问题标签 [networkd3]

I would like to replace the basic node image to a custom jpg in networkD3 package in R.

Here is an example:

So I would like to create a node like this:

Instead of this:

Is it possible?

我想根据这个描述用 Rstudio Shiny 制作一个完整的 HTML UI，但我有一个奇怪的问题：

当我尝试加载网页时，绘图不会显示，但如果我首先加载 ui.r（完全等效），然后再次加载 HTML ui，它就可以工作。

这是一个最小的例子：

接着：

网络图不为我显示。但是，如果我先运行它，然后运行 ​​HTML UI，它就可以工作：

我也尝试过使用 visNetwork graph 并且存在同样的问题。

我使用包的 forceNetwork()功能创建了一个蛋白质突变网络networkD3。它在 RStudio 的“查看器”窗格中呈现。

然后我可以将其保存为 HTML 文件以进行共享，同时保留动态特性（如单击节点、突出显示连接等）。

我的网络图的 png 版本如下所示：

这是我原始数据中前 20% 的表示，完整的数据看起来更加庞大和复杂。

我需要能够向这个 forceNetwork 添加搜索，以便特定节点可以位于复杂网络中。这其中的 javascript 或 jquery 部分可以通过编辑包 networkD3 的副本并重新打包来轻松实现。但我的主要挑战是添加包含搜索框的 html 代码。

我的主要 R 代码如下所示：

我的灵感来自 Simon Raper 的jsfiddle。在这种情况下包含搜索的最佳方式是什么？我想到的选项是首先将渲染保存为 html。然后阅读并编辑 html 并插入用于搜索的代码。我尝试为此使用 Rhtml，但这似乎并不简单。任何指针将不胜感激。

我正在尝试使用networkD3::forceNetwork创建雇主和大学雇用员工的雇主和大学的图表。

现在，我有这样的事情：

但是输出看起来并不像预期的那样。我想要的是：

1. 每所大学一个泡泡
   2. 每个雇主一个泡沫
   3. 与雇主相连的大学，雇主的数量 ( count) 映射到连接线的宽度。

大学之间永远不会相互联系，雇主也是如此。

这是我正在使用的数据集netDf：

这是Links数据集：

另外，是否可以将第四个变量映射到气泡大小？例如，我想映射count到与员工有关的气泡的大小，我该怎么做？

我一直在networkD3使用该forceNetwork方法建立一个强制定向网络。

该图看起来像： 我能够突出显示单个节点（及其邻居）并淡出其他节点，看起来像：

此代码基于此jsfiddle，除了我已将节点值链接到搜索框，为此我在此问题中收到了帮助

现在我扩展了我的搜索以获得一个节点名称列表。我需要该列表中的所有节点都突出显示并淡出。如何更改选定节点对象列表的属性？

我尝试在 RStudio 和 R x64 上运行这个简单的 rscript，但没有出现任何结果。没有情节，什么都没有……有人可以帮忙吗？

代码由：http ://christophergandrud.github.io/networkD3/

我感谢你所有的答案！我找到了一个对我有用的解决方案。使用命令：

保存一个 .html 文件并通过浏览器打开它。

我想将丰富的 html 小部件（主要是 plotly 和 networkD3）与将它们排列为 R 网格中的图的可能性结合起来，以将它们导出为 pdf 图形以用于出版物。但是，如果我在 R 中创建一些 html 小部件对象并尝试使用gridExtra::grid.arrange()排列它们（请参见下面的最小示例），我会收到以下错误：

我搜索了“将 html 小部件转换为 grobs 或绘图”以便能够将它们排列在网格中，但找不到任何相关信息。我可以采用长期手动方式，首先使用 htmlwidgets::saveWidget() 将 html 小部件保存为网站，然后使用webshot ::webshot()将其转换为 pdf 并使用矢量图形编辑器手动排列图形（例如墨景）。但是，尽管需要手动操作，但所有转换步骤都可能导致质量下降。

也许我可以以某种方式将 LaTeX R-Markdown 文档中的图形与表格或列一起排列，并指定纸张尺寸以适合我的情节。但不知何故，这感觉不是一个理想的解决方案，因为我可能想在几列和几行中动态排列我的图表，添加标题等，这会使 LaTeX/knitr 中的排列变得相当复杂。

因此，在我开始手动将所有内容编织在一起之前，我想问一下您是否知道一种更好的方法来安排一些 html 小部件图并将它们导出为 R 中的 pdf？

最小的例子

这是一个重现我的问题的最小示例。假设我的目标是一个图表，将两个不同过程的能量流相互比较（带有 networkD3 的桑基图），通过将它们排列在一个网格中，如下所示： 示例性排列的桑基图

这将是我的代码：

这会导致开头提到的错误消息。

Windows 7、R-Studio 0.99.903、R 版本 3.2.3、网格 3.2.3、gridExtra 2.2.1、networkD3 0.2.13

上面的数据框有三列。前两列表示节点，第三列表示它们之间的权重。这是一个无向图。我查看了networkD3包文档，但找不到简单的方法。

先感谢您 ！

我尝试根据单选按钮 input 的值显示径向网络或对角网络（使用包networkD3param_type_graph ） 。我试图在我的 renderUI() 函数中添加一些 if 语句，但显然它不起作用。闪亮的应用程序就在那里。它仅适用于径向外壳。请使用以下输入测试应用程序：第一个输入：“ petrus ”；第二个输入：' WinesAndCo '，然后点击最后一个蓝色按钮提交。

用户界面

服务器

你会怎么做才能让它发挥作用？

chordNetwork我在（在networkd3包中）标签中包装长文本（用分号分隔）时遇到问题。

我尝试"\n"在分号后粘贴，但没有用。

我想要在标签中的结果：

这是代码：