问题标签 [r-inla]

我有一个包含linestrings描述巴西城市之间连接的 shapefile。我想将这些连接转换为将城市代码设置为行名的邻域对象，使其与我的数据框兼容：

因此，行名称将设置为origin_code，而邻居将dest_code在列表中设置为，反之亦然（最终这将更改为我创建的索引，但这会使事情更容易检查）。本质上，我需要linestring以下用于多边形的代码的等效项：

（shp是一个由多边形组成的 shapefile，并且该index变量同时存在于 shapefile 和数据框中）。

到目前为止，我已经使用sfnetworksandigraph包创建了一个邻域对象，但还不能将索引值附加到行名：

默认情况下，该函数as_sfnetwork为网络中的每个节点分配一个数字（在边缘数据中，这些是变量 'from' 和 'to' 并且不能使用 mutate 进行更改）：

然后，这些值在使用和nb创建的对象的下一步中用作行名称。有谁知道如何附加我自己的索引甚至提取已创建的索引，以便我可以使其与数据框保持一致？我试图创建一个采用/和/但它们不匹配的转换表，该值是两个索引中的最低值，因此并不总是我数据中的来源。as_adjacency_matrixmat2listwfromorigin_codetodest_codefrom

更难的是，比预期多 57 个节点，我不知道为什么会发生这种情况。我检查了重复项，它们在数据中具有相同的坐标和代码/名称，但使用不同的索引号单独处理。

总之，我想将线串对象转换为可用于 INLA 模型的邻域对象，在该模型中，由线连接的城市被视为邻居。我需要为这些城市附加一个索引，以便邻域对象将索引设置为行名，并且它可以与模型中的数据结合。希望这是有道理的，如果没有，请告诉我！

当我运行不同的函数时，我遇到了调用错误函数的问题。我试图在 R 中整理一些空间映射并安装maps包。现在我改变了轨道并运行了一段不同的代码来计算几个随机效应的比例方差。我正在运行 INLA 模型并使用 1.4.1103 版的 Rstudio。

我尝试运行的函数是ggregplot包中的 INLARep（请参阅下面的两个函数示例和我收到的错误消息）。问题似乎是正在调用其中一个地图函数。

有谁知道是什么原因造成的以及可能如何解决它？我以前从未有过这种情况，在这里也找不到类似的东西。所有输入仍然正确，我已经卸载了地图包和相关功能。如果我在新脚本中重写代码，问题仍然存在。我想在重新启动所有内容之前在这里问一下，因为重新运行很耗时，如果这是一个简单的修复，我宁愿避免这种情况。谢谢！

Does anyone know if it is possible to fit a "logistic Gaussian process regression model" with INLA?

该模型可以在以下链接中找到：

https://mc-stan.org/docs/2_19/stan-users-guide/fit-gp-section.html

它只是通过用 GP 替换预测变量线性效应来使 Logistic 回归非线性来工作。使用 MCMC 拟合它在计算上很困难，所以我想知道是否可以使用 INLA 拟合它。

我正在使用 INLA 运行贝叶斯模型。几个月前它运行良好。今天我再次运行此错误：有效对象（.Object）中的错误：无效类“dsparseModelMatrix”对象：超类“Mnumeric”未在对象类的环境中定义

我的代码是：

数据的str是：

在 x86_64-pc-linux-gnu、
arch x86_64
os linux-gnu上运行

R 版本 3.6.3
2020 年

'INLA' 版本 21.02.23

任何帮助！

我正在尝试在基于 Linux 的计算集群上安装R-INLA 项目INLA的包。该软件包不在 CRAN 上。根据他们的教程，使用就足够了

用于安装，在我的本地机器上运行良好。但是，在计算集群上，运行此命令似乎需要 CRAN 镜像，我收到以下错误：

作为替代方案，我尝试使用devtools. 出于某种原因，这给了我明显不正确的版本号INLA_99.99.9999。这禁止我手动添加必要的二进制文件，INLA:::inla.binary.install()因为找不到版本号。任何帮助表示赞赏！

我有一个二元响应变量 (0/1) 和一个以 0-1 比例连续分布的预测变量。数据中存在显着的空间自相关，因此我正在运行一个 INLA 模型来解释这一点。我创建了一个可重现的示例，它也反映了我的点的空间分布，但我是 INLA 的新手，我认为我的空间项模型公式并不完全正确。

在我的模型中，我的反应是cb，我的自变量（预测变量）是oldr。

在我的模型示例中，我从没有空间自相关项的 INLA 模型开始。代码的第二部分说明了我希望构建的最终模型。

普通 INLA 模型（不考虑空间自相关）：

具有空间自相关项的 INLA 模型：

我尝试使用R语言包INLA中的非高斯模型来预测时间序列的数据，但是遇到了如下问题：

1. 该模型只有在原始数据是整数的情况下才能工作，而在数据有小数点的情况下则不行；
2. 2018年至2030年的预测趋势与2003年至2018年的历史数据有较大差异。（如图1所示）

我是贝叶斯模型和 R 语言的新手。不知道是不是型号不合适还是代码输入错误造成的

请帮我指出问题。谢谢！！

这是我的代码：

这是我的原始数据

数量 53.62 55.828 58.536 61.244 63.952 65.42 69.368 72.076 74.784 77.492 81.18 82.908 85.616 88.324 91.032 93.5

年份 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018

我在使用R-INLA包中的函数的 R 中运行代码时遇到问题。例如，每次我尝试运行一个函数时inla.mesh.2d，我都会收到以下错误消息：

Error in inla.call.builtin() : INLA installation error; no such file

我尝试在 R 中删除并重新安装 INLA 并更新软件包，但我仍然收到此消息。有谁知道我要去哪里错了？

谢谢！

我最近使用我机器上的 inla.update 更新了 INLA。现在，每次我尝试从包中运行一个函数时，例如 inla.mesh.2d，我都会收到以下错误： inla.call.builtin() 中的错误：INLA 安装错误；没有这样的文件 我尝试在其测试版和稳定版中卸载并重新安装 INLA 包，但它仍然无法正常工作。我将粘贴在 sessionInfo() 的输出下方：

谢谢你！

希望这个例子说明了我正在尝试做的事情。

我对切换详细TRUE和FALSE.

我尝试捕获详细的输出。它出现在我的控制台中，但未被捕获。test并且test2看起来相同。

一些系统信息

一些 R 版本信息