问题标签 [qsub]

我有一个 shell 脚本foo.sh，它是一个包含内容的qsub作业：

我想传递两个论点。如果我调用 qsub foo.sh ab，第一个参数会被正确处理并作为“a”回显到命令行。但是，我不知道如何在第二种情况下传递以“#$ -N”开头的参数。在这种情况下，$2 不会被评估为 'b'，但实际上设置了 '$2'。帮助将不胜感激。

我有一个 qsub 脚本作为

问题是 - 它将所有错误和输出文件（job1.eJOBID 和 job1.oJOBID）放在我运行 qsub submit_job.sh 的同一目录中，而我想保存这些文件（输出和错误日志文件在相同的不同地点（指定为 $SEED_output）。我尝试将行更改为

但它没有用。有什么建议吗？？如何指定默认输出和错误日志文件的路径和名称？

我想使用 qsub 提交一堆工作 - 这些工作都非常相似。我有一个有循环的脚本，在每个实例中，它都会重写文件 tmpjob.sh ，然后执行 qsub tmpjob.sh 。在作业有机会运行之前，tmpjob.sh 可能已被循环的下一个实例覆盖。作业等待运行时是否存储了另一个 tmpjob.sh 副本？还是我需要小心不要在工作开始之前更改 tmpjob.sh？

假设您开始运行脚本。当您在执行该文件时更改该文件会发生什么？MATLAB 似乎获取了该文件的副本，然后开始执行它。我想确保我是对的。也就是说，我想在集群上运行具有不同参数的 MATLAB 脚本。如果我对该文件进行更改，它是否可以正常工作。还是我需要自己创建文件的多个副本？

使用 qsub 提交批处理作业时，有没有办法排除某个节点（按主机名）？

就像是

与我的工作相关（这里使用带有 adjacency_list 的泛型类型）我现在正在测试执行以下操作的简单代码：

• 初始化 boost-mpi 环境
• 将图从文件加载到分布式 adjacency_list
• 最后在每台机器上对其执行 2 个简单操作：计算边数并计算聚类系数。

这是代码：

结果如下：

另一方面，只有一台机器的执行工作完美：

我的导师和我认为这可能是因为一台机器结束而另一台仍在执行它的操作，所以我们添加了同步和屏障（我实际上不知道两者之间的区别，所以我测试了几个相同的组合结果）。

如果您需要其余代码（Common.h、GraphFileReader 或 GraphNeighbors），我可以将其上传并在此处发布链接以避免发布过大的帖子。

当我使用 qsub 提交一堆作业时，qsub 将首先获取 .bash_profile。那么我如何才能首先在没有 source .bash_profile 的情况下完成工作。

我有一个 SGE 脚本来执行一些 python 代码，使用 qsub 提交到队列。在 python 脚本中，我有一些打印语句（向我更新程序的进度）。当我从命令行运行 python 脚本时，打印语句被发送到标准输出。对于 sge 脚本，我使用 -o 选项将输出重定向到文件。但是，似乎脚本只会在 python 脚本完成运行后将这些发送到文件中。这很烦人，因为 (a) 我无法再看到程序的实时更新，并且 (b) 如果我的作业没有正确终止（例如，如果我的作业被踢出队列），则不会打印任何更新。我如何确保每次我想打印某些东西时脚本都在写入文件，而不是在最后将它们混为一谈？

有没有办法在提交作业之前直接将参数传递给 .pbs 脚本？我需要遍历由不同数字表示的文件列表并应用脚本来分析每个文件。

我能想到的最好的方法如下：

其中 pass_test.pbs 是以下脚本：

但这感觉有点不靠谱。特别是，我想避免必须创建一个环境变量来处理这个问题。

我有以下shellscript：

当我从自己的命令行运行它时它工作正常，但是当我尝试这样做时：

我收到以下错误：

我不明白为什么在使用 qsub 时会出现此错误，但在同一集群机器上直接运行脚本时却没有。如何使用 qsub 运行脚本？