问题标签 [networkit]

当我尝试通过以下方式检测社区时，我不断收到以下错误：

我可以安装什么来避免这种情况吗？非常感谢！

我想获得图形的最大匹配。

现在，我使用 Networkx 中的算法：nx.algorithms.bipartite.matching.hopcroft_karp_matching(G)

但是，我没有在 SNAP enter link description here中找到类似的算法。

对于 NetworKit，我找到了这个页面：在此处输入链接描述。但我不知道如何使用它。

有任何想法吗？如何使用 NetworKit/SNAP 获得图的最大匹配？

背景故事：

我一直在寻找一种高性能的方法来查找网络中低于给定维度的团（例如，所有 k<=3 的 k 团都是节点、边和三角形）。由于这个低维团（k<=3 或 k<=4）的例子经常是这种情况，我已经求助于简单地寻找高性能的三角形查找方法。

Networkx 非常慢；然而，networkit 有一个带有 Cython 后端的性能更高的解决方案。

不幸的是，networkit 没有列出所有 cliques <= 给定维度的算法。他们有一个 MaximalCliques 算法，这是不同的，不幸的是，它只是以没有特定顺序（据我所知）针对所有可能的派系维度运行。它也只计算三角形，但不列出构成每个三角形的节点。因此，我正在编写自己的函数，该函数现在在下面实现了一种相当有效的方法。

问题：

我有以下功能nk_triangles；但是，它可以抵抗 numba 或 Cython 的简单干扰。因此，我想看看是否有人在这些领域拥有更多的专业知识，可以将其推向更快的速度。

我用这里感兴趣的功能制作了一个简单但完全可行的代码片段：

big_graph_url可以切换以查看算法是否实际上执行得相当好。（我的图表仍然比这大几个数量级）

就目前而言，计算我的机器需要大约 40 分钟（单线程 python 循环在 networkit 和 itertools 中调用 C 后端代码）。大网络中的三角形数量为 455,062。

嗨，我正在尝试在 CentOS 7 机器上安装 Networkit，但出现了几个错误。你能告诉我什么是错误的/缺少的和/或正确的命令来修复错误吗？

目前，我在我的机器上安装了以下东西，这是安装 Networkit 所必需的：

然后，一旦我尝试在我的机器上安装 Networkit，我会得到以下结果（几个错误）：

[已编辑 - 感谢 Ludovico Loreti 的评论]

如果我从 Visual Studio Code 运行以下代码（.py 文件），即按下 VSCode 右上角的绿色三角形按钮“在终端中运行 Python 文件”

VSCode 嵌入式终端中未显示预期结果（即介数计算）。

相反，如果我直接从终端运行相同的代码，使用 ipython3，结果会很好。

为什么？为了在其嵌入式终端中查看我的结果，我应该在 Visual Studio Code 中进行哪些更改？

[PS1]：如果我在我的代码中添加其他命令，例如

VSCode 在其嵌入式终端中正确显示结果。因此，看起来（到目前为止）只有与介数相关的结果没有显示/显示。

[PS2]：仅供参考，如果有用的话，我已经通过 snap 安装了 Visual Studio Code（https://snapcraft.io/install/code/centos）：

我通过键入以下内容从终端运行 VSCode：

嗨，我如何读取/导入图形，存储在文本文件中mygraph.txt，并以边列表的形式写入（第 1 列：节点u，第 2 列：节点v）

进入Networkit？

我猜是这样的？

PS：经过几次尝试，我还不能让它工作......我在networkit指南中没有找到明确的说明！

我正在按照networkit 指南读取 SNAP 文件格式的图形，并且我正在使用以下命令：

如果我只使用带有节点的格式，<u v>它就可以工作。例子：

如果我添加权重，即<u v w>它不起作用，它会说：mygraph.txt is not a valid Format.SNAP file: Line does not end with line break。例子：

我尝试在每行的末尾添加换行符/分隔符，如,, ;, \n,.等，但仍然不起作用。

关于如何解决它的任何想法？

显然，使用 networkx 和 networkit 计算的节点介数和边介数都给出了与预期不同的值。

让我们考虑以下无向图（这些 Lecture notes 中的第 20/85 页），写为边列表并保存在mygraph.txt：

节点介数应该是（这些讲义中的第 20/85 页）：

但是，通过运行以下代码（我在 networkx 和 networkit 中使用G1和G2作为图形的不同名称，但它们是完全相同的图形，来自同一个文件mygraph.txt）：

我得到了这些结果（PS：我手动添加了文本node betweenness和edge betweenness）：

我的计算给出了不同的结果（节点介数分数与这些讲义中第 20/85 页显示的分数一致）

您能否澄清一下并提出解决此问题的方法？

I have a csv file that represent a direct graph, it's an edgelist with non continuous id nodes and i read it in a neworkit graph with the method

reader = nk.graphio.EdgeListReader(',',1,'#',directed=True,continuous=False)

The problem is that networkit change the nodes id, it should be caused by the fact that the nodes of my graph start from an arbitrary number (not 0 or 1) and are not continuous. I wonder if there is a way to prevent this from happening without having to change the numbering of my nodes.

Here a view of my edgelist

And here the code to see nodes id are changed