问题标签 [sundials]

我试图在 Windows 7（64 位）机器上编译 Matlab 2014a 中的 .c 文件。编译器是一个 Mingw-w64 gcc：

然后它给了我一些错误：

首先，我很确定“sundials_nvecserial.lib”和“sundials_cvode.lib”在“C:/sundials/lib/”文件夹下，在 -L 选项后的命令中指示。

其次，我知道我的机器中没有 libm.lib。我需要该选项，因为 .c 文件“#include”。虽然我没有使用它，但我安装了 Visual Studio。我可以在其中找到“math.h”但找不到“libm.lib”。所以我想问题是，如何调整/避免 Windows 机器上的“-lm”选项。

先感谢您，

约翰

我有 2*m+3 个STIFF常微分方程要求解。我尝试使用 MATLAB ode15s for m=1 解决它，它工作正常。但我想使用 Sundials 包 CVODE 来求解方程。在尝试这样做时，我使用了“向后微分公式”和牛顿迭代。我不提供雅可比并允许以数字方式计算它。但它不起作用并显示错误：

1. 我相信 CVODE 使用与 ode15s 相同的反向微分。那为什么它不起作用？
2. 我应该尝试在 CVODE 中使用带有预处理的 Krylov 求解器吗？

期待任何帮助。谢谢你。

我正在尝试Rcpp使用使用外部库的代码构建一个 R 包。我之前曾在此处询问过如何在包中使用外部 C 库。我面临的问题是，只要我包含以下代码行

我收到错误

我没有收到该行的错误

所以，我认为与图书馆的连接工作正常。我还确认了函数声明N_VNewSerial()在nvector/nvector_serial.h如果你需要查看整个包代码，可以在这里

特定Rcpp文件的代码粘贴在下面

我不确定为什么代码报告undefined reference给同一个头文件中的一个函数而不是另一个函数，并且非常感谢理解解决此错误的任何帮助。

谢谢！

SN248

我有一些关于链接C/C++库的基本问题。我试图了解使用两种不同用法-L/usr/local/lib -lm用法和/usr/local/lib/libm.a用法的区别。例如，当我从[SUNDIALS] 库中编译和链接一个示例时，以下两项工作

或者

但是，要编译和链接库 中的示例[libsbml]，以下工作

但这不是

如果需要，我可以发布我得到的完整错误消息，但消息的最后一行如下

我的问题如下：

1. 在（第一个示例的）第二种链接样式中，没有关于在哪里找到include文件（头文件）的信息，编译器如何知道-I/usr/local/include第一个示例的第一种样式中提供的信息？

2. 在第一个示例的第二种样式中没有/usr/local/lib/libm.a（如果我尝试包含它，它实际上会给出一个libm.a无法找到的错误消息），那么为什么-lm第一种样式需要？

3. 如何以第二种风格（即使用/usr/local/lib/libsbml.a）编译第二个示例？我确实看到有文件 -libsbml.a并且libsbml-static.a在/usr/local/lib文件夹中，但它们都不起作用。

如果有帮助，我在OS X机器上。

如果有人能在这方面提供帮助，我将不胜感激。

只是一个更新-我试过了

并且编译和链接得很好。

谢谢 SN

干杯，

我正在尝试使用 Assimulo 2.9。在 Mac OS X 上。为此，我通过 cmake 下载并安装了日晷，方法是为下载文件创建 builddir 并运行 ../Downloads/sundials-2.7.0

这应该将所有内容安装在 /usr/local 中。执行此操作时，它不会给我任何错误警告。但是当我尝试在 python 中使用 assimulo 时，会出现以下错误消息：

有什么建议么？

非常感谢。

我正在尝试在 MATLAB 中模拟模型（使用日晷求解器），但出现以下错误：

CVODES returned -4 from module CVODES function CVode: At t = 0 and h = 1.3093e-009, the corrector convergence test failed repeatedly or with |h| = hmin.

我在互联网上找不到有关此错误的任何信息。

这个错误是什么意思？我怎样才能解决这个问题？

我正在尝试使用 Sundials ODE 求解器库来近似扩展多物种 Lotka-Volterra 竞争方程的动力学。例如在两个物种的情况下

dx1/dt = r1 * x1 * (1 - (x1 + a12 * x2))

dx2/dt = r2 * x2 * (1 - (x2 + a21 * x1))

或者...

d x /dt = r * x * (1 - A * x )

（其中 K = a11 = a22 = 1）

据我了解，日晷 ODE 求解器需要一个 ODE_vector 类的对象，其元素代表系统的各种状态变量，在本例中为 x1 和 x2，让求解器近似这两个物种的轨迹没有问题' 如果我将每个参数 (r1, r2, a12, a21) 编程为唯一对象，如下面的代码所示：

... 在哪里time_derivative，state是日晷班的成员ODE。

谁能告诉我如何修改代码以将 ODE 系统转换为矩阵形式，即 r1、r2、a12 和 a21 的形式为r和A？我被告知要使用“高级构造函数”（例如1）从 ODE_vector 转换为犰狳矢量/矩阵对象，但知道这一点是一回事，而要成功实现它又是另一回事！

谢谢！

我的 dropwizard 项目中有这个日晷任务：

我尝试在 Sceduler 任务中使用我的 DAO，我想按照日晷文档如何加载对象，但它似乎不起作用。在我的日晷任务中使用休眠项目的正确方法是什么？

谢谢

我正在尝试除 SciPy 的 odeint 之外的其他 ODE 求解器。我找到了一个可能的 scikits.odes 包。要求包括 C 和 FORTRAN 编译器（我下载了 MinGW-w64，没有问题）、LAPACK（下载、构建、测试，看起来不错）和 SUNDIALS（LAPACK 问题）。如果 SUNDIALS 中未启用 LAPACK，则安装和运行 scikits.odes.test() 将出现几个错误。任何可以帮助我解决这个问题的人。

在 Python 3.5.5 上安装 scikits.odes 并运行后：

我有以下输出：

根据https://scikits-odes.readthedocs.io/en/latest/installation.html#troubleshooting中的 scikits.odes 故障排除程序，这是由于 SUNDIALS 未链接到 LAPACK 造成的。

我按照https://icl.cs.utk.edu/lapack-for-windows/lapack/#build中描述的过程使用 MinGW-w64 进行了简单的 Windows LAPACK 构建。当我运行时：

在命令提示符下测试 LAPACK 构建它工作正常（所有测试都通过）。

要安装 SUNDIALS 2.7.0，我遵循类似的过程。使用 CMake 我选择源文件夹，我选择不同的构建文件夹，使用配置并选择 LAPACK_ENABLE。当我再次配置时，我收到以下错误。

CMake 错误：

顺便说一句，我是编程新手，我正在 Windows 10、Python 3.5.5、LAPACK 3.8.0、SUNDIALS 2.7.0、CMake 3.11.4 上尝试所有这些。

我需要在仅提供 MKL 作为 BLAS 和 LAPACK 支持的 Linux 集群上构建日晷（作为另一个 C/C++ 库的依赖项）。

据我所知，与其他版本不同，MKL BLAS 和 LAPACK 包装器在链接时不是自包含的，但也需要链接到 MKL 核心和/或其他库。

那么我如何（如果有的话）告诉 CMake 为了成功构建日晷要包括什么？使用像这样的标志是否可能和安全

什么是正确的语法？