问题标签 [semplot]

我正在使用以下代码semPlot::semPaths来绘制lavaan模型（完整的可重现代码在此 Gist 中）。

以下是semPaths输出：

如您所见，最后四个清单变量中有奇怪的水平线。我怎样才能删除它们？（为什么会这样？）

提前致谢！

更新：

如果保存为 PDF（通过添加 arguments filetype = "pdf", filename = "x"）到函数，情况也是如此：

更新：这个问题似乎是 Mac 独有的

semPlot 的安装似乎很顺利，但是当我调用库时，它会抛出一个关于未找到包“glasso”的错误。当我尝试使用 semPath 时，它说找不到该函数。

无数次重启了RStudio。R 和我的电脑一样是最新的（MacOS Mojave 版本 10.14.6）。

我在较早的帖子中尝试了有关重新启动 RStudio，然后再次安装并安装 XML 的解决方案，但这也不起作用。我包含了依赖项参数以确保它已完全安装，尽管我认为这与它没有任何关系。代码如下，包括会话信息。

输出如下：

我是新手，semPlots但找到了一种使用自定义布局以我想要的方式组织变量的方法sempathmatrix。变量的布局很好，可能需要稍微调整一下，但我希望向量是弯曲的。使用曲线、曲率或其他与曲线相关的参数对自定义布局没有任何作用。

关于如何使用自定义布局在此 semplot 中获取弯曲向量的任何想法？

我尝试添加curveorcurvature和curveAdjacent参数，但没有一个对我的sempathmatrix布局做任何事情。如果我切换回树或树 2，曲线就会出现。似乎无法弄清楚。

符号图：

我正在尝试向（semPlot 1.1.2）提供一个 lavaan.mi 对象（使用runMI()semTools 0.5-2 的 SEM 建模多重估算数据。 ）。semPaths()这样做会返回错误：

这在GitHub 上被标记为“问题” ，但我将不胜感激建议的解决方法。这是一个例子：

我用 sem 拟合了一个结构方程模型，现在我试图用 semPaths 可视化模型：

semPaths(fit1b_rh, "path", "stand",layout="tree", edge.color = "black", residuals = FALSE, layoutSplit = TRUE, subRes = 360, asize = 1 , sizeMan = 15,sizeMan2 = 4, sizeLat = 18, sizeLat2 = 7,rescale= TRUE, edge.width=TRUE, asize = 3, label.scale = TRUE,font = 7, label.prop= .7, overlap = FALSE, nodeLabels = c("HC", "HE","caudalACC","rostralACC","caudalmidfront","parsorb","parstri","rostralmidfront","supfront","age", "sex", "BMI", "suptemp","midtemp","age x HC","age x HE","intemp" , "bankssts","fusiform", "Chronic Stress","ACC","FrontLobe","TempLobe","Interaction stress x age"))

到目前为止它工作正常，但是我的潜在变量的节点以及指标变量的一些节点保持重叠。Sacha Epskamp 建议尝试 Fruchterman Reingold 算法（布局？）https://github.com/SachaEpskamp/qgraph/issues/5#issuecomment-260288621，但我不确定如何在我的代码中实现它，只需更改布局即可不行。

我将 lavaan 用于我的 sem 模型，但在表示最终路径图时遇到了麻烦。基本上，我希望在图表中间有中介变量（能力），即通过教育切换位置。为了更好地理解，我附上了获得的图表和相关代码：

关于如何转换能力（abl）和教育（edc）的位置的任何想法？谢谢

我将 R 升级到 3.6.2 版，发现包 semPlot 不起作用。它安装没有任何问题，但是当我尝试加载它时，我收到消息，

错误：loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) 中的 'semPlot' 的包或命名空间加载失败：没有包叫'ggm'</p>

然后我尝试安装 ggm 但收到以下警告和错误：

install.packages 中的警告：依赖关系“图表”不可用

有一个可用的二进制版本，但源版本更高：binary source needs_compilation ggm 2.3 2.5 FALSE 安装源包 'ggm' 尝试 URL ' https://cran.rstudio.com/src/contrib/ggm_2.5.tar。 gz ' 内容类型 'application/x-gzip' 长度 109414 字节 (106 KB) 已下载 106 KB

错误：依赖 'graph' 不适用于包 'ggm' 删除 '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/ggm' install.packages 中的警告：安装包 'ggm' 没有零退出状态”

然后我尝试安装图形，但它说：

包 'graph' 不可用（对于 R 版本 3.6.2）。

我想知道是否有其他人遇到过这个问题，并且有任何解决方案以便我可以使用 R 3.6.2 加载 semPlot？

非常感谢。

我在成功安装r 包“ semPlot ”时遇到了问题Rstudio 1.2.5033

每次我尝试安装semplot软件包时，都会出现以下错误。

错误：loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) 中的 'semPlot' 的包或命名空间加载失败：没有包称为“数据表”</p>

我已经尝试安装被调用不存在的包（在上述情况下为' data.table'），但我已经这样做了 5 或 6 次，并且感觉连续这个过程很疯狂。

或者，如果semPlot包（用于semPaths函数）继续此过程，是否有任何替代方法可以从 SEM 中查看路径图？

我正在使用 semPaths（semPlot 包）来绘制我的结构方程模型。经过反复试验，我有了一个很好的脚本来展示我想要的东西。除了，我无法弄清楚如何在图中包含估计/回归系数的 p 值/显着性水平。

我可以/如何将显着性水平包括在估计值下方的边缘标签中的 p 值或作为不显着性的虚线或......？我也有兴趣包括 R 方，但不如显着性水平那么重要。

这是我目前使用的脚本：

SemPath 输出之一的示例

在此示例中，以下内容并不重要：

• Ignavibacteria -> First_C_CO2_ugC_gC_day，p = 0.096
• pH -> Ignavibacteria，p = 0.151
• cand_class_MB_A2_108 <-> 杆菌相关性，p = 0.054

我是一个 R 用户，而不是真正的编码员，所以我可能只是错过了论点中的一个关键点。

我目前正在测试很多不同的模型，并且真的不想手动绘制它们。

更新：使用 semPlotModel：我理解 semPlotModel 不包括 sem 函数的显着性水平是否正确（请参阅下面的脚本和输出）？我特别希望将 P(>|z|) 包括在回归和协方差中。只是我缺少那个，还是不包括在内？如果不包括在内，我的解决方案只是自定义边缘标签。

输出：

我一直在尝试使用 LAVAAN，这意味着我需要先设置“semPlot”。但是，当我尝试install.packages("semPlot")收到此消息时：

我试过install.packages("XML")但收到package ‘XML’ is not available (for R version 3.5.2)我的版本是 1.1.463，所以我不确定发生了什么。

当我尝试召唤时，library(semPlot)我收到此错误消息：

谁能帮我解开这个谜语？非常感谢您的任何建议！