问题标签 [rcppparallel]

我正在更新一个需要 C++ 编译的 CRAN 包。CRAN 禁止std::cout <<但允许Rcpp::Rcout <<。然而，后者在多线程环境中使程序崩溃。我正在使用RcppParallel多线程。Rcpp除了and之外，是否有其他选择而不导入新的 R 包RcppParallel？

谢谢！

解决方案：放入Rcpp::Rcout << ...锁定tbb::spin_mutex范围。

我想unif_rand()在多线程环境中植入 R 的内部。下面的代码在 2 个线程内生成一个 2 列的均匀随机数矩阵。结果很有趣。

结果表明set.seed()控制小样本量的所有线程的随机性？最初我希望set.seed()在不超过 1 个线程中有效。我不想利用这个结论，因为它可能是绝对错误的。另一方面，是否有unif_rand()类似于std::srand()for的播种功能std::rand()？

谢谢！

我假设，或者更确切地说希望，我有一个单一的可解决问题，或者可能有许多较小的问题，应该放弃。无论哪种方式，我对 Rcpp 都比较陌生，并且对并行计算非常不了解，并且无法在线找到解决方案。

问题通常是，R 或 R 中的“致命错误”卡在一个循环中，比如 10 次迭代需要 5 分钟，而粗略地说，非并行版本将同时进行 5K 次迭代。

由于这个算法适合一个更大的项目，我调用了其他几个函数，这些都在 Rcpp 中，我只用“arma”对象重写了它们，因为这似乎可以帮助其他人，在这里。我还使用我在 Rcpp 中编写的“热图”优化器运行了优化部分，再次只在“arma”中没有改进 - 我还应该指出这返回为“arma::vec”。

所以我写回了我的“热算法”来解决优化问题，这完全是在 Rcpp-armadillo 中，当约束被写入优化器时，这大大简化了代码。此外，我删除了随机化，所以它只需要解决相同的优化；只是看看这是否是唯一的问题。毫无疑问，我仍然有同样的“致命错误”。

因为这里是代码：

我一直在构建一个运行 RcppParallel 并从 cpp 并行调用 nloptr 的 r 包。目前，由于找不到“nloptrAPI.h”文件，该包将无法构建。

构建日志输出： * 检查 R 代码中的依赖关系... 注意 Imports 字段中的命名空间不是从以下位置导入的：'RcppArmadillo''nloptr'</p>

我的问题是是否有一个简单的解决方法。或者，如果我必须重写函数以从 cpp 版本调用“nlopt”并将“makevars”文件添加到包中。

src 仅包含我编写的函数和生成的 RcppExports。

我想在 RcppPrallel 工作者中使用线程安全函数指针。但是我已经对这个小例子有疑问了。无论我是在包中使用它并添加SystemRequirements: C++11到说明文件中，还是在标准 cpp 文件中使用它并添加// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]我都会得到相同的错误：'shared_ptr' is not a member of 'std'。谁能帮帮我吗？谢谢！

系统信息：

我知道我遇到的问题是线程安全问题。因为我现在拥有的代码将使用“seThreadOptions(1)”执行。我的问题是什么是克服这个问题的好习惯。

我知道这一点：带有 Rcpp 和 RcppParallel via std::shared_ptr 的线程安全函数指针将以某种方式发挥作用。而且我也一直在思考/尝试将内部功能作为并行工作者结构的一部分。实际上，我正在调用两个内部函数，我希望一个是可变的，另一个是恒定的，这让我倾向于认为我需要 2 个解决方案。

错误是 rstudio 中的 R 会话崩溃。这里有两件事需要注意： 1. 如果我设置线程选项（1），它运行良好。2. 如果我将“myfunc”移动到主 cpp 文件并简单地调用“myfunc”，这也可以正常运行。

下面是一个详细的例子：

第一个cpp文件：

二、cpp文件：

Makevars，因为我使用的是 Macintosh：

和命名空间：

我有一个 R 列表，我将其转换为 Rcpp 中的向量向量。现在我想使用 RcppParallel 来使用多个内核。我可以将这样的向量列表或向量传递给类似于 IntegerMatrix 或 IntegerVectors 的 RcppParallel 吗？

这个问题是通过win-builder-r在windows上测试我的R（RcppParallel）包引起的，至于我的mac没有问题。

"error: 'mt19937' is not a member of 'std'"

此外，此错误首先出现：

D:/Compiler/gcc-4.9.3/mingw_32/i686-w64-mingw32/include/c++/bits/c++0x_warning.h:32:2: error: #error 此文件需要编译器和库支持 ISO C++ 2011 标准。此支持目前是实验性的，必须使用 -std=c++11 或 -std=gnu++11 编译器选项启用。

可以从这个较早的帖子中找到一个最小的例子，使用最后一个：在公共工作者中调用'mypackage'函数

我正在尝试使用 RcppParallel 并行化（大）向量的添加。这就是我想出的。

它似乎可以工作，但不能加快速度（至少在 4 核机器上不行）。

这可以更有效地实施吗？

非常感谢提前，

mce

foreach我正在尝试使用该包将一个函数应用于 r 中的多个组/ID 。使用并行处理 via 需要永远运行%dopar%，所以我想知道是否可以在via或其他包中运行applyor for 循环部分以使其更快。我不熟悉或其他可以做到这一点的软件包，所以我希望了解这是否可能。示例代码如下。我的实际功能更长，有超过 20 个输入，运行时间比我发布的还要长c++rcppc++

我很感激帮助。

编辑： 我意识到我最初的问题很模糊，所以我会努力做得更好。我有一个按组包含时间序列数据的表。每个组有 > 10K 行。我在c++viarcpp中编写了一个函数，该函数按组过滤表并应用一个函数。我想遍历独特的组并像rbind使用一样组合结果，rcpp以便它运行得更快。请参阅下面的示例代码（我的实际功能更长）

提前致谢。