等待扭矩作业数组完成？

我的脚本如下：

我努力了：

并且：

都没有奏效。前者导致错误[qsub: 非法-W值]，后者也导致错误：qsub: script file 'job1' cannot be loaded - No such file or directory。

我目前正在使用一个使用 TORQUE 的集群。最近，当我使用 qsub 提交作业时，可以使用 qstat 检查其状态，但找不到 STDIN.e12345678 或 STDIN.o12345678 文件（作业数量只是示例）。使用 qstat -f 命令显示文件应该位于我的主目录中，但它们不存在（也没有隐藏）。可能是什么问题呢？

我希望我能在正确的 Q+A 页面上解决问题。另外我只是一个不太了解集群在做什么的用户，所以如果我使用了错误的表达方式，请原谅。

我正在开发一个 18 节点集群，运行 TORQUE/PBS Pro/Open MPI。

设置 - 2 个 CPU/节点，12 个内核/CPU（因此每个节点允许 24 个进程）。

如果我提交需要在节点之间进行不均匀拆分的 PBS 作业，例如需要 58 个进程的作业，我可以通过以下方式拆分它：

它使用所有 24 个内核分配 2 个节点，使用 10 个内核分配 1 个节点。所以我现在应该有 58 个任务正在运行。

但是，当我执行时qstat -a，输出显示我只有 48 个任务正在运行。它似乎从不计算不均匀分裂的节点。

那么，这 10 个额外的进程是否真的在运行？这是怎么回事？只是输出qtsat不正确吗？

我翻遍了所有我能找到的 PBS 自述文件/手册，没有运气。

我在具有 24 个内核的单台机器上使用 Open MPI 运行 Torque。为什么可以在我的作业中指定，例如，nodes=1:ppn:2 并且仍然能够运行 mpirun -np 12 WhatEverCommand 指定的作业？在这种情况下，作业在 12 个核心上执行，即使“节点”表示 2 个 CPU。指定“节点”选项不会对提交的作业使用的资源有任何限制吗？如果没有，那么如何通过覆盖声明的资源来防止用户违反服务器规则？

另一方面 - 指定 nodes=1:ppn=8 和 mpirun 没有“-np”选项，只给我 1 个 cpu 运行作业。

我有那么糟糕并且在这里缺少一些基本的东西吗？

How would one request to see the total number of jobs that a user has currently submitted? This could be running jobs, queued jobs, or both. Preferably, I would like to see all of the jobs that I have currently (running and queued).

我有两个问题：

1. Hydra 和 Torque 有什么区别，或者以其他方式问：与 Torque 相比，Hydra 还提供什么？如果我选择使用 Torque (+ MAUI)，我是否需要 Hydra？

2. 另外，MPICH2 比 OpenMPI 有什么优势，因为 OpenMPI 支持 IB 并且还不断支持 Windows 平台？对我来说，它看起来像瑞士刀。我错了吗？

我的主目录中的 .bash_profile 文件中有一堆别名声明、函数、PATH 添加等。我还使用 PBS（扭矩）调度系统。通常，一切正常，我可以从 bash 访问我的别名。但是，当我提交工作时，我的别名没有被加载。

我想也许 .bash_profile 文件在作业开始运行时没有被加载，所以在我的作业脚本中我包含了一个~/.bash_profile语句，我可以通过包含一个小语句来确认正在访问该文件echo Testing!，但我的别名仍然是'工作。

这是我的 .bash_profile 的示例：

这是我的作业脚本 commands.sub 的示例：

但是，我总是得到这个输出：

谁能给我一些建议以使这项工作正常进行？！谢谢！

我想在 RHEL 6 单机（32 个 CPU）上安装 TORQUE。

我按照手册的所有说明进行安装，但最后我遇到了错误。以下是我遵循的所有步骤：

第一步，确保 libxml2-devel openssl-devel gcc gcc-c++ 已安装并且是最新的：

然后我下载并提取了最后一个版本。然后我运行了默认配置：

我运行了 make 和 make install：

没有错误。

我将 trqauthd 守护进程配置为在系统启动时自动启动：

那里有第一个错误。

错误代码的意思是：

无论如何，我一直安装到最后，我设法启动了妈妈和服务器服务，但最终得到了：

你能帮助我吗？我可以为您提供所需的所有日志/信息。谢谢！！