问题标签 [odeint]

我有以下 odeint 程序：

每次t都是 10 的倍数，我想设置x[0]=0.1.

也就是说，我想要一个重复的 delta 函数。

或者，如果我可以让 delta 函数出现在有限数量的时间点，我将能够近似递归。

不幸的是，我无法在 odeint 中找到 delta 函数的文档。有谁知道如何实现这一目标？

假设我有以下boost::odeint代码：

如何修改代码以使集成在一定数量的步骤后中断？我正在运行大量集成，并希望避免在集成任何特定系统上花费太多时间。

我曾考虑过使用integrate_n_steps()，但这可能意味着集成会持续到我感兴趣的结束时间。

我想current_state在 boost::odeint 中设置步进器。

我有以下 MWE：

这条线stepper.set_current_state(x);是行不通的。有没有我可以用来完成此任务的命令？

我意识到我可能只使用：

但是目前还不清楚这是否真的是最好的策略，或者我是否丢失了步进器的一些内部状态（例如当前的步长或误差估计），最好保留这些状态。

我正在使用 odeint 来模拟一个系统，其中有几个变量不应小于零。

是否有适当的方法将 odeint 中的变量绑定到特定范围？

启用 full_output 应该是一项微不足道的任务，但是，像往常一样，问题有些复杂。不幸的是，除了向您展示我的代码之外，没有任何简单的方法可以描述我的问题。

编写 odeint (derivs, y_initial, t, full_output = 0) 不会导致任何问题，但编写 odeint (derivs, y_initial, t, full_output = 1) 会给出：

我认为由于我定义 odeint 的方式（使用数组等）而发生此错误。如果我要创建一个循环来计算 odeint 值并将它们存储在一个数组中然后让它继续到下一行，这个问题会得到解决吗？如果是这样，这样的代码会是什么样子？

如果你不明白我为什么用这种奇怪的方式写了它，这就是为什么：

我希望你很清楚这种方法使我能够切换变量而不必重复写出数学。但现在我无法在 odeint 中启用 full_output。

感谢您的宝贵时间，感谢您的回复！

龙

我想用并行boost::odeint求解不同变量集合的微分方程——比如类型。std::vector一种解决方案当然是将所有变量组合成一个大向量，然后将其用作状态变量。

但是，我更喜欢更优雅的解决方案，例如boost::fusion用作状态类型，然后保存不同的向量。据我从帖子和相关问题的实施中了解到，这样做原则上没有障碍。我只错过了一些具体实现的提示——特别是关于正确的规范

代数、运算和调整大小

例如创建错误步进器所需的。哪些现有的实现——例如odeint::fusion_algebra——可以直接使用，在这种情况下还需要做什么？

我正在尝试将 ODE 系统与 odeint 库集成，并在一组点上并行推进（这意味着具有许多不同初始条件的相同 ODE）。特别是我正在使用自适应步长算法runge_kutta_dopri5。在某些情况下，算法会失败，从而减小步长并极大地减慢整个集成过程。

如果某些测试失败，有没有办法仅针对集合中的某些点停止集成过程？

在我的特殊情况下，由于我正在积分重力问题，我想在点靠近吸引子时停止积分，因此距离小于某个限制。

在串行计算中，我认为这可以通过带有函数的自定义 while 循环来执行，正如这个问题stepper.try_step背后的想法或多或少所说明的那样。

如何在带推力的并行计算中执行此操作？

谢谢。

我昨天刚开始使用 Python，使用scipy.integrate.odeint.

我定义了一个函数

它接受numpy.array对象x,t和M; 和标量浮动beta, gamma, 和mu.

M是(60,60)大小，但我认为这并不重要。

x并且t都是非单例的，有x.shape存在(180,)和t.shape存在(5000,)。我试过给他们一个单一的维度，让他们分别有形状(180,1)和(5000,1)，但我仍然得到同样的错误：

即使SIR刚刚返回x，我也会收到此错误，并且如果我将所有参数从中剥离x出来t：

如您所见，导致错误的行是

编辑 ：

我被要求添加该SIR方法的完整代码。因为它相对较长，所以我将完整的 .py 脚本放在了一个 pastebin 中：http: //pastebin.com/RphJbCHN

再次感谢。

基本上......我需要一种在我的微分方程中包含相移的方法。也就是说，我的系统函数定义中有返回 dY/dt 之类的 Y(t-3)。就像这个微分方程：

现在，如果我尝试将其编写为传递给 scipy.odeint 的系统定义函数，我会迷失方向：

基本上就是这样。我真的希望有一个简单的答案，但我似乎无法找到一个。

具体来说......我正在尝试以数值方式计算由以下函数定义的系统的解决方案：

然后这个函数随后被赋予 odeint，如下所示：

然后我可以像这样取出 ETA 的每个单独组件（如 eta_0）ETA[:,0]：

我在这里遇到的问题是pastEta(t-theta[?]). 目前，这是一个试图找到已经计算的 eta 值的函数（对于 whenstart_time < t-theta[?] < t和theta[?] > 0。这不是很好。

我看到在这种情况下，我可以单独找到 eta 的每个组件，然后获取先前计算的 eta 组件（eta_0、eta_1、eta_2）的计算值来计算 eta_3，并且类似地计算 eta_4，但这并不理想，因为它剥夺了我可以“即插即用”任何通用公式。

我正在尝试通过在 GPU 的线程上实现 for 循环来优化我的代码。我正在尝试使用推力::transform 消除两个 for 循环。C++ 中的代码如下所示：

我正在估计上述循环中常微分方程（ODE）的系数，并已使用推力将所有数据传输到设备上。考虑基因数量由 N_gene 表示的情况。第一个 for 循环必须运行 N_gene 次。第二个 for 循环受每个基因的激活因子（基因库中的其他友好基因）数量的限制。每个基因都有许多激活因子（友好的基因，其存在会增加基因 i 的浓度），由 n_ka 载体的元素表示。n_ka[i] 的值可以在 0 到 N_gene - 1 之间变化。ka_val 表示每个激活器 ka 的激活量度。ka_vec_d 具有激活基因 i 的基因索引。

我正在尝试使用迭代器来表示这些循环，但无法这样做。我熟悉将thrust::for_each(thrust::make_zip_iterator(thrust::make_tuple)) 用于单个for循环，但是很难想出一种使用counting_iterator或transform迭代器来实现两个for循环的方法。任何转换这两个 for 循环的指针或帮助将不胜感激。谢谢你的时间！