问题标签 [opencpu]

我是opencpu的新手，我正在尝试这个：

1. 创建一个脚本以在内存中加载数据帧（当然在服务器上）
2. 给出一个通过 GET api 查询这个数据框的方法。

可以对大型数据框执行此操作以使其加载一次吗？这可以在不编写 R 包的情况下完成吗（这是迄今为止我发现通过 opencpu 访问 R 脚本的唯一方法）

我已经在 Ubuntu 服务器上安装了 OpenCPU - Ubuntu 14.04.1 LTS (GNU/Linux 3.13.0-32-generic x86_64) - 一切运行良好，没有任何问题。在这里，我想说我真的很喜欢这个 API，我非常感谢致力于它的人们（我认为主要是 Jeroen Ooms）所做的所有努力。现在我再次安装它，但在另一个提供商托管的另一个服务器上。它也是一个 Ubuntu 服务器 - Ubuntu 14.04.1 LTS (GNU/Linux 3.13.0-042stab093.4 x86_64) - 因此我希望它能够像以前一样顺利运行。但现在我有一个问题。安装并启动服务后，我想通过浏览器检查一切是否正常。所以我就像http://xxx.xxx.xxx.xxx/ocpu在我的其他服务器上一样打开。这次我的浏览器没有显示 OpenCPU API Explorer，而是显示以下消息：

服务器只有 1GB 的物理内存，所以我认为将“rlimit.as”更改为 1e9 而不是标准的 2e9 可以解决问题（我也尝试了 750000000 和 500000000），但没有任何帮助（当然我重新启动了服务 opencpu每次更改后再次）。我也认为这不是问题，因为我猜当操作使用超过 1 GB 时服务器会使用虚拟内存。我认为问题与 RAppArmor 有关。所以我尝试禁用它并重新启动opencpu，但问题并没有消失：

$ sudo aa-disable usr.bin.r 禁用 /etc/apparmor.d/usr.bin.r。回溯（最后一次调用）：文件“/usr/sbin/aa-disable”，第 30 行，在 tool.cmd_disable() 文件“/usr/lib/python3/dist-packages/apparmor/tools.py”，行148，在 cmd_disable raise apparmor.AppArmorException(cmd_info[1]) apparmor.common.AppArmorException: '警告：无法在 /proc/mounts 中找到合适的 fs，是否已挂载？\n使用 --subdomainfs 覆盖。\n'

那么有谁知道这里的问题可能是什么，或者有什么建议可以在哪里寻找解决方案（我已经尝试过谷歌，但没有发现任何有用的东西）？

我认为以下任何内容都不是问题的原因，但由于我不确定，我还是添加了这些警告：

我在 OpenCPU 安装过程中遇到的唯一奇怪的事情是这个消息（出现了 4 次）：

但后来它说：

此外，当我尝试单独安装 RAppArmor 时，收到以下警告：

perl: 警告: 请检查您的语言环境设置：LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = (unset) 是否支持并安装在您的系统上。perl：警告：回退到标准语言环境（“C”）。语言环境：无法将 LC_CTYPE 设置为默认语言环境：没有这样的文件或目录 语言环境：无法将 LC_ALL 设置为默认语言环境：没有这样的文件或目录 选择以前未选择的包 r-cran-rapparmor。

还有这个：

警告：在 /proc/mounts 中找不到合适的 fs，是否已安装？\n使用 --subdomainfs 覆盖。\n

提前致谢！

我开始通过 OS X Mavericks 上的单用户服务器探索 OpenCPU，并且想知道临时文件的存储位置。例如，如果我运行

我收到输出可用的通知：

如果我将浏览器指向此处，我可以查看：

我的问题是，我的机器上的 /ocpu/tmp 在哪里？我的 /tmp 文件夹中没有任何内容与上述内容相对应。任何帮助/指导将不胜感激。

我有一个相对简单的函数来从 sqlite 数据库中提取一些数据：

当我在 R（或 RStudio）中运行此代码时，这对我来说非常好：

但是，我根本没有成功，通过opencpu使用这个函数检索任何数据：

我已经仔细检查了文件是否存在，检查了它的权限，为所有人设置了读/写权限，但一点运气都没有。任何输入将不胜感激。

编辑 1： 尝试了 @Jeroen 对 apparmor 配置建议的更改，但无济于事。将以下行添加到自定义文件中确实有所帮助：

但是，它只帮助我现在得到错误：

RS-DBI 驱动程序：（语句中的错误：数据库已锁定）

通话中： sqliteExecStatement(conn, statement, ...)

这很奇怪，因为当我在 RStudio 中执行完全相同的代码（使用相同的数据库文件）时，我没有收到此错误。

编辑 2：正如 Hadley Wickham ( https://twitter.com/hadleywickham/status/526739851974955008 ) 提出的，我使用 dbGetQuery 简化了函数：

尽管如此，由于我得到完全相同的行为（在 R studio 中工作，发出 curl 命令时给出数据库锁定消息），但无济于事。

编辑 3：实际上它似乎仍然是 AppArmor 问题。我得到：

解决方法：终于找到了。最终这似乎是一个纯粹的 AppArmor 问题。我不得不改变：

至

（注意 k）以允许文件锁定。

我有一个 R 包，它通过 Rmpi​​ 包向我运行的 OpenMPI 集群发送作业。在从控制台运行的 R 会话中，一切都按预期工作。但是，当我尝试像这样从我的 OpenCPU 服务器执行相关功能时（更改了细节以保护无辜者）：

我收到此错误：

（包中的其他非集群调用函数可以通过 OpenCPU 正常工作）。我注意到apparmor/var/log/kern.log的各种请求DENIED，我已经能够通过添加条目来解决其中的大部分请求，/etc/apparmor.d/opencpu.d/custom以允许 OpenMPI 访问它需要的文件。但是，我无法解决与“打开”位置请求相关的这两个问题（同样，IP 地址已更改）"/"：

将此添加到我的 apparmor 规则没有帮助：

两个问题：

1. 为什么opencpu 试图从我的根目录中读取（或者这是否意味着别的）？
2. 更紧迫的是，我该如何解决这个 apparmor 问题？

谢谢。

我已经在 CentOS6 上成功构建并安装了 OpenCPU 和 RStudio Server。一切都按预期工作，我的本地 R 包确实获得了成功的 GET/POST 响应。

然而，有几件事似乎不起作用：

• 我想不出一个干净的方法来启动/停止/刷新 OpenCPU。我目前正在使用apachectl restart，但我什至不确定是否会按预期重新加载 R 包。我尝试了 Jeroen 的 bash 脚本，/usr/lib/opencpu/scripts但它们似乎需要进行相当多的调整才能在 CentOS 上运行。
• （可能与上述有关）我正在使用load()and readRDS()in /etc/opencpu/Renvironfile （也尝试过 in /etc/opencpu/Rprofile）将持久数据集加载到全局环境中——但这似乎不起作用。我没有收到任何错误日志，但这些对象在后续请求中不可用。
• 在 Ubuntu OpenCPU 上似乎配置为在opencpu用户下运行。在 CentOS6 上，它似乎root在安装后运行。我想修改它，但不确定如何修改。

只是想知道是否有人在 CentOS6 上成功配置了 OpenCPU。

非常感谢，--梅尔。

目标：将 RJDBC 与 OpenCPU AJAX Post 调用一起使用。

用例：我需要连接 Apache phoenix 数据库并获取一些数据。我应该对这些数据进行分析。因此，要与 Phoenix 连接，我使用的是 rjdbc（phoenix 不支持任何其他连接选项）。

环境： public.opencpu.org

这是我正在尝试的：

html

javascript

设想

当我单击执行按钮时，从文本区域（此处为库（RJDBC）和一些数据库操作）获取用户输入的值并发送一个 ajax 帖子并返回以下错误

谷歌浏览器控制台日志：

希望这能提供更好的清晰度。

需要确认 rJava 是否可以与 OpenCPU 一起使用，如果可以，是否有任何可能的解决方法来解决这个问题？

我正在测试我的第一个 OpenCPU 项目，在与 OpenCPU 和 R 包（安装在 Windows Server 内的虚拟机中的 Ubuntu 14.04 服务器）相同的服务器上拥有 web 测试页面，它工作正常，但我可能需要网站在虚拟机中运行的 Windows Server 和 OpenCPU（也是 R）中，所以我尝试了OpenCPU 中的seturl函数来执行此操作，但我收到一个错误，上面写着“可以修复在服务器中启用 CORS”

寻找解决方案我找到了http://enable-cors.org/server_apache.html在这篇文章中被告知如何在 Apache 中启用 CORS，但我找不到什么文件夹需要权限才能使 OpenCPU 远程工作。

这就是我在虚拟机服务器上调用包的方式

ocpu.seturl("http://virtualmachine_ipaddres/ocpu/library/PruebaR/R")

我尝试授予 R 文件夹和其他文件夹的权限，但仍然无法正常工作。有任何想法吗？

谢谢您的帮助

我目前正在创建一个应用程序，它需要在短时间内运行数百万次统计回归。这些计算的并行化是加速该过程的一种可能性。

OpenCPU服务器似乎不能很好地扩展并行执行的命令。所有命令都按顺序执行。

是否可以使用 OpenCPU 生成多个R会话，或者我是否需要运行多个服务器实例？我是否错过了有关如何OpenCPU同时处理多个计算量大的命令的内容？

我正在尝试获取以下资源的 JSON 表示：

我得到的错误是No method asJSON S3 class: smooth.spline.

调用的结果smooth.spline()具有以下结构：

有没有办法y使用 OpenCPU 获取列表的组件？