问题标签 [tmb]

我正在尝试在 R 中使用 gcc (c++) 编译模型（使用 TMB 包）。错误如此之多，以至于在 Rstudio 中，我什至无法向上滚动查看它们的开头。因此，我想将控制台中的所有内容（消息、错误和警告）打印到文本文件中。这样我还可以比较不同的模型输出（或者特别是它们的失败）。

我尝试了以下事情：

=> 给我一个空文件（我或多或少预期）

=> 只打印最终错误

我忽略了什么？

我从 TMB教程页面复制了 C++ 代码

并将其保存为tutorial.cpp. 然后我尝试按照说明编译它并得到：

此外，在 RStudio 编辑器窗口中，我可以在行旁边看到一个叉Type objective_function<...号，将鼠标悬停在错误上：

我应该怎么做才能修复它以便教程函数编译？

会话信息：

TMB 目标函数似乎定义在一个保存到<name>.cpp文件的功能块中。然后，在编译文件之后，通过使用命令加载来访问每个目标函数dyn.load(dynlib(<name>))。

.cpp是否可以在每个文件中存储多个目标函数？例如以下两个目标函数非常相似，但此时需要保存到不同的文件中：

和

在TMB 教程中，在一个.cpp文件中定义了目标函数，以便在 C++ 函数和从 R 调用的函数之间共享参数名称和模型数据结构的名称。例如，tutorial.cpp文件：

编译后dyn.load可以从 R 中调用这个函数，但是，你需要知道数据向量被命名为x，并且有两个参数值mu和sigma。是否可以从 R 中检索这些所需对象的名称？

在使用 TMB 生成目标函数和梯度并调用该optim函数后，我在控制台中打印出一系列报告，其格式似乎为“outer mgc:”：

似乎较小的数字表示更快的收敛和更好的收敛结果。但我不完全确定这些是什么，因此最好知道以诊断算法的收敛特性。

我在 /src 中有 9 个 cpp 文件 - 8 个来自 Rcpp，1 个来自 TMB。我可以编译所有代码并成功运行代码，或者通过 CRAN 检查。但不是两者兼而有之。

方法一

让 R 编译所有 cpp 文件并生成单个 DLL：“mypackage.dll”和TMB::MakeADfun(..., DLL="mypackage")：

• 通过所有 CRAN 检查（除了安装包大小的注释，见下文）。
• Rcpp 函数工作正常
• 调用 TMB 函数会导致： Error in .Call("getParameterOrder", data, parameters, new.env(), PACKAGE = DLL) : "getParameterOrder" not available for .Call() for package "mypackage"
• 使用TMB::MakeADFun(..., DLL="mypackage", checkParameterOrder=FALSE)结果： Error in .Call("TMBconfig", e, as.integer(1), PACKAGE = DLL) : "TMBconfig" not available for .Call() for package "mypackage"

方法二

按照这个建议使用 'makevars.win' ，添加useDynLib MyTMB并TMB::MakeADfun(..., DLL="MyTMB")创建两个 DLL（mypackage.dll 和 MyTMB.dll）：

makevars.win：

• Rcpp 和 TMB 功能都有效

• devtools::check() 会对每个 Rcpp 函数产生一个警告：

  /li>
• 和一个关于大安装包大小的注释。libs子目录超过 30 Mb，大约是方法 1 的两倍。

Rcpp 开发人员建议不要使用 makevars 文件，显然我正在覆盖 Rcpp 中的某些内容以导致“外部函数调用”问题，即使该包是当前包。看来我的选择是：

• 修改“makevars”以恢复避免警告的 Rcpp 默认值，并恳求 CRAN 接受有关已安装包大小的说明。不知道如何做前者。
• 找到解决方法 1 问题的方法，并请求安装较小的包大小。将是只有一个 dll 的最简单的解决方案。不确定问题是否是因为我同时编译 Rcpp 和 TMB 而引起的，如果是，如何解决。
• 或其他我想念的东西。

有什么建议么？

详细信息：

平台 x86_64-w64-mingw32
arch x86_64
os mingw32
system x86_64, mingw32
status
major 3
minor 3.3

我没有~/.R/Makevars文件并且

然而，R必须从某个地方读取配置，因为包子目录.cpp中包含Rcpp导出的文件src可以正常编译。

我很想知道如何Makefile.win在src目录中编写 a 以便Rcpp文件与文件一起继续编译TMB .cpp。目前一个makefile像：

可以很好地编译TMB文件，实际上是由以下建议的：https ://github.com/kaskr/adcomp/issues/43

我试图在此处makefile修改Dirk 的建议，但即使使用全新的测试包也无法复制' 的默认行为。R

我的会话信息：

dyn.load()R（3.3.2，Windows 7）在 for 循环中使用大约 1000 次迭代后崩溃。这在 Ubuntu 中不会发生。dll对于从Rcpp和代码创建的文件，可以观察到这种行为TMB，但我认为它与这些包中的任何一个都无关。崩溃消息是：

以下是我计算机上的一个最小可重现示例：

首先，创建一个Rcpp名为的包testRcppRepeatDynLoad（在 Rstudio 中，在新目录中创建包，选择“使用 Rcpp 创建包”。）。构建包时会在文件夹中CTRL-SHIFT-B创建一个dll文件src，我们将使用dyn.load.

此代码在 1050 次迭代后使 R 会话崩溃：

同样的事情发生dll在由TMB::compile.

我最近发现了 TMB 的奇妙之处，并且我正在开发一个包，该包理想地包含 TMB c++ 模板，用于计算相当昂贵的模型。

我假设有以下可能性：

• 在安装包时自动编译 TMB 源代码

但我在 TMB 文档中找不到任何明确的指导方针。到目前为止，我的替代方法是编写在第一次调用使用未编译类的函数时编译 TMB 代码的函数……但我觉得有更好的方法来做到这一点。

有没有人成功地将 TMB 功能包含在另一个包中，并且可以指出相关文档或示例的方向？

亲爱的所有 TMB 热心用户或在 R 中使用 C++ 的用户将帮助我。

作为一名 TMB 婴儿用户，我对来自 TMB 的错误消息有疑问。

我发现我的代码中有错误。（第2个错误已修改）

结果来自 gdbsource()

1：Incomplete final line found on我的cpp文件（其实这是一个警告信息，而不是错误。我想知道为什么会这样。）

2：编译后出现以下错误消息：

Error in ev(obj$env$par): Wrong range component.

您对第二个错误有任何想法吗？

感谢您的努力、反馈、提示和提前帮助！

我附上了我的 cpp、R 代码和数据。

我想在此页面上发布更多内容。我的代码中的主要问题被认为是定义参数或向量。

在评论之后，我运行了包含“cout”部分的代码。和结果

CPP代码（修订）

数据

我还附上了 sessioninfo：