问题标签 [qsub]

我在使用 QSub 将变量传递给 Bash 脚本时遇到问题。

假设我有一个名为 example 的 Bash 脚本。示例格式如下：

因此，在终端上执行“bash example.sh 这是一个测试”（我使用的是 Ubuntu 12.04.3 LTS，如果有帮助的话）会产生输出“这是一个测试”。

但是，当我输入“qsub -v this,is,a,test example.sh”时，我没有得到任何输出。我检查了 QSub 生成的输出文件，但找不到“这是一个测试”这一行。

任何帮助，将不胜感激。

谢谢你。

是否可以在 PBS 文件中的 for 循环中进行并行化？

下面是我的尝试.pbs 文件。我想分配 4 个节点并同时为每个节点分配 16 个进程。我已经成功完成了这项工作，但现在我有 4 个工作，我想向每个节点发送一个工作。（我需要这样做，因为排队算法会让我等待几天在我正在使用的集群上提交 4 个单独的作业）

这些作业独立运行，不使用相同的数据。我可以从同一个 pbs 脚本为每个节点运行 1 个作业吗？

谢谢你。

我是使用超级计算集群的众多人中的一员。如果我qdel all在Ubuntu终端打电话，它会杀死每个人的工作还是只杀死我的工作？

我必须在具有 20 个节点的集群中的特定节点上运行代码。集群在 Cent OS 上运行。我正在从 ubuntu 12.04 建立 ssh 连接。我必须运行一个名为 training.py 的 python 脚本。安装了多个版本的python（2.4、2.7、3.2）。作为一个linux新手，我有以下疑问：

对于 qrsh 命令：

1. 如何选择特定节点来运行我的代码？
2. 如果系统默认运行 2.4，如何选择 python 版本 2.7。

对于 qsub 命令

1. 如何使用脚本提交作业。我是脚本新手。请推荐一个教程。但就目前而言，将 training.py 放入队列的简单脚本将非常有帮助。
2. 在脚本中我不得不提到要运行的 python 版本。
3. 我想设计一个实验，当不同的值被传递给training.py时，依次多次调用parameters.py和training.py。我怎样才能做到这一点 ？

提前致谢 ？

通常我会同时提交 200 个左右的工作，并被我想念少数失败的消息及其相关消息qsub所淹没'completed successfully''failed'

我使用什么命令来检索已提交的所有失败作业的列表？

我想在 bash for 循环中编译一个程序。当我从命令行运行程序时，它会编译，但是当我使用 qsub 时，它不会编译。

有什么我想念的吗？

问候，

约翰

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我正在尝试运行一个名为through的R脚本。我的脚本如下：test.rqsubR

如果在 Ubuntu 终端中输入R CMD BATCH test.r，则脚本按计划运行；test.csv在同一目录中导出。

但是，如果我创建一个名为并通过命令运行它的bash脚本；它会运行没有错误，但输出不会存在。testbash.shqsub testbash.sh

如何解决这个问题？

我使用 SUN 的 SGE 将我的作业提交到集群系统中。问题是如何让计算机找到宿主机中的环境变量，或者如何配置qsub脚本让计算机加载宿主机中的环境变量？下面是一个脚本示例，但是会说一些错误，比如libraries not found：

在提交作业之前，是否可以查询一个节点的状态，如果节点空闲，则将其提交到节点中；如果没有，则将作业提交到另一个空闲节点。我希望作业在整个节点上运行，而不是与其他作业共享。有什么办法吗？

我想在 64 节点 Sun Grid Engine 集群的所有活动节点上运行作业，使用 qsub 计划。我目前正在使用数组作业变量，但有时程序会在同一个节点上多次调度。

是否可以在所有节点上并行地为每个节点安排一个作业？