我有一个将数据结构拆分为块的脚本。使用扭矩作业阵列处理块,然后合并回单个结构。
合并操作取决于作业数组的完成。如何让合并操作等待扭矩作业数组完成?
$ qsub --version
Version: 4.1.6
我的脚本如下:
# Splits the data structure and processes the chunks
qsub -t 1-100 -l nodes=1:ppn=40,walltime=48:00:00,vmem=120G ./job.sh
# Merges the processed chunks back into a single structure
./merge.sh
我努力了:
qsub -t 1-100 -l nodes=1:ppn=40,walltime=48:00:00,vmem=120G -N job1 ./job.sh
qsub -W depend=afterokarray:job1 ./merge.sh
并且:
qsub -t 1-100 -l nodes=1:ppn=40,walltime=48:00:00,vmem=120G -N job1 ./job.sh
qsub -hold_jid job1 ./merge.sh
都没有奏效。前者导致错误[qsub: 非法-W值],后者也导致错误:qsub: script file 'job1' cannot be loaded - No such file or directory。