我之前曾将 INLA 与 SpatialPolygonsDataFrame 一起使用过，但我从未将它与光栅一起使用过。我已经在互联网上搜索了好几个小时，阅读了小插图和我能找到的所有内容，但仍然无法弄清楚如何将 INLA 与光栅一起使用。下面只是我的数据的一个简单示例：

于是，我就站在你们面前，以这种方式乞求怜悯和帮助。

R-INLA模型超参数具有似乎用于在不同参数化之间进行转换的功能to.theta。from.theta使用这些转换函数会很方便，但如何做到这一点呢？

示例ar1

从ar1文档（http://www.math.ntnu.no/inla/r-inla.org/doc/latent/ar1.pdf）：

参数 rho 表示为 theta_2 = log((1 + rho)/(1 - rho))

再往下hyper，theta2我们有to.theta 'function(x) log((1+x)/(1-x))'。如果我们可以使用它在 rho 和 theta_2 之间进行转换，那就太好了。

让我们尝试使用一个示例

运行良好。我们可以这样使用to.theta吗？

所以我们不能这样使用它。有没有另一种方法来指定formula.to.theta它会起作用？

我正在使用 R-INLA 运行以下模型（Treatment、Animal.1 和 Animal.2 是因子，Encounter.Length 是连续的）：

但是，运行此代码后，我收到以下错误消息：

inla（公式，数据 = inla.dat）中的错误：在 f（Animal.1）中：“协变量”必须匹配“值”，并且两者都必须是“数字”或“因子”/“字符”。

我是使用 INLA 的新手，想知道此错误消息的含义以及如何修复它。

我正在尝试从bayesplot一个对象的包中实现函数，INLA并且有点不确定如何从后验预测分布中提取。我想我几乎拥有它，但rstan 平局比平局更具可INLA变性。

在rstan中，使用bayesplot 小插图中的简化示例，我可以：

我想在一个INLA对象上复制该图。根据bayesplot小插图，您可以这样做，因为他们提供了代码来定义一个简单的pp_check方法来创建类的拟合模型对象，例如foo：

要使用pp_check.foo，我们可以用y和yrep组件创建一个列表，并给它类 foo：

英拉

inla_object_name$marginals.fitted.values返回每个 的后验预测分布y：

我认为从这个重复采样会给我我需要的东西，但只有 75 个值（dim(fitted.Predictor.1)每个观察值用于创建这个分布，而实际上我想从全范围的值中采样。我认为我们可以做到这一点（部分4.3这里）通过inla.tmarginal使用线性预测器：

我的问题是我如何正确地从这个inla( fit_poisson_inla) 对象的后验预测分布中获取一个绘制矩阵以传递到pp_check？ yrep_poisson产生离散值，同时yrep_poisson_inla产生连续值。rstan平局的变化比INLA（第二个情节）要多得多。我所做的是否正确，这只是一些抽样问题，还是不同方法的产物？在更复杂的示例中，差异可能很大。

谢谢

我的 Shiny 应用程序遇到了部署问题。我正在使用一个名为 R-INLA 的非 CRAN 包。它可以从这里安装：

我从部署选项卡收到的错误消息是：

在线和通过同事建议我将 INLA 存储库添加到我的 .Rprofile 中，以便在部署时直接从那里下载：

不幸的是，它没有奏效！任何帮助/指导都会非常有帮助。

如果您需要更多信息，请告诉我。我在运行 R 4.03 的 Mac 上和 RStudio 1.4.1103 预览版上。_
platform x86_64-apple-darwin17.0
arch x86_64
os darwin17.0
system x86_64, darwin17.0
status
major 4
minor 0.3
year 2020
month 10
day 10
svn rev 79318
language R
version.string R version 4.0.3 (2020-10- 10) 昵称 Bunny-Wunnies Freak Out

谢谢！

乔纳森

我对 R 比较陌生。我正在尝试使用来自 Stata 的 dta 文件在 R 中拟合 CAR 模型。我正在使用 INLA 包（我也尝试过使用 BayesX）。

这是我的代码：

我一直遇到这个错误：

我有个问题。我正在写我的硕士论文，对于我的研究问题，我必须使用 R-INLA。我尝试多次安装 INLA-Package，但出现错误并且无法正常工作。

https://www.r-inla.org/download-install 当我尝试像链接中显示的那样安装 INLA 时，它不起作用。我收到一些警告，例如

“依赖关系 'graph'、'Rgraphviz' 不可用”或者，第二个示例：“警告 (...) 文件链接 "CRS"/"CRSargs" 在包 "sp"/"rgdal" 中不存在"

我该如何处理？我能做些什么来解决这个问题？我别无选择，我的教授希望我在论文中使用 R-INLA。我希望有人可以帮助我，我很绝望，尝试了很多但问题仍然存在。谢谢你！

当我运行 '''install.packages("INLA", repos=c(getOption("repos"), INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/testing"), dep= TRUE)''' 让我给出这个错误：

install.packages 中的警告：无法打开 URL 'https://inla.r-inla-download.org/R/testing/bin/macosx/contrib/4.0/INLA_21.03.14-2.tgz'：HTTP 状态为 '404未找到'

谁能帮我理解？

执行代码时：

我收到以下错误：

我已经尝试更新 RStudio，以及安装所有包更新。有人对下一步尝试什么有建议吗？

我正在使用 R-INLA 创建物种分布模型，并且我想使用我在 ArcPro 中创建的 shapefile(.shp) 作为空间网格中的障碍。为此，我认为 shapefile 必须采用“SpatialPolygons”格式。

当我使用 st_read() 读取 shapefile（由 6 个多边形组成）时，它被导入为 SpatialPolygonsDataFrame（参见附图）。

此外，我尝试使用 worldhire 获取 shapefile，对其进行细化并尝试删除所有额外的小岛，但网格无法在 INLA 上运行。

长话短说，有没有：a）我可以将 .shp 文件作为 SpatialPolygons 对象导入的方法（它是否需要为每个多边形提供单独的 shapefile，还是需要不同的函数）？b) 我可以将 SpatialPolygonsDataFrame 对象转换为 SpatialPolygons 对象的方法吗？c) 在 R-INLA 中构建空间自相关网格时使用 SpatialPolygonsDataFrame 对象？

感谢您提供的任何建议，如果我可以提供更多信息，请告诉我

链接到使用 plot() 函数绘制的 shapefile 图像

链接到 SpatialPolygonsDataFrame 的图像