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TMB 目标函数似乎定义在一个保存到<name>.cpp文件的功能块中。然后，在编译文件之后，通过使用命令加载来访问每个目标函数dyn.load(dynlib(<name>))。

.cpp是否可以在每个文件中存储多个目标函数？例如以下两个目标函数非常相似，但此时需要保存到不同的文件中：

// TMB Tutorial but with fixed variance
#include <TMB.hpp>                                // Links in the TMB libraries

template<class Type>
Type objective_function<Type>::operator() ()
{
    DATA_VECTOR(x);                                 // Data vector transmitted from R
    PARAMETER(mu);                                  // Parameter value transmitted from R
    Type sigma = 1.0;

    Type f;                                         // Declare the "objective function" (neg. log. likelihood)
    f = -sum(dnorm(x,mu,sigma,true));               // Use R-style call to normal density

    return f;
}

和

// TMB Tutorial
#include <TMB.hpp>                                // Links in the TMB libraries

template<class Type>
Type objective_function<Type>::operator() ()
{
    DATA_VECTOR(x);                                 // Data vector transmitted from R
    PARAMETER(mu);                                  // Parameter value transmitted from R
    PARAMETER(sigma);                               //                 

    Type f;                                         // Declare the "objective function" (neg. log. likelihood)
    f = -sum(dnorm(x,mu,sigma,true));               // Use R-style call to normal density

    return f;
}
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“map”参数MakeADFun()允许您将参数固定为特定值。

在这个例子中，我们只需要编译/加载后一个模板。首先，我们将模板写入文件，编译并加载生成的 DLL。

library(TMB)

file_conn <- file('test.cpp')

writeLines("
#include <TMB.hpp>                                

template<class Type>
Type objective_function<Type>::operator() ()
{
    DATA_VECTOR(x);                                 
    PARAMETER(mu);                                  
    PARAMETER(sigma);                               

    Type f;                                         
    f = -sum(dnorm(x,mu,sigma,true));               

    return f;
}
", file_conn)
close(file_conn)

compile('test.cpp')
dyn.load(dynlib('test'))

我们可以使用相同的 DLL 来拟合有和没有不同 sigma 的模型。

n <- 100
x <- rnorm(n = n, mean = 0, sd = 1) 

f1 <- MakeADFun(data = list(x = x),
               parameters = list(mu = 0, sigma = 1),
               DLL = 'test')

f2 <- MakeADFun(data = list(x = x),
                parameters = list(mu = 0, sigma = 1),
                DLL = 'test',
                map = list(sigma = factor(NA)))

opt1 <- do.call('optim', f1)
opt2 <- do.call('optim', f2)

使用“map”时，指定的参数（在这种情况下为 sigma）固定为“parameters”中给出的值。

优化后，我们进行完整性检查——mus 应该几乎相同。

> opt1$par
        mu      sigma 
0.08300554 1.07926521 
> opt2$par
        mu 
0.08300712

打开和关闭随机效果有点困难。此处给出了一个示例，您可以在其中CppAD::Variable()检查是否减少负对数似然。

对于不同的目标函数（不是彼此的子集），您可以将 a DATA_INTEGERor传递DATA_STRING到模板中，例如他们在 glmmTMB here中所做的那样，并根据 that 的值选择目标函数DATA_*。

于 2017-05-02T00:07:41.310 回答
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我只是想弄清楚@alexforrence 的意思

对于不同的目标函数（不是彼此的子集），您可以将 DATA_INTEGER 或 DATA_STRING 传递到模板中，例如他们在 glmmTMB 中所做的那样，并根据该 DATA_* 的值选择目标函数

事实证明，TMB github 上有一个涵盖此场景的代码片段，我在此复制：

#include <TMB.hpp>

template<class Type>
Type objective_function<Type>::operator() ()
{
  DATA_STRING(model_type);
  if (model_type == "model1") {
    #include "model1.h"
  } else
  if (model_type == "model2") {
    #include "model2.h"
  } else {
    error ("Unknown model type")
  }
  return 0;
}

也就是说，传入一个字符串，告诉目标函数选择哪个模型，然后将该函数的文本包含在单独的.h文件中。

于 2017-06-30T04:28:33.627 回答