问题标签 [rcpparmadillo]

我已经通过 SSH 连接到 EMR 集群的主节点，并且正在尝试安装 RcppArmadillo 库。

我的配置是 -

这是 sessionInfo()

当我运行这个命令时，

它返回以下错误

我想安装它，因为我想安装 ChannelAttribution 库，而这个库依赖于 RcppArmadillo。（链接 - https://cran.r-project.org/web/packages/ChannelAttribution/index.html）

我正在向 biocondutor 提交一个 R 包，其中包含一些 RcppArmadillo 代码。我从一个平台收到了一些关于 uword 和 int 之间操作的投诉。下面，drop_bin(0) 是 uword，bin_number 是整数。当我将 uword 与整数进行比较时会发生此错误。但是，当我在我的 mac osx 中运行它时，我根本看不到错误。有没有办法绕过它？谢谢。

在构建我的包的过程中，我遇到了以下问题。我试图寻找解决方案但没有成功。为了使错误可重现，我提供了一个可以生成相同错误的最小包。

我启动了一个名为 mypkg 的包，然后使用usethis::use_rcppand usethis::use_rcpp_armadillo. 之后，我在 \src 文件夹中添加以下脚本（从互联网复制）

之后，我添加了一个 R shell 来使用 Roxygen 导出函数。到目前为止，该包可以成功记录和构建。然后我继续使用添加 Rstan 的功能rstantools::use_rstan，并按照Step by step guide 中的步骤创建依赖于 Rstan 的包，并按照说明创建 lm.stan 和 lm_stan.R。然后我再次构建了包，但它抛出了一个错误。下面是执行结果 .Last.error.trace

谁能提出问题是什么？这是我的makevars文件

但是，当我按照指南的步骤仅使用 Rstan 创建一个包时，它可以成功构建，但当我还想使用 RcppArmadillo 时则不行。

非常感谢您的热心帮助！！

我正在尝试为课程安装包 rugarch。

我正在使用 MacOS Mojave 10.14.6 (18G3020)。

我正在使用 RStudio：R 版本 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray" 版权所有 (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing

平台：x86_64-apple-darwin15.6.0（64位）

我搜索的大多数论坛都报告了对 Xquartz 的需求，但我已经安装了它。我也搜索了 https://thecoatlessprofessor.com/programming/cpp/r-compiler-tools-for-rcpp-on-macos-before-r-3.6.0/

想知道接下来要尝试什么。我认为问题与我的文件路径有关，这可能是由于安装 clang4 和 clang6 而造成的？......下面的错误消息涉及编译器问题：'make: *** [RcppArmadillo. o] 错误 127'。谢谢你的帮助！

我在最新版本的 Rstudio (1.3.959) 和 R (4.0.0) 下用 RcppArmadillo 制作一个包。

考虑以下最小示例，它创建包anRpackage：

在这个包中设置工作目录，我通过以下方式加载它：

然后可以执行基本函数rcpparma_hello_world()：

• 我现在想通过终端命令使用 lldb 调试代码，以便在 通过命令执行期间检查变量值。R -d lldbframe variable

实际上，问题在于大多数变量不可用：

• 我在上一个链接中阅读了以下建议：

在尝试调试此类问题时，您也可以考虑生成所谓的“调试”构建，并降低优化。对于构建 R 包，这实际上相当于CXXFLAGS=-g -O0您的~/.R/Makevars文件中的内容）

• 我已经尝试过了，但是在使用的编译标志下似乎没有效果，因为我的包中有一个本地文件Makevars来指定使用 RcppArdimillo 编译的方式，其标志是：

然后，该命令devtools::load_all()生成下面给出的行命令编译，其中确实-g -O2进行了一些代码优化：

问题：如何在调试模式下访问变量？

谢谢

Rcpp::sourceCpp('~/Desktop/my.cpp')

正在处理一些独立的 Rcpparmadillo 文件并遇到此错误：

示例“my.cpp”：

我最近升级到 RcppArmadillo 版本 0.9.900.1.0，我在 macOS Catalina 10.15.5 和 R 版本 3.6.1 上。这似乎不寻常，因为我仍然可以使用 RcppArmadillo 构建一个包，无论如何我找到了一些解决方案，我将在下面发布以防其他人有同样的问题。

让我提供一些上下文，因为我不确定是否过度或简化了问题。存在并行工作者，它们执行一系列引导程序，每个工作者都有自己的 RNG，std::mt19937 mersene twister。我想为每个优化引导程序的 Nelder-Mead Simplex 添加一些随机化。问题是如何将RNG从worker传递给函数。下面的示例没有并行化，因为我认为它与我的问题无关。

我有一个函数，它以向量作为输入并输出一个标量，我想将此函数应用于多个观察值。数据结构为矩阵（行是观察数，列是变量），函数是：

到a 的每一行向量arma::mat X。我将如何有效地做到这一点？一个循环遍历 X 行还是有更好的解决方案？我使用 R 的时间最多，并且真的习惯于尽可能避免循环。我尝试了.each_row()操作，但没有运气...

我需要计算存储在 RcppArmadillo 立方体中的矩阵数组的奇异值分解 (SVD)。我想为每个矩阵并行执行 SVD，并希望在通过 OpenBLAS 计算 SVD 时启用多线程。为此，我使用以下 Cpp 脚本：

现在，在通过 sourceCpp 从 R 编译此 Cpp 文件之前，我使用以下脚本设置 OpenMP 和 OpenBLAS 线程的数量：

我必须将 nblas 和 nomp 中的任何一个设置为 1。否则我会收到消息

我怎样才能在这个确切的问题中进行这种嵌套并行化？我阅读了一些关于嵌套并行化的材料，但不知道如何在我的情况下做到这一点。