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R-INLA模型超参数具有似乎用于在不同参数化之间进行转换的功能to.theta。from.theta使用这些转换函数会很方便，但如何做到这一点呢？

示例ar1

从ar1文档（http://www.math.ntnu.no/inla/r-inla.org/doc/latent/ar1.pdf）：

参数 rho 表示为 theta_2 = log((1 + rho)/(1 - rho))

再往下hyper，theta2我们有to.theta 'function(x) log((1+x)/(1-x))'。如果我们可以使用它在 rho 和 theta_2 之间进行转换，那就太好了。

让我们尝试使用一个示例

library(INLA)
# Example from ar1 documentation (http://www.math.ntnu.no/inla/r-inla.org/doc/latent/ar1.pdf)

#simulate data
n = 100
rho = 0.8
prec = 10
## note that the marginal precision would be
marg.prec = prec * (1-rho^2)
E=sample(c(5,4,10,12),size=n,replace=T)
eta = as.vector(arima.sim(list(order = c(1,0,0), ar = rho), n = n,sd=sqrt(1/prec)))
y=rpois(n,E*exp(eta))
data = list(y=y, z=1:n, E=E)
## fit the model
formula = y~f(z,model="ar1")
result = inla(formula,family="poisson", data = data, E=E)

运行良好。我们可以这样使用to.theta吗？

formula.to.theta = y~f(z,model="ar1", 
                       hyper = list(rho = list(initial = to.theta(0.25))))
result = inla(formula.to.theta,family="poisson", data = data, E=E)
# Error in to.theta(0.25) : could not find function "to.theta"

所以我们不能这样使用它。有没有另一种方法来指定formula.to.theta它会起作用？

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1 回答 1

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很确定你的问题的答案是“不”。文档是说，不是包中有这些名称的函数，而是hyper超参数元素将具有这些名称的函数，这些名称具有文档中给出的值。没有理由认为将这些名称粘贴后formula.会产生有意义的功能。以下是如何from.theta在特定调用f-function 的环境中检查 的值：

library(INLA)
eval( f(z, model = "ar1") )$hyper$theta3$from.theta
===== result ========
function (x) 
x
<environment: 0x7fdda6214040>
attr(,"inla.read.only")
[1] TRUE

f( , "ar1") 的结果实际上有三个theta'，每个都有一个 to 和 from 函数。您可能正在尝试更改hyper$thetax$param不具有attr(,"inla.read.only")值的值TRUE。

执行此操作可能会提供更多信息：

eval( f(z, model = "ar1") )$hyper
于 2018-01-04T01:02:04.377 回答