问题标签 [tmb]

I'm facing NA/NaN errors with my TMB code. Searching on the internet, I found that including fenv.h file into my code can give me a clue about the source of errors.

Since this example nan error does not work on Windows, I decided to follow an advice to run this example in Virtual TMB (Because my old desktop cannot afford to run more than one operating system).

But the new problem appeared. I get unused variable errors after running the code. This code is copied and pasted from the link above.

cpp code

and here is the corresponding r code for Linux

I attached my sessionInfo and the warning messages via image files.

Error

How can I solve this problem?

Thanks!

Warning message:

Session Info:

全新安装的 ubuntu 18.04。-> 好的

从此 repo 安装的 R 3.5.0：

通过以下方式添加了安全的 apt 密钥：

R 安装正确，甚至可以从 rstudio 启动。尝试TMB使用此命令在超级用户模式下从 R 控制台或终端 R 安装库、安装命令（在尝试第二个之前尝试并删除了一个，因此用户库和 R 库之间不会发生冲突）：

安装开始，它安装依赖包（Rcpp，RcppEigen 等）。

在完全 RcppEigen 的安装/编译期间，控制台开始像 10000 行警告一样启动（例如，如果缺少某些编译器链接），这是它偏离正常安装的第一行：

这些是 install.package("TMB") 命令的最后几行：

install.packages("TMB",type="source") 的最后一行输出是：

安装似乎已完成（控制台最后给出 * DOME(TMB)），但运行 TMB（线性回归）的基本示例会给出致命的 R 会话错误。

R代码中的示例：

使用 TMB::compile 会给出大量警告（这些是最后一次磨损 + gcc 行输出）：

在执行此 R 代码期间，它立即在 rstudio（R 控制台）上给了我致命错误，完全取自 TMB 示例：

编译器：

~.R/Makevars（之前为 RcppArmadillo 触及过的东西，也许是我的错，错误出现在 CXXFLAGS 上）：

编辑（我自己）我在以下位置尝试 RcppEigen 示例：http ://dirk.eddelbuettel.com/code/rcpp.eigen.html 它运行正常，推送许多警告（Rcpp 通常不会发生），调用sourceCpp(file="input.cc")，它编译并正确执行。

我尝试在 TMB 上找到的第一个示例https://github.com/nwfsc-assess/geostatistical_delta-GLMM/wiki/Steps-to-install-TMB 它给了我：

崩溃前

我正在开发一个 R 包，以包含在 TMB 中创建的 c++ 模板。使用此建议中共享的有用指南，我成功地走了很长一段路。

目前，我正在使用 2 个 c++ 模板（“kglmer.cpp”和“nglmer.cpp”）和以下 Makefile.win（和等效的 Makefile）来创建 dll：

但是，在运行 CRAN 检查时（使用devtools::check()），我收到以下警告：

该问题似乎与未正确清理 src 文件夹有关。您对如何进行有什么建议吗？

首先，我是 TMB 的新手，对使用 SPDE 模型也很陌生。

我想使用加权平均值（反映每个后验方差的权重）组合来自几个 SPDE 模型的后验。这可以在 TMB 中进行吗？

谢谢

我正在使用包含 C++ 代码的 knitr 编写文档。此代码将与 R 包 TMB 一起使用。我正在使用 .Rnw 文档。

我的主要问题是我不知道为代码块引擎指定什么。我已经阅读了一些关于非 R 语言的 knitr 设置的问题，但我的理解是 knitr 仅支持 Rcpp 而不是简单的 C++ 代码。另外，这里我想通过TMB编译C++代码。在理想情况下，我希望在编译 knitr 文档时在工作目录中创建 .cpp 文件，以便 TMB 之后可以访问它们。但是现在，当我编译 knitr 文档时，我收到以下警告：

在 get_engine(options$engine) 中：未知语言引擎 'cpp'（必须通过 knit_engines$set() 注册）。

这是一个简单的例子。

请注意，这里我不是在评估 C++ 代码，我认为这样可以解决问题，但这似乎还不够。

任何帮助将不胜感激。

我正在尝试应用几年前一位同事开发的用 C++ 编写的分层补偿模型。我正在尝试使用 TMB 包编译代码，然后将模型应用于我从 BLS 和内部数据库中提取的一些教育数据。

但是，当我在 TMB 中使用编译功能时，我在 R 版本 3.6.0 中运行时得到以下信息

我尝试使用带有编译的调试功能来查看导致此错误的原因 - 但我担心我的 R 知识太低而无法理解调试结果。

理想情况下，代码应该编译，然后我可以使用 dyn.load 加载模型，然后我开始使用 BLS 数据开始对随机学校样本进行测试。

我应该在调试代码中寻找什么以便修复这个编译错误？

提前感谢您的所有帮助。

我想在两个 tibco EMS 服务器之间创建一条路由。但我没有得到连接 ID。它说状态=未连接。

我做了以下更改：

任何人都可以帮助我理解..我错过了什么......

我正在尝试对取值从 0 到 0.7 的光合响应 (fvfm) 进行建模，我正在使用 beta 分布，因为我的通货膨胀率为零，并且我考虑了一个分散模型，因为我的值随着时间推移远离平均值，但是在运行这个模型时：

这出现了：

我添加了响应变量 0.001 的所有值，因此我不再有零通货膨胀并且模型有效。这是对的？？或者有什么方法可以在不添加 0.001 的情况下运行？谢谢！！问候弗兰

我在 R 中使用 TMB 包，我想使用R 风格分布中不可用的密度分布。

我应该如何包含它？我在文档中没有找到任何东西。

例如，我想使用我已经用 R 编写的 Simplex 分布：

它在simplexreg和Stan包中可用。

• 处理它的最佳方法是什么？（我想要一个包含此密度的外部文件，并从我正在编写日志可能性的文件中调用它）

我写这篇文章是为了在这个文件（simplex_reg.cpp）中实现一个单纯形回归：

但是，当我这样做时它会返回错误compile('simplex_reg.cpp', "-O0 -g")。当我使用gdbsource()如下它返回Program returned without errors：

我已经阅读了编译和运行时错误，但我不明白它是如何gdbsource工作的。

那么，如何将 debug/gdbsource 运行到“simplex_reg.cpp”文件中以找到我的错误？

提前致谢