我正在使用包含 C++ 代码的 knitr 编写文档。此代码将与 R 包 TMB 一起使用。我正在使用 .Rnw 文档。
我的主要问题是我不知道为代码块引擎指定什么。我已经阅读了一些关于非 R 语言的 knitr 设置的问题,但我的理解是 knitr 仅支持 Rcpp 而不是简单的 C++ 代码。另外,这里我想通过TMB编译C++代码。在理想情况下,我希望在编译 knitr 文档时在工作目录中创建 .cpp 文件,以便 TMB 之后可以访问它们。但是现在,当我编译 knitr 文档时,我收到以下警告:
在 get_engine(options$engine) 中:未知语言引擎 'cpp'(必须通过 knit_engines$set() 注册)。
这是一个简单的例子。
\documentclass{article}
\begin{document}
<<setup, include=FALSE>>=
library(knitr)
@
<<tmbcpp, eval=FALSE, tidy=FALSE, engine='cpp'>>=
#include <TMB.hpp>
template<class Type>
Type objective_function<Type>::operator() ()
{
DATA_MATRIX(y);
PARAMETER(logitGamma); // Autocorrelation
Type nll = 0.0;
return nll;
}
@
<<compileTMB, cache=TRUE, results="hide">>=
library(TMB)
compile("tmbcpp.cpp", flags="-Wno-unused-variable")
dyn.load(dynlib("tmbcpp"))
@
\end{document}
请注意,这里我不是在评估 C++ 代码,我认为这样可以解决问题,但这似乎还不够。
任何帮助将不胜感激。